La República de Nueva Granada surgió de la descomposición de la Gran Colombia: la secesion de Quito, Guayaquil y Azuay, y de Venezuela (con Orinoco, Apure y Zulia) dejaba como unicos integrantes de la Republica a los departamentos de la actual Colombia (salvo Istmo, que era el actual Panama): Boyaca, Cauca, Cundinamarca, Magdalena e Istmo. En Noviembre de 1831 estos departamentos se constituyeron oficialmente en la Republica de Nueva Granada, pero nada se establecio sobre nuevos simbolos, y las banderas anteriormente usadas siguieron ondeando y así fue confirmado provisionalmente por la Convencion nacional el 17 de Diciembre de 1831. No obstante no es seguro de que bandera se trata. Restrepo Uribe opina que fue la bandera con las armas de las dos cornucopias: Pareceria que el diseño con las supuestas armas de 1822 fue apropiado por Venezuela, al menos a partir de 1830 (tal vez ya había sido realmente un diseño venezolano en su origen como por su lado había habido anteriormente un diseño cundinamarques).
En previsión de la adopción de nuevos simbolos surgieron algunas propuestas. La primera propuesta estaba basada en los colores de la República de Cartagena:
Flagmaster menciona una propuesta similar efectuada el 24 de Diciembre de 1833 por Alejandro Veles, pero probablemente se trata de una confusión y la propuesta correcta de Veles es la anterior.
El mismo Alejandro Veles propuso también al mismo tiempo una insignia mercante.
Ratio 2:3
Las banderas de Veles estuvieron a punto de ser adoptadas. El 3 de Enero de 1834 solo se había introducido una modificación menor en la bandera mercante, que tendría la estrella blanca en vez de azul, pero el presidente Santander forzó el abandono de la propuesta.
El 9 de Mayo de 1834 adoptó su bandera nacional en uso hasta el 26 de Noviembre de 1861, escogiendo los colores grancolombianos pero en vertical. La insignia mercante contendría, según lo acordado, la estrella de ocho puntas blanca
Hay que hacer constar que la estrella de la bandera mercante fue cambiada "de facto" a una de cinco puntas.
Insignia naval, bandera militar y bandera para los representantes del país en el exterior. Al principio no incluía banderas laterales, rapidamente añadidas. Al mismo tiempo desapareció el suelo de hierba, usandose el escudo sin suelo con o sin banderas
Una vez desaparecido el suelo verde el istmo fue representado en verde. Mas tarde las banderas pasaron a ser dos en cada lado.
La Republica de Nueva Granada padeció algunas guerras civiles. La primera de ellas en 1839-1841 llamada Guerra de los Conventos o guerra de los Supremos. Esta guerra tuvo su origen en Pasto, tras la supresión de conventos menores, llamados así por tener un pequeño número de congregados. El carácter religioso de la rebelión fue excusa para que se lanzaran a la guerra civil los caudillos liberales regionales, llamados los "supremos". Sus motivos: acrecentar su poder con rechazo al centralismo, o s implemente vengar alguna ofensa. La guerra pronto se expandió por otras regiones, e incluyó un conflicto fronterizo con el Ecuador, porque de allí dependía el clero de Pasto. Aquí la rebelión fue dirigida por José María Obando.
El 20 de Mayo de 1849 fue adoptada la bandera de la Guardia Nacional. Al dorso aparecía el nombre del cuerpo de ejército, identicado según el nombre del cantón administrativo) y el lema. En las banderas de la Guardia Nacional Auxiliar aparecía escrito al dorso: "batallon número XX de la Guardia Nacional". Los colores de las letras no están especificados en los textos legales aunque probablemente eran bordados en plata.
En 1851 estalló una nueva guerra en el contexto de la proclamación de las primeras reformas liberales, especialmente las que involucraban la liberación de la mano de obra esclava. Los esclavistas del Cauca y Antioquia, conservadores en su mayor parte, y liderados por Manuel Ibáñez, Julio Arboleda y Eusebio Borrero, se enfrentaron al gobierno liberal de José Hilario López pare frenar el proceso de manumisión. La cuestión religiosa también fue bandera de los conservadores para enfrentarse a los liberales.
