1661 m. iš Vilniaus pagaliau buvo išvyti paskutiniai rusų caro Aleksejaus Michailovičiaus kareiviai. Šešerius metus buvo niokojama sostinė - kazokai piplėšė bažnyčias ir vienuolynus, buvo nuimti varpai, nudraskyti vario stogai, sudeginti pastatai. Kaip padėką Dievui už krašto išvadavimą Vilniaus vyskupas Jurgis Bialozaras 1662 m. nutarė pastatyti Kryžiaus Kelio stotis. Vienuoliams domininkonams jis paskyrė 7 valakus (apie 140 ha) žemės iš savo Verkių valdų. Mišku apaugusiame, stačiais šlaitais ir giliomis raguvomis išraižytame Neries slėnyje pradedama statyti pirmoji bažnyčia, vienuolynas ir Kryžiaus Kelio koplyčios. Statybos baigtos 1669 m., kai Vilniaus vyskupu jau buvo Aleksandras Sapiega.
XVIII a. viduryje Viešpaties kančių kelias atnaujinamas, tikslinamas planas, mūrijamos naujos koplyčios. Pastatomos 35 stotys, iš jų 19 - mūrinių, taip pat 7 mediniai ir vieni mūriniai vartai, tiltas per Cedrono (Baltupio) upelį.
Prie koplyčių atvežta pašventintos Jeruzalės žemės.
XIX a. šis Kryžiaus kelias rūpestingai prižiūrimas. 1893 m. dailininkas Juozapas Balzukevičius nutapė naujus koplyčių paveikslus. Vilniaus Verkių Kalvarijos tapo visos Lietuvos, ypač Vilniaus krašto, maldininkų lankymosi vieta. Per Sekmines čia susirinkdavo keliolika tūkstančių žmonių.
1941 m. bolševikai uždraudė lankyti Kryžiaus kelią. 1962 metais beveik visos koplyčios sunaikintos, išliko tik keturios prie šv. Kryžiaus Atradimo bažnyčios. Bet užmirštos jos niekada nebuvo. Kiekvieną pavasarį kpolyčių vietos buvo pažymimos iš gėlių, žalumynų, akmenėlių sudėtais kryžiais.
Šiuo metu Kryžiaus Kelio stotys atstatomos pagal architektės Brigitos Radavičiūtės projektą. Šv. Kryžiaus Atradimo bažnyčią ir koplyčias numatoma paskelbti respublikinės reikšmės architektūros paminklu, vietovė įjungta į Verkių istorijos draustinį.
