Valeroso lider de los Autobots, Optimus prime tiene una gran historia que comienza desde la era de Oro de Cybertron, es decir cuando los Autobots se liberaron de sus opresores y creadores los Quintesson, y la paz comenzo en Cybertron, en ese entonces Optimus Prime era conocido como Orion Pax, y se encarga de unos de los hangar princiaples de abastecimientos de energia de Cybertron, mientras Megatron fue construido por los Constructicons, los que se encargaban de construir a los robots en el momento, Megatron era un nuevo modelo de robots con la capacidad de volar y Transformarse, algo que envidiaba y admiraba mucho Orion Pax, el siempre lo veia en los cielos y simplemente deseaba conocerlo, Megatron por ser tan especial decidio crear un ejercito de Decepticons y declararle la guerra a los Autobots, robando la energia de los mismos, en uno de esos ataques Orion Pax es herido junto su novia  Ariel y su mejor amigo (Iron Hide ?), Alpha Trion logra reparar a Orion Pax, y le añade las cualidades que tenia Megatron, luego empieza a Reparar a Ariel y la convierte en Elita-1, Optimus Prime lucha con Megatron en Cybertron por milenios, hasta un momento en que Cybertron se ve sin energía y Optimus Prime obligado por la escases de energía recolecta a los mejores Autobots para llevarlos como tripulación en una misión de busqueda de energía a bordo de la bave autobot llamada "El Arca", Los Decepticons se enteran de esto y siguen a Optimus Prime hasta que ocurre una batalla en el sistema solar, hasta el momento a que llegan a la orbita de la tierra donde caen ambas naves, lo  que hizo que quedaran atrapados en la tierra por 4 millones de años

La computadora principal del arca(Nave Autobots) se activa, luego esta reforma a los Decepticons y luego a los Autobots por culpa de Starscream, que causa una explosión hace que Teletran 1, reforme a Optimus Prime y le conceda el modo Vehículo de un camión Freightliner COE, Optimus Prime entonces ayuda a que despierten los demás compañeros Autobots, inmediatamente se dan cuenta que se encuentran en un mundo, donde habitan unos seres llamados humanos, los cuales poseen vastos recursos energeticos, los cuales Megatron esta muy interesado de robar, Optimus Prime sigue el rasto de los Decepticons por multiples refinerias humanas, para impedir que estos lastimen a los humanos y roben la energia, en una de estas refinerias conoce a Spike y a Sparkplug, 2 amigos humanos que se unen a la causa de los Autobots para detener a los Decepticons.

A pesar de los esfuerzos de los Autobots, los Decepticons logran construir una nave y robar suficiente energia, asi que se preparan a regresar a Cybertron, pero gracias a Mirage Megatron y sus Decepticons son detenidos y destruidos en su intento de escape. Megatron y sus Decepticons en la Tierra, continuaran sus planes para robar energia, en muchas partes del planeta como Sur America e incluso el Polo Norte, en una oportunidad Megatron reta a Optimus Prime a un duelo según las leyes de Cybertron, el ganador se marchara del Planeta Tierra junto a su ejercito, Optimus Prime acepta el duelo, sin darse cuenta que Megatron hace trampa para ganarlo, como era de esperarse, Megatron gana el duelo y Optimus Prime se ve obligado a cumplir el trato y debe marcharse del planeta Tierra, pero Teletran-1, descubre la trampa de Megatron e informa a los Autobots, Sucedido esto Optimus Prime entiende porque Megatron gano, así que contraatacan a los Decepticons en vez de irse del Planeta, lanzadolos a un rio de lava.

Para el año 1985, Megatron y sus Decepticons vuelven y reinician su campaña de busqueda de energia nuevamente, Optimus Prime sigue la suya para impedir que esto suceda, en este año, Megatron se le ocurren muchos planes muy despiadados, donde Optimus Prime tiene que sacrificar todo para poder derrotarlo, desde el uso de medios de conmunicación humanos hasta el reclutamiento de nuevas Tropas. Optimus Prime despues del incidente en la isla de los Dinobots, también recluta muchos soldados nuevos, especialmente porque ahora también tiene que enfrentarse contra unos Insecticons mucho mas poderosos, que han ganados propiedades únicas como el poder clonarse, en varias oportunidades Optimus Prime se alia con Megatron para luchar contra estos insectos roboticos o luchar contra otras amenazas como el Gestalt/Combiner Bruticus o materiales inestables que pueden causar tremendas explosiones. En varias Oportunidades Optimus Prime en este lapso de tiempo cae víctima de Megatron e incluso en una oportunidad es despedazado y esparcido por toda Nueva York, mientras otros pedazos de él pasan a formar parte de un cocodrilo cibernetico construido por los Constructicons.

Un momento de mucha preocupaciòn de Prime, es cuando Shockwave descubre en Cybertron la existencia de Elita-1, Una Transformers femenina de mucha importancia en la vida de Optimus Prime, Megatron logra capturarla y utiliza a Elita-1 para llevar a Prime a una trampa, la cual Prime esta dispuesto en caer, ya sea para salvar a su chica, como era de esperarse Prime es capturado, y ejecutado por los Decepticons, pero en el ultimo momento, Elita-1 usa un poder especial de ella que para el tiempo, lo que le permite salvar a Optimus Prime, para luego juntos destruir a los Decepticons, completa la misión, ambos Transformers se separan nuevamente para continuar sus campañas contra los Decepticons, pero prometen volverse a ver, pronto.

