En 1813 el territorio de las Misiones se une a la Confederación de Pueblos Libres cuyo Protectorado asume José Gervasio. Tras el gobierno de Blas Basualdo en Misiones, asumiño el cargo el jefe local Andres Guacaray (Andresito). La bandera fue concedida a Andresito por Artigas en 1815.
Su existencia se desprende de las instrucciones del General Artigas al gobernador de la región, Silva, en 1815, y del parte de la batalla de la Candelaria, firmado por el comandante Andres Guacaray, dirigido al Protector de los Pueblos Libres. Con esta bandera se reconquistaron los pueblos de Candelaria, Santa Ana Corpus, San Ignacio y Loreto en 1815. En 1816 bajo esta bandera se llevó a cabo la reconquista de la región de Misiones Orientales, . En 1817 la bandera se uso en la campaña del Nordeste, donde las milicias de misiones se batieron en defensa de su territorio, destacando los combates de Yapeyú y San José, y en la notoria batalla de Apostoles, donde ondeó la bandera el 2 de Julio de 1817.
Andresito la usó en su desplazamiento a Corrientes el 21 de Agosto de 1818, cuando la provincia Correntina fue reconquistada por las fuerzas de la Confederación de los Pueblos Libres. Parece que los colores originales eran rojo, azul (celeste probablemente) y blanco, pero que con la lluvia y el sol el azul adoptó un tono verdoso, usándose entonces este color. El historiador Mario Herrera así la describe pero evidentemente se trata de un hecho conocido que cuando Andresito entro en Corrientes la bandera simplemente había perdido el color azul por le intemperie, pero no se había modificado. Andresito usaba aun la bandera (roja, azul y blanca) en 1819 cuando defendía las Misiones Orientales, pero fue capturado por los portugueses en 1819.
Tras el intervalo portugues, la bandera continuó en uso hasta 1832 en que Misiones fue incorporada a Corrientes por el gobernador Ferré.
DECRETO del Poder Ejecutivo Provincial Nº 326, 13 DE FEBRERO DE 1992
ARTÍCULO 1º.
TÉNGASE por Bandera Oficial de la Provincia de Misiones, al
pabellón azúl, rojo y blanco. El orden de los colores
mencionados será, respetando la tradición y uso que ya se hace
del emblema. El rojo en la parte superior, el azul en el medio y
el blanco en la banda inferior. Su ubicación será transversal.
ARTÍCULO 2º.
LA BANDERA de Misiones será obligatoriamente izada en los
establecimientos oficiales dependientes del Gobierno de la
Provincia y estará colocada siempre a la izquierda de la Bandera
Argentina.
ARTÍCULO 3º.
SU USO será obligatorio en todo acto oficial, acompañando
siempre a la Bandera Nacional, y todos los vehículos oficiales,
propiedad de la Provincia de Misiones, llevarán, arriba del
Escudo de la Provincia, los colores de nuestro emblema regional.
ARTÍCULO 4º.
TAMBIÉN será obligatorio su uso en todos los establecimientos
educativos, y de la misma manera que el alumno de más alto
promedio tiene la honra de llevar la Bandera Argentina, el alumno
que sea nominado por sus condiscípulos como el mejor compañero
será honrado como portador de la histórica bandera de Misiones,
por el mandato y vigencia del sentido de solidaridad que
simboliza.
ARTÍCULO 5º.
REFRENDARÁN el presente decreto los señores Ministros de
Gobierno y de Cultura y Educación.
ARTÍCULO 6º.
REGÍSTRESE, comuníquese, dése a publicidad. Tomen conocimiento
los Ministerios y Secretarías de Estado. Entes autárquicos y
descentralizados, autoridades del Poder Legislativo y del Poder
Judicial. Comuníquese a las autoridades del área educativa.
Cumplido, ARCHÍVESE.
Esta bandera es popularmente conocida como "La rusa"
El escudo provincial fue creado por Ley 3769 de 30 de Diciembre de 1959. El arco y la flecha simbolizan la población indigena y los bastones la dominación española; las cataratas de la parte inferior son las famosas de Iguazu; las ramas son de yerba mate, principal producto provincial.