La guerra de 1854 comenzó con el golpe de estado de José María Melo contra José María Obando, el 17 de abril 1854. Dos grandes cuasas motivaron esta guerra civil: la primera tenía que ver con el proyecto liberal, la supresión de resguardos, ejidos y barreras proteccionistas para dar paso al libre cambio. Causó tal impacto que dividió a los liberales: los "gólgotas" defendían el libre cambio y los "draconianos", principalmente artesanos, defendían medidas proteccionistas. La segunda causa fue el enfrentamiento entre diversas fracciones del ejército, aristócratas y sectores de extracción popular. Estos últimos, liderados por Melo y buscando implantar ideas civilistas y democráticas, se aliaron con los artesanos que exigían los aranceles de protección. Tras el golpe, algunos generales crearon sus propios ejércitos y marcharon hacia Bogotá, en donde vencieron a Melo. Una de las principales consecuencias fue la reducción del ejército (requisito importante para que funcionara el federalismo). Es en el agitado años de 1854, en plena guerra civil, que se supone el uso durante unos meses (Abril a Diciembre de 1854) de una bandera de guerra e insignia naval distinta. No se conoce el texto legal que creo las nuevas armas de la republica, pero si su ilustración que ciata Bohorquez, iluystrandolo originalmente Ortega Ricaute.
Derrotado Melo las antiguas banderas volvieron a utilizarse (en parte del país simplemente siguieron utilizándose).
En Mayo de 1856 se formó la Confederación Granadina con ocho estados soberanos: Antioquía, Bolívar, Boyacá, Cauca, Cundinamarca, Istmo (Panama), Magdalena y Santander. El gobierno confederal ratificó las banderas nacional, mercante y pabellon de guerra.
La creación de los Eastdos data de 1856/1857. Cada uno de los estados se distingua por el sello que figuraba en la bandera nacional. El estado soberano de Antioquia se creo el 11 de Junio de 1856. El escudo adoptado el 23 de Agosto de 1812, y actualmente vigente, debió ser readoptado si bien no consta tal dato. El Estado soberano de Bolivar fue creado en 1857 con la antigua provincia de Cartagena y posteriormente adoptará los colores cartageneros como simbolo del estado. El estado soberano de Boyaca fue constituido el 15 de Junio de 1857 con las provincias de Tunja, Tundama, Casanare y los cantones de Chiquinquirá y Vélez, y adoptó su escudo en 1870 siendo el vigente en la actualidad con las modificaciones de 1986. El estado soberano del Cauca fue creado el 15 de Junio de 1857 con las provincias de Buenaventura, Cauca, Chocó, Pasto y Popayán, y las regiones del Caquetá. El estado soberano de Cundinamarca fue creado en 1857 y probablemente readopto su tradcional escudo pero no consta readopción de su bandera. El estado soberano de Panama (antes llamada provincia del Istmo) fue creado ya en 1855. El estado soberano del Magdalena fue creado en 1857 con los departamentos de El Banco, Padilla, Santa Marta, Tenerife y Valledupar. El estado soberano de Santander, formado por las provincias de Socorro y Pamplona, fue creado en 1857.
1859-1862 Dividido el país con una estructura federalista, la guerra se inició en el Estado del Cauca contra el gobierno central. T.C. de Mosquera, líder de este levantamiento, buscaba acrecentar el poder del Estado del Cauca, el más grande del país. Su victoria lo llevó a la presidencia de la Confederación para el período 1860-1863. Una vez en el poder, continuó con la desamortización de los bienes de la Iglesia y proclamó la Constitución de Rionegro, que acrecentó el poder soberano de los Estados y redujo el del gobierno central. Fue la única guerra civil que pudo derrocar al gobierno establecido. El 18 de Julio de 1861 el General Cipriano Mosquera tomó Bogota y un Congreso provisional le instaló como presidente de los Estados Unidos de Nueva Granada. El presidente alteró por decreto la bandera nacional e insignia mercante el 26 de Julio de 1861 (Flagmaster). Restrepo Uribe opina que pudo tratarse solo de un cambio de la insignia mercante ya que el decreto menciona el nuevo "pabellon", o bien que se trataba de refundir ambas banderas e una unica. La reconstrucción de la bandera es distinta en Flagmaster y Restrepo Uribe (en Banderas). El numero de puntas de las estrellas no es citado en la ley: Flagmaster la reconstruye con estrellas de 5 puntas y Restrepo con estrellas de 8 puntas.
El 12 de Abril de 1861 se creó un nuevo estado soberano: el Tolima, que readoptó (7 de Septiembre de 1861) el escudo aprobado por las Camaras de la provincia de Mariquita el 7 de Diciembre de 1815. La creación del estado fue sancionada por ley de 31 de Enero de 1863. El escudo de Tolima sigue vigente para el actual departamento. Asimismo los demás estados cambiaron ligeramente su bandera al modificarse el sello con la leyenda "Estados Unidos de Nueva Granada". Efimero cambio que quizás nunca tuvbo reflejo real en las banderas de los Estados.
La bandera de Bolivar fue adoptada probablemente ya en 1857 (segun Restrepo Uribe) y en todo caso con seguridad en 1861.
