אקירה מתחיל בתמונה שמראה את טוקיו בשנת 1988, בתמונה זו לא שומעים כלום רק רואים את טוקיו מתפוצצת על ידי פיצוץ שדומה לפיצוץ אטומי, אחר כך עוברים לטוקיו שנת 2019, שם כל הסיפור מתרחש.

הסיפור מתחיל בבר ישן וקצת חסר תקדים שילד בן 16 או 17 נכנס לבר, הוא הולך לחבר שלו ששמו הוא קאנדה ואומר לו שהם תפסו את חבורת "הליצנים" (שם ממש דפוק לחבורה) ברחוב ליד, הם הולכים קאנדה וחברו הולכים לסמטה ליד נפגשים עם חבר שלהם טצואו ושלושתם נוסעים לתפוס את חבורת "הליצנים".

עוברים תמונה לאיש שמחזיק ילד שעדיין לא רואים את פניו והוא בורח מכלבים, אחרי שהוא הורג את שני הכלבים הוא ממשיך ומשטרה יורה בו הוא אומר לילד לברוח ואז המשטרה הורגת אותו, הילד צורח ואז כל החלונות באיזור נשברים.

עוברים לתמונה שרואים את הליצנים בורחים מהחבורה של טצואו וקאנדה ודרך אגב החבורה היא לא 3 ילדים יש עוד ילדים שמצטרפים, אחרי קרב עם החבורה טצואו רודף אחרי שניים מחבורת " הליצנים" למקום רחוק משאר חברי חבורתו, אחד מהליצנים מתפוצץ והשני מחליק מהאופנוע, אז טצואו שמח ובלי שהוא רואה הוא פוגע בילד מוזר (במוזר אני מתכוון ירוק) והאופנוע מתפוצץ.

החברים של טצואו באים בדיוק שמסוק צבאי בא עוצר את כולם ולוקח את טצואו איתו, עוברים תמונה לחבורה שעומדת מול בדיקת משטרה ששם אומרים שזה לא הם הם הולכים לחדר המתנה. שעוד חבורה נכנסת אחרי כמה שניות יוצא איש עם רימון ביד אבל הרימון לא פועל אז המשטרה מפוצצת אותו מכות, אחר כך קאנדה עוזר לאישה אחת לצאת ומציל אותה האישה הולכת לאיש אחד בלי אפילו להגיד תודה לקאנדה.

עוברים תמונה לטצואו שהוא במין חדר לבדיקה מדעית ושהוא כל הזמן שומע איזשהו שם מסוים "אקירה", עוברים לחדר ליד שבו עומד הפרופסור ובא אליו הגנרל, הפרופסור מראה לגנרל את הכוח של טצואו ואת הכוח של אקירה הפרופסור מציע שינסו להשתלט על הכוח של טצואו הגנרל קצת חושש שזה לא יצליח אבל בסוף הוא מסכים.

עוברים תמונה לחבורה שחוטפת מכות מאחד המורים בביה"ס שלהם אחר כך הם הולכים לכתה וחושבים להם איפה טצואו מה קרה לו והם בקיצר עצבניים, עוברים תמונה לאחות בבית החולים שנכנסת לחדר בבית חולים צורחת רצה וצועקת לדוקטור, עוד פעם עוברים תמונה לילדה שאוספת כביסה ופתאום טצואו תופס אותה ואומר לה לבוא איתו הם הולכים למקום מבודד ומדברים שם כל הלילה טצואו מציע לה שתברח איתו.

אחר כך עוברים לביה"ס של החבורה שאחד הילדים צורח לקאנדה שטצואו לקח לו את האופנוע, כולם רצים לחפש את טצואו ובנתיים טצואו מנסה לנסוע על האופנוע של קאנדה אבל האופנוע עוצר באים ילדים מהחבורה של הליצנים אונסים את חברה של טצואו ומרביצים לו,כנקמה למה שהוא עשה, החברים של טצואו באים מצילים אותו טצואו מקבל התקף זעם צועק עליהם ואז הוא חוטף התקף כאב ראש, אז באים אנשים מהמעבדה ולוקחים אותו עוד פעם.

עוברים תמונה לעיר שבא עומדים קאנדה וכמה חברים שלו יש פיצוץ רואים את האישה שקאנדה הציל שקוראים לה קיי רצה איתה ריו (האיש שהיא הלכה אליו אחריי שקאנדה הציל אותה, ורודפים אחריהם המשטרה קאנדה עוזר לקיי, קיי מצילה אותו והם ממשיכים אחר כך עוברים לתמונה בבית חולים שרואים את טצואו חולם על צל שחור שהורס את העיר עוברים תמונה לילדה ששוכבת במיטה(גם היא ירוקה) ולידה הפרופסור היא קמה ומספרת שהיה לה חלום של צל שחור מפורר את העיר ושאקירה שוב מופיע, הפרופסור אומר שהיא השתמשה ביכולות הניבוי שלה לגנרל והוא לא הכי מאמין.

עוברים לקאנדה וקיי שהם הולכים בחדר מוזר אחר כך ריו וחבריו מגיעים תוקעים את קאנדה בחדר קטן ומתחננים לפרוץ לבית חולים, קאנדה שומע את זה בסוף מחליטים לצרף אותו והם הולכים עוברים תמונה לטצואו שיוצא מחדרו מפוצץ כמה אנשים וממשיך לחדר עם הילדים הירוקים. עוברים תמונה לקאנדה קיי ריו וחבריו שמתחזים לפועלי צנרת והם ממשיכים אחרי קרב קטן עם כמה מטוסים מוזרים קיי וקאנדה מגיעים גם לחדר עם הילדים שמה יש קרב שטצואו מפוצץ את כולם הילדים הפרופסור והגנרל הם השורדים וגם קאנדה וקיי שרדו טצואו ממשיך והוא עף לכיוון אקירה.