L'Agent Fox Mulder, ancien criminologue, s'intéresse particulièrement à ces dossiers à cause d'un cas très personnel. Sa soeur, Samantha, s'est fait enlever par des extra-terrestres à l'âge de huit ans lorsqu'il la gardait un soir de novembre. Un an après que Mulder ait ouvert les Affaires Non Classées, l'Agent Dana Scully, qui a fait des études en médecine mais elle a chosi de ne pas la pratiquer, se fait muter au Département pour valider le travail de l'Agent Mulder. Ensemble, ils enquêtent sur des dossiers les plus inusités. Ils découvrent, au cours de leurs enquêtes, qu'une conspiration internationnale existe à l'intérieur du gouvernement. C'est alors qu'une quête de vérité commence pour eux.
Cependant, quelqu'un les surveille, leur bloque leur chemin dans leur quête de la vérité. Cet homme, surnommé le Fumeur ou l'Homme à la Cigarette, fait parti d'un Consortium dont le but est de voiler la vérité. Ces hommes travaillent depuis plus cinquante ans sur un Projet qui changera la vie de tous les hommes, les femmes et les enfants du monde. Ils font de multiples d'expériences pour la venue des premiers extras-terrestres sur cette terre. Des hybrides jusqu'aux innoculations de variole en passant par des clones, ces expériences font parti du grand Projet. Cependant, à l'insu des extra-terrestres, les membres du Consortium essayeront de déveloper un vaccin contre l'huile noire, un virus extra-terrestre intelligent qui contrôle les humains et qui sert de ceux-ci comme hôtes.
Au cours de leurs enquêtes, Mulder et Scully auront recours à des informateurs secrets. Le premier, connu sous le nom de Deep Throat, les aidera en fournissant des informations sur des expériences illicites comme l'Expérience Litchfield ou Projet Génome. Après la mort de Deep Throat vient son succéceur, un homme capable de tuer de sang froid, Monsieur X. Moins enthousiate que son prédecesseur, il se servira souvent de Mulder pour lui fournir des informations pour aider le Consortium. Mais sa traîtrise est des deux bords puisqu'il aidera souvent Mulder en le sauvant de la mort. Pour le contacter, Mulder colle un "X" sur la fenêtre de son appartement. Découvert au cours d'une enquête de Mulder, Mr. X se fera tuer devant la porte de l'appartement de Mulder en écrivant SRSG sur le plancher. Mulder fera ensuite la rencontre de Marita Covarrubias, répresentante spéciale du secrétaire général des Nations Unis, qui aide Mulder du mieux qu'elle le peut. On découvrira alors qu'elle sert le Consortium et qu'elle dit à Mulder ce que le Groupe veut qu'elle dise. Elle aura une liaison amoureuse avec Alex Krycek, ancien agent du FBI et du Consortium, maintenant un rénégat qui travaille à son propre compte et essaye de sauver sa peau.
Parmi les aides de Mulder et Scully, il y a le directeur adjoint du FBI Walter Skinner qui les aide à sortir du mieux qu'il peut des problèmes qu'ils rencontrent au cours de leurs enquêtes qui pourraient avoir de graves conséquences dont la perte de leurs travail et le fermeture du Département des Affaires Non Classées. Bien qu'hostile viv-à-vis Mulder au début, il fera tout pour sauver les deux agents, même à faire un pacte avec l'Homme à la Cigarette lorsque Scully découