Un groupe d’hommes connu sous le nom de "Syndicat" (ou Consortium) a travaillé avec les habitants originaux de la Terre, des extra-terrestres surnommés les Colons. Depuis 1948, ils ont planifié et préparé précautioneusement la recolonisation de la Terre par ces extra-terrestres. Après avoir originairement colonisés la planète des millions d’années de cela, la plupart de ces colons se sont en allés, laissant le reste dormant sous terre dans un vaisseau spatial à Wilkes Land, en Antarctique.
Les colons ont trois stages dans leur cycle de vie. La première est l’"huile noire", ou "cancer noir", ou "purité". L’huile noire était orignairement connue par le Syndicat comme une force contrôlant les humains, quelque chose qui allait prendre contrôle du corps à partir de l’épiphyse dans le cerveau. La seule preuve visible d’infection était un voile noir recouvrant les yeux. Le Syndicat, sachant que la Terre allait être colonisée, a décidé depuis longtemps d’aider les colons pour sauver leurs vies. Pendant tout ce temps, cependant, le Syndicat a repoussé le temps pour créer un vaccin qui pouvait chasser l’huile noir de l’organisme humain ou les prévenir de quelque infection. Les Russes ont toujours un pas en avant, testant leur vaccin sur des "criminels" dans un goulag à Tunguska, en Sibérie. Le vaccin était quelque chose dont les colons ne devaient savoir. S’ils découvraient la chose, la date pour la colonisation allait être reculée. Les Russes ont à maintes reprises saboté les essais de Syndicat, mais ceux-ci ont obtenu le vaccin russe d’un agent double, Krycek. C’est cela qui a permi à Mulder de sauver Scully, qui était infectée, d’un vaisseau souterrain dans l’Antarctique où elle était ammenée par le Syndicat.
La seconde étape dans le cycle du colon est le stage "féroce", étape que le Syndicat ne connaissait pas jusqu’à récemment. Les colons ont gardé cela secret parce que, comme le nom l’indique, le stage était un extra-terrestre féroce et instinctif qui croît dans le torse d’une personne qui était infectée par l’huile noire. Le Syndicat ne connaissait précedemment que l’huile noire, qu’ils pensaient être une force contrôlante, et la troisième étape, les extra-terrestres "gris". Ils étaient étonnés lorsque soudainement des gens s’infectaient accidentellement avec l’huile noire et délivraient de leur torse une bête. Ils ont découverts que les colons les ont utilisés depuis le début. Personne était sensée de survivre la colonisation, même pas eux, à cause de l’étape secrète cachée du Syndicat. À cause de la nature inexpectée du deuxième stage, c’était connu pour le Syndicat comme une "mutation". Scully était ammenée en Antarctique comme un exemple d’une mutation pour les colons. Le Syndicat voulaient connaître la réaction des colons et leur version des faits. Cependant, le vaisseau entier était vacciné, ce qui veut dire que les colons connaissent l’existence du vaccin. Le vaisseau a quitté l’Antarctique, présumément dans l’espace.
L’huile noire, même si elle était sur Terre pour des millons d’années, a été redécouverte accidentellement de différentes manières. Premièrement, en 1908, un météore a frappé la Terre en Sibérie, contenant l’huile noire. C’est là où était situé le goulag, et où les prisonniers étaient forcés à creuser pour rechercher l’huile noire pour qu’ils puissent se faire infecter pour tester le vaccin des Russes. Cependant, à cause du climat arctique sibérien, l’huile reste dormante au froid. Pour être plus exact, elle ne peut rentrer en mutation dans des froides températures. Les Russes, ainsi que le Syndicat, ignoraient tout sur le stage féroce. L’huile a aussi était découvert par le vaisseau français "Piper Maru", à partir des informations vendues par Krycek. Elle a infecté le plongeur de l’équipage. Celui-ci aurait vu une personne vivante dans un avion submergé de la Deuxième Guerre Mondiale. La personne aurait été gardée en vie grâce à l’huile noire avant de se transférer dans le corps du plongeur. La location où cela s’est produit est l’exact site où des scientifiques japonais ont capturé un extra-terrestre gris pour conduire des expériences génétiques sur le navire "Talapus". L’huile noire qui a infectée le plongeur du "Piper Maru" est une espèce différente de celle du goulag de Tunguska. 
