El 20 de Septiembre de 1861 el nombre del país fue cambiado a Estados Unidos de Colombia. Todas las banderas de la República de Nueva Granada y la Confederación Granadina, y las adoptadas por los Estados Unidos de Nueva Granada, fueron abolidas el 26 de Noviembre de 1861. Este dia un decreto ejecutivo establece las nuevas banderas del país: "los colores del pabellon nacional son amarillo, azil y rojo, distribuidos en tres fajas horizontales, ocupando el amarillo la mitad del pabellón la parte superior, y los otros dos colores la otra mitad, divididos en fajas iguales, el azul en el centro y el rojo en la parte inferior". No se mencionan las proporciones (que fueron 2:3) ni los colores, manteniendose los colores usados hasta entonces, con el azul oscuro. Como escudo de armas se mantuvo el de la Confederación Granadina si bien al estar dentro de un ovalo o elipse el ancho de esta sería algo más ancho (10 cms) y contendría la inscripción "Estados Unidos de Colombia" en la parte superior y en la inferior tantas estrellas plateadas como estados tuviera la Union, todo en campo de gules. El color del condor seguia siendo castaño, los barcos navegaban hacia la derecha del observador, lado al que tambien se orientaba el gorro frigio, y las banderas se consolidaban en dos en cada lado.
El mismo decreto establecía la bandera mercante, para la cual si fijaba las proporciones (2:3) y la cual era identica a la nacional pero con un escudo ovalado en el centro, de fondo azul, con tantas estrellas plateadas de siete puntas como rayos sean los estados de la Unión, y rodeado por un borde rojo de 5 cms de ancho con un diametro maximo de 40 cms. Este decreto presenta en algunos aspectos serias dificultades de interpretación. Mientras es claro en cuanto a proporciones y a la bandera en general, es menos claro en cuanto al ovalo central. Siguiendo las indicaciones el ovalo es extraordinariamente pequeño. Tal vez donde dice el mayor diametro (40 cms) quiere decir el radio en altura; o quizas quiere decir el menor diametro (anchura). Las tres interpretaciones (que luego veremos no son las unicas) son las que aparecen seguidamente
El segundo inconveniente es que determina las estrellas como de siete rayos cuando siempre se habían usado de ocho rayos y como parece que frecuentemente se usaron.
Probablemente en la pracrtica existió la bandera con estrellas de cinco puntos, y Lucien Philippe ilustra la bandera (tomando como referencia de tamaño la figura mayor) en estrellas de cinco puntas cuya existencia rechaza Restrepo Uribe.
Finalmente cabe decir que las estrellas, fuere cual fuere el modelo usado fueron blancas más que plateadas.
Flagmaster publica una supuesta version o variante de esta bandera, que evidentemente no se ajusta al decreto si bien no puede excluirse que existiera realmente (probablemente de esta bandera tomó Philippe las estrellas de seis puntas) pero parece más probable que se remonte a una época anterior cuando ya hemos citado diversas banderas con estrellas. En todo caso la reproducimos con las posibles variaciones en las puntas de las estrellas.
La bandera naval de guerra fue establecida también en el mismo decreto, fijándose igualmente la proporción 2:3, estableciendose que debía llevar el escudo de armas nacional en el centro no excediendo en su mayor diametro (ya que tenia forma oval o eliptica) los 40 cms. Restrepo Uribe indica que las banderas que llevaban el escudo fueron manufacturadas con el tamaño del mismo identico o similar al estandarte de caballeria, que por ser una bandera más pequeña tenia el escudo (de 40 cms en su dimatero más largo) considerablemente mayor que en banderas de mayor tamaño.
Ratio 2:3.
La bandera de guerra de los cuerpos de infanteria y artilleria sería igualmente la bandera nacional (proporciones de las franjas 72:36:36 o sea 2:1:1) en proporcion 154:180. Una vez más se menciona que lleva el escudo en el centro bordado, cuyo mayor diametro no excedera de 40 cms (para una bandera supuesta de 154 cms x 180 cms)
El estandarte de los cuerpos de caballeria seria identico pero en proporcion 1:1. Una vez más se menciona que lleva el escudo en el centro bordado, cuyo mayor diametro no excedera de 40 cms, lo que en este caso hace el escudo mayor ya que la bandera se supone ser de 100 cms, y debio ser esta la medida que se observo para los otros escudos.
Los estados utilizaron (salvo aparentemente Bolivar que mantuvo su tricolor) la bandera nacional con el escudo, pero con el nombre del estado en lugar de las estrellas. Asi lo ilustra Philippe para uno de los Estados, y lo corrobora Restrepo Uribe. Varias emisiones de sellos de correos muestran este tipo de escudo.
Durante la vigencia de la Constitución de Rionegro, que favorecía la autonomía de los Estados y la creación de poderosos ejércitos regionales en contraposición a la debilidad política y militar del gobierno central, hubo cerca de 40 guerras civiles regionales y sólo una nacional, la de 1876-1877 . Un sector de la oligarquía caucana afiliada al partido conservador y que buscaba recuperar poder económico y político, llamó a la guerra esgrimiendo de nuevo el problema religioso. Esta vez se trataba de neutralizar la educación laica proclamada por los liberales del Estado central. A su lucha se unieron los Estados de Antioquia y Tolima, también dominados por conservadores. El conflicto terminó negociado entre las partes. Presidente del pais durante el conflicto fue el liberal Aquileo Parra.
Los liberales radicales de Santander acusaron en 1884 al presidente liberal Rafael Núñez, de interferir en los asuntos internos de los Estados y se rebelaron. Núñez recibió apoyo de los conservadores y el resultado fue la formación del partido Nacional en 1885, que, victorios, un año más tarde proclamaría la Constitución centralista de 1886 que puso fin a los Estados Unidos de Colombia y creo la Republica de Colombia