Es el año 2005, los Decepticons se han apoderado de Cybertron, mientras Optimus Prime y los autobots poseen bases en la luna y el planeta tierra, y se preparan para recuperar a su planeta de origen una vez mas, los Decepticons por otro lado realizan un ataque a gran escala a la Tierra, donde muchos autobots mueren, por eso Blaster por odenes de Ultra Magnus buen amigo de Prime llaman a Optimus Prime por ayuda, este al llegar se enfrenta en un combate a muerte con Megatron, el resultado la muerte de ambos titanes, Optimus es asesinado por Megatron. Optimus Prime antes de volverse uno con la Matriz le pasa el liderasgo a Ultra-Magnus, luego Ultra Magnus se lo pasa a Hot-Rod, quien es reformado en Rodimus Prime, nuevo lider autobot.

En el año 2006 los Quientessons, reviven el cuerpo muerto de Optimus Prime y lo convierten en un zombie, controlado por los Quientessons, los Autobots, casualmente encuentran al Optimus Zombie, en la cripta de lo autobots, en honor de los heroes caidos, Rodimus Prime no lo podia creer, asi que este una vez ma sy con orgullo, le entrega de vuelta la matriz a su lider, justamente lo que los Quientessons deseaban, este ya con la matriz, y manipulado por los Quientessons, traiciona a los Autobots, en especial a Hotrod, Magnus, Arcee y Kup, y se va de regreso a Cybertron, donde el resto de los Autobots lo ven y inmediatamente se encuentran bajo sus ordenes, Optimus Prime zombie este les dice a los Autobots, qu elos quientesson mataron a los otros, y que deben vengarlos, por eso, toda una flota autobot se dirige a luchar contra ellos, obviamente los estaban dirigiendo a una emboscada, meintras Hotdo y los otros regresan a Cybertron, donde Snarl le dice que todos fueron con Optimus Prime a atacar a los Quientessons, estos saben que es una emboscada, asi que rapidamente en una nave se infiltran en la nave autobot donde estaba Prime, ya era muy tarde la emboscada empezo, Hotrod empieza a luchar a muerte contra Optimus Prime, para sacarle la matriz, despues de que lo logro, Rodimus Prime dio la orden de retirada, mientras Optimus Prime en un estado zombie, aun, decide estrellarse contra una super nova que se encontraba cerca, y asi este destruye varias naves quientessons.

No era por mucho que el cuerpo de Optimus Prime descansaria, ya que justo antes de que estallara contra la supernova, fue salvado por una nave terricola que pasaba cerca, l lider del experimento tenia un odio hacia los Autobots asi que uso el cuerpo como carnada para tenderle una Trampa a los Autobots y contaminarlos con un virus, que provocaba el odio, Ultra Magnus, los Aerialbots y los Throttlebots son contaminados pero Rodimus Prime se pudo salvar y se llevo el cuerpo de Optimus Prime.

Muchos seres vivientes estan siendo infectados por la plaga, la unica alternativa que Rodimus ve, es la de revivir a Optimus Prime, para que este lo ayude, por eso ordena a Skylinx quien aun no habia sido infectado, a que vaya a los confines de la galaxia a que busque un quintesson, y logre reparar a Optimus Prime, Skylinx, cumple con la orden de Rodimus, la ultima que le dara, ya que este luego sera infectado por Wreck-Gar, mientras Skylinx logra recuperar al Quintesson, quien a su vez repara a Optimus Prime, se cubre con un poderoso metal terricola, para sacar del pecho de Rodimus Prime la matriz, y asi buscar la manera de detener la plaga, Skylinx y el lo siguen hacia un deposito, donde una vez mas luchan por la matriz, Optimus Prime resulta victorioso esta vez, y asi logra activar la matriz y salva al universo.

Con Optimus Prime vivo de nuevo, Rodimus Prime se convierte de vuelta a Hotrod, y Optimus Prime vuelve a ser el lider de los Autobots, mientras a su vez, Galvatron declara una tregua en señal de agradecimiento a los Autobots, pero no por mucho tiempo. La batalla de los Headmaster vendria, un nuevo ataque a escala de los Decepticons a la ciudad autobot sucede, esta vez en busca de la llave de camara de energia plasma, Optimus Prime no esta muy seguro para que quienren los Decepticons este objeto, despues de hablar con Alpha Trion, descubre que con esto podrán activar una poderosa arma, que fue construida por los Quientessons, Optimus Prime los intenta detener, pero Alpha Trion le pide que deje que lo sucesos sucedan, ya que la voluntad de Vector Sigma lo exige. Durante las batallas una nueva raza de transformers es reformada, los Headmasters y Targetmasters, estos comienzan una nueva batalla en Cybertron, Galvatron por otro lado, construyo unas turbinas para estrellar Cybertron contra la tierra, y asi destruir ambos planetas, a su vez ativo la camara de energia plasma y junto con sus decepticons escapa, una gran cantidad de energia plasma es liberada, esta destruye la nave de los Decepticons y es enviada a la lejania del espacio, mientras esta energia empieza a debilitar a todos los autobots, menos a los humanos y todo ser organico, Spike withwicky, viejo amigo de los autobots, construye una maquina que hace, que toda la energia liberada por la camara energia de plasma, sea absorbida por Vector Sigma, de esta manera Cybertron llega a una nueva era de dorada y ambos planetas son salvados.