Die Story beginnt, als Sakura Kinomoto, ein 10-jähriges Mädchen, in der Bibliothek ihres Vaters ein sehr altes Buch findet. Sie will es öffnen, und plötzlich erscheint ein seltsames kleines Wesen, dass sich selbst als Kerberos, der Wächter der Clow Cards vorstellt und feststellt, dass Sakura magische Kräfte hat. Kurzerhand macht er Sakura zum Card Captor, der sie verschwundenen Clow Cards wieder einfangen soll, da sonst großes Unheil über die Welt hereinbricht... Einzig ihr beste Freundin Tomoyo erfährt von Sakuras neuer Berufung, und ist auch gleich hin und weg, sodass sie beschließt, ab sofort Sakuras Kostüme zu schneidern und ihre Auftritte zu filmen.NAch einiger ZEit taucht jedoch auch Shaolan Li auf, ein geheimnisvoller Junge, der von Clow Lead, dem Schöpfer der Clow Cards abstammt und die Karten ebenfalls sucht. Und dann bekommen Shaolan und Sakura auch noch eine Lehrerin, die auch etwas mit den Clow Cards zu tun haben scheint...

Nachdem Sakura alle Clow Cards eingefangen hat und Yue und Kerberos sie als Meisterin anerkannt haben, taucht plötzlich ein neuer Klassenkamerad auf: Eriol Hiiragizawa. Er ist die Reinkarnatation von Clow Lead und hat wie Sakura zwei Wächter, die ihm dienen: Spinel Sun und Rupy Moon. Und die Clow Cards fangen bei den Einsätzen neuerdings auch an, sich zu verändern...hat dies etwas mit Sakuras neuem Zepter zu tun, dass sich ebenfalls veränderte, nachdem der Geist von Clow Lead zu Sakura sprach? Das Schicksal von Sakura wird sich noch entscheiden...