La forme "Piper Maru" semble être intelligente, et possède de nombreuses habilités, incluant d’émettre une vive lumière blanche nocive. La lumière est émise à partir du corps-hôte. Cela cause aussi de sévères brûlures radio-actives sur les gens qui s’approchent de cela. L’huile noire semble très pressé à retourner à son vaisseau si elle s’éloigne de celui-ci. Cette forme d’huile est actuellement du diesel altéré. La force extra-terrestre utilise la substance comme un moyen de tranportation. Ce n’est pas encore clair si la nouvelle forme de l’huile noire est actuellement du diesel utilisé par les extra-terrestres ou bien c’est quelque chose de complètement différent. La nouvelle forme semble plus épaisse et rend l’hôte quasiment immobile. Elle ne cause pas de brûlures radio-actives et n’émet pas de lumière. Lorsqu’elle infecte un hôte, elle se détache sous la forme de multiples vers qui se dirigent vers le corps. Il semblerait que l’huile "intelligente" provient des "gris" et que la nouvelle espèce vient des extra-terrestres féroces.
Finalement, dans une petite ville nommée "Blackwood" dans le nord du Texas, un garçon s’est fait infecté par l’huile. Il sera découvert plus tard que la chaude température et la grotte où le garçon est tombé est la raison de tout cela. Le Syndicat découvre que le garçon et les quatre pompiers qui ont été envoyés pour le sauver ont réagit différement à l’huile. C’est grâce à cela qu’ils ont découvert la mutation. Ils ont alors vu le vrai visage des colons. Dans leur état huileux, ce qui apparaît comme une nouvelle forme de virus mais qui en fait une force de vie des colons, ils peuvent facilement coloniser d’importe quelle planète. Lorsque le temps viendra, les habitants de la planète vont se faire infecter par l’huile et vont devenir les hôtes pour la vraie forme des colons. À partir de cela, les extra-terrestres féroces deviennent des gris dociles. Le vaccin russe fonctionne sur l’huile noire qui contrôle et sur les gens qui sont sur le point d’entrer en mutation.
Lorsque le temps de la colonisation commencera (originairement, c’était prévu dans quinze ans de maintenant mais à cause de la découverte du vaccin, le temps est reculé), l’huile noire va être diffusée d’une manière plus efficace que le simple contact. Des abeilles spécialement élevées, utilisant leur pollen dans des épis de maïs transgéniques, vont diffuser l’huile à travers leur piqûres. Cette méthode a été testée par le Syndicat sous la forme du virus de la variole au lieu de l’huile. Les vaccinations de la variole ont été essentielles pour le système de catalogue du Syndicat. Depuis que les vaccinations ont commencé, ils l’ont utilisé dans le but d’obtenir un échantillon d’ADN de chaque Américain pour des marques d’identification. Cela assure que l’identité de tous les Américains sont encore connus après la colonisation. Les clônes sont aussi identifiés de cette manière. Lorsque la colonisation se produira, FEMA (l’Agence Fédéral de Contrôle d’Urgence) va utilisé son pouvoir puiqu’ils sont la seule force aux États-Unis à fonctionner lorsqu’un désastre majeur occure. Le Syndicat, qui contrôle donc FEMA, va contrôler ce qui va se passer durant la colonisation. La journée va être un congé férié, où les gens sont loin de chez eux, et le président va déclarer un désastre national, lorsque le pays va entrer sous le contrôle de FEMA.
