La versión "oficial" dice que Nerv según es una organización dependiente de la ONU dedicada en cuerpo y alma a la  reconstrucción y la protección del mundo. Pero en realidad los verdaderos jefes de Nerv son los miembros de la organización  SEELE, con Keel Lorentz al frente. La mayoría de las acciones de Nerv son hechas por el Comandante  Gendou Ikari que ha obtenido casi el control total de Nerv (SEELE se quiere deshacer de él por ello),  convirtiéndose de esa manera en un  obstáculo difícil para la propia Organización SEELE.

  Nerv tiene una estructura militar, tanto en lo que a rangos y orden de mando se refiere. Como  al igual que en la distribución de sus ramas situadas en diferentes partes del mundo. Obviamente se encuentran situadas en algunos de los países más poderosos, los cuáles son responsables de su financiamiento. Las secciones  más importantes están ubicadas en Japón, Estados Unidos y Alemania.

   El nombre "Nerv" proviene del Alemán, y significa "Nervio".

  Oculta incluso para gran parte de los dirigentes del mundo, SEELE es en realidad la organización que los controla a ellos. Formada por 12 de las personas más importantes de todo el mundo, el objetivo de SEELE parece dirigido por las profecías que contienen los Manuscritos del Mar Muerto y el " Proyecto de Instrumentalización Humana ".

  SEELE forma un grupo cerrado y hermético alrededor de su líder y probable creador, Keel Lorentz, el presidente del Comité, una junta permanente de cinco miembros formada por representantes de las 5 naciones más poderosas del mundo y ante  la cuál responden todos los gobernantes mundiales.

       La palabra " SEELE " significa " Alma " en alemán, lo que nos indica su función en el mundo: " Alma que lo gobierna " .

       La organización Gehirn fue creada antes del año 2000  para llevar a término los proyectos que SEELE desarrollo desde el principio: los proyectos ADÁN y E (EVA). Después del segundo impacto y salvados por el Comandante Ikari, los miembros de la organización Gehrin se instalaron en Hakone, Japón. Donde se instauró su sede. En un espacio subterráneo que alguien o algo había hecho en el subsuelo de esa zona (Lo que posteriormente sería el GEO), Gehirn instaló ahí su " Laboratorio de Evolución Artificial " teniendo como máximos responsables a Yui y Gendou Ikari, y a Naoko Akagi.

       A partir del año 2003 se unió a este grupo el profesor Kozo Fuyutsuki, respetado profesor de Biotecnología de la Universidad de Kyoto.

         El 2004 supuso un cambio en las orientaciones de GEHIRN, pues ocurrió el  " accidente " que le costó la vida  a Yui Ikari directora del proyecto EVA (E). Este mismo año se presentó y aprobó el proyecto definitivo del Plan de Instrumentalización Humana y se nombró como responsable del mismo al comandante Gendou Ikari.

      En el año 2010, después del misterioso suicidio de la Dra. Naoko Akagi, GEHIRN fue convertida en una agencia especial supeditada a la ONU: Nerv. Desde el principio Nerv fue tan independiente como su predecesora GEHIRN, cosa que le conllevó más de un problema y que molestaba a algunos dirigentes del mundo.

       La palabra " GEHIRN " significa " Cerebro " en alemán, lo que nos sugiere su supeditación a " SEELE ", el alma, como organización dedicada al estudio y desarrollo de los proyectos de  SEELE. Siguiendo esta regla de tres, " Nerv ", el nervio, sería la organización que lleva a término estos mismos proyectos y ambiciones.

       MARDUK es el nombre clave de la organización que busca a los niños (children) capaces de pilotear las unidades Evangelion, mediante la realización de estudios físicos, psíquicos y genéticos, recogidos anualmente en el informe Marduk.

       Está organizada como una empresa independiente a Nerv y tiene 108 sucursales alrededor del mundo. Desde que se inició esta misión (en el año 2004) y después de ser adquirida por Nerv, su función no ha variado lo más mínimo, pudiendo mantener su estructura sin militarizarla.

       Esto según los informes oficiales, pero no está ni mucho menos cerca de la verdad. Como deja entrever Kaji en el episodio 15, Marduk no existe como tal. En realidad Marduk es el nombre clave del instituto donde estudian Shinji y compañía.

      Así Nerv puede tener controlados a los candidatos en un solo lugar, pues todos sus padres trabajan en Nerv y pueden ser trasladados sin generar sospechas. Además esto explica el hecho de que se obligara a Asuka a que estudiara ahí. (Ya que ella se ha graduado en la Universidad)

      Esta es la tapadera perfecta. Marduk está controlada por Gendou Ikari y Ritsuko Akagi, que usan a agentes especiales (los profesores) como contacto con los chavitos (children) y al ordenador MAGI para procesar sus datos.

      El hecho que la organización Marduk se haya mantenido tanto tiempo de incógnito, se debe a que es un centro de trabajo externo a Nerv.