Le Syndicat aide les Colons de plusieurs manières. Ils ont travaillé sur un projet surnommé la Méthode dans le but de créer des hybrides à partir d’ADN humain et extra-terrestre. Ces hybrides auront ainsi une immunition contre l’huile noire. Ils seront alors capables de diriger les préparations pour la colonisation sans devenir infectés par l’huile noire. Ils serviront comme esclaves après la colonisation.
Les hybrides ont plusieurs caractéristiques particulières malgré leur apparance humaine. Avant tout, ce sont des clônes. Il y a peut-être un bon nombre d’hybrides "originaux" mais le reste sont clônés à partir de ces hybrides. Les originaux sont les plus importants puisque les clônes proviennent d’eux. À cause du fait que ce sont des copies conformes, ils ont un grand désavantage; celui de se séparer un peu partout dans le pays sans se faire remarquer. Certains clônes dirigent les préparations pour la colonisation tandis que d’autres aident le Syndicat dans leur recherche secrète pour créer des hybrides supérieurs dans des facilités à travers les États-Unis.
Aussi, les clônes ont un sang vert car ils proviennent d’un même tissu extra-terrestre appelé "Purité de Contrôle". Ce nom est aussi celui du projet de clonnage. Ce tissu a une paire de base de surplus dans son ADN, deux extras bases nitrogéneuses qui ne peuvent être retrouvées ailleurs dans la nature. Le tissu ou le sang agit comme un acide et donne un virus à tous les humains qui s’approchent de cette substance. Ce virus mortel épaisit le sang mais les effets peuvent être reversés si la victime est plongée dans l’eau froide. En fait, les hybrides peuvent respirer sous l’eau et sont résistent au froid. Il est extrêmement difficile de les tuer. Ils ne peuvent pas se noyer ni rentrer dans un état d’hypothermie ni se blesser lors d’un chute de plusieurs étages. L’origine de la source de la "Purité de Contrôle" est un embryon d’un extra-terrestres gris. C’est le sang des gris, donc, celui des hybrides.
Les hybrides originaux proviennent des humains. Les enfants des membres du Syndicat ont été enlevés en échange de l’embryon extra-terrestre qui allait donner le tissu pour l’hybridation. Le père de Mulder, qui était impliqué dans le Projet, refusait au début de laisser sa fille Samantha de se faire enlever pour le programme de clonnage comme les autres enfants. Les enfants allaient revenir sous la forme d’hybrides expérimentals faits par les extra-terrestres et Bill Mulder était assuré qu’elle allait survivre la colonisation comme étant les enfants eux-mêmes. Mulder, ce qu’il espérait, allait exposer le Syndicat et ses plans parce que Bill voulait que le Projet soit mis à un terme. Il a quitté le Projet bien avant qu’ils ont décidé de résister aux extra-terrestres pour sauver leurs vies. Le vaccin était l’idée de Bill. Le vaccin était testé par le Syndicat en obtenant l’accès à l’huile noire à travers des programmes de tests simulants la colonisation.
Cassandra Spender, l’ex-femme de l’Homme à la Cigratte, était enlevée la même nuit que Samantha, soit le 27 novembre 1973. D’autres gens et elle furent utilisés comme des cobayes par le Syndicat pour obtenir un hybride. Ils étaient d’abord ammenés aux extra-terrestres, ensuite aux scientifiques du Syndicat qui faisait les expériences dans des wagons de train. Les femmes ont reçu des hormones pour stimuler la production d’ovules qui furent utilisées lors des opérations de clonnage. Les femme furent enlevées pour leurs ovules. Ceci les empêchait d’avoir des enfants. Plusieurs villes ont reçu la "purité de contrôle" à travers la viande que les habitants mangeaient. Scully a été vidée de ses ovules. Elle apprit plus tard qu’elle a "eu" une petite fille, même si elle n’était en fait qu’un hybride "manqué".
L’hybridation a un effet secondaire unique: elle guérit l’humain de toutes maladies (comme la paralysie de Cassandra) et l’hybride développe une immunition contre toutes sortes de maladies et les blessures se refermement comme par enchantement. Les expéreinces avec la "purité de contrôle" ont été faites sur des personnes malades. Jusqu’à très récemment, le Syndicat n’a pas été capable de créer un hybride totalement immuni contre l’huile noire, ce qui explique pourquoi la colonisation n’a pas encore débutée. Cela changera lorsque Cassandra devient le premier succès et se fait tuer par les rebels.
La raison que le Syndicat aide les extra-terrestres à faire un hybride est la suivante: le Syndicat a approché les extra-terrestres pour qu’ils puissent retarder la colonisation aussi longtemps que possible pour faire un hybride. En réalité, ils essayent de gagner du temps pour concevoir un vaccin. Cassandra étant un succès n’était pas une bonne nouvelle qu’elle aurait dû pour les extra-terrestres. Le pacte était que lorsque le Syndicat avait un hybride parfait, ils allaient redonner l’embryon extra-terrestres et revoir leurs enfants. Ensuite, ils recevraient les gènes hybrides pour qu’ils puissent survivre la colonisation.
Les opérations de clonnage, quelques fois sous la supervision de clônes, ne pouvaient être laisser seules. C’est là que rentre le Mercenaire en lieu de compte. Il y en a plus qu’un mais ils possèdent les mêmes caractéristiques. Le Mercenaire est exactement comme un clône mais possède également le pouvoir de détecter et de guérir les maladies des autres et se métamorphoser pour prétendre être quelqu’un d’autre. En fait, les hybrides parfaits démontrent une habilité limitée de faire cela. Le Mercenaire peut seulement se faire tuer avec une blessure à la nuque. La meilleure façon de le tuer, c’est avec un pic à glace ou un stiletto. C’est le même instrument utilisé par le Mercenaire pour éliminer les autres clônes. Cet arme est très important pour le Syndicat, puisque la personne qui détient le stiletto peut tuer le Mercenaire. La mère de Mulder en avait un dans sa maison de campagne jusqu’à temps que Mulder le découvre. Le Mercenaire a reppris l’arme cependant. Il semblerait que le stiletto peut être utilisé également pour chasser l’huile noire de l’hôte. L’arme fonctionne en tuant ou en enlevant les parties extra-terrestres de quelqu’un. Le résultat est la mort. Le Mercenaire est aussi un avertissement au le Syndicat pour les empêcher de faire quelque chose en secret. Il ignore tout du vaccin.
Les premiers essais pour créer un hybride par le Syndicat furent réalisés en compagnie des Japonais dans le Camp 731 à Manchukuo et des Allemands durant l’Opération Presse-Papier après la Deuxième Guerre Mondiale. Ces essais furent un échec. Ils avaient un sang vert. Les Japonais ont essayé de faire un hybride non-autorisé et le sortir des États-Unis en cachette. Ces hybrides, connus sous le nom de "marchandise", ressemblaient aux extra-terrestres conventionnels avec leurs larges têtes et leurs gros yeux noirs. Cependant, ils avaient la marque de vaccination de la variole sur leurs bras gauches, ce qui disait qu’ils étaient à moitié humain. La plupart d’autres ont péri. La raison que ces hybrides ont été un échec était qu’il étaient fabriqués à partir d’A.D.N. extra-terrestre volé provenant d’OVNIs écrasés et d’extra-terrestres matures. Les nouveaux hybrides ont été fabriqués à partir de l’embryon après que le pacte fut scellé avec les extra-terrestres. Le pacte a été réalisé parce que le Syndicat a réalisé que la colonisation allait se produire et que c’était le seul moyen pour sauver leurs peaux. Ils ont voté pour devenir un allié avec les extra-terrestres en créant un hybride pour retarder la date de la colonisation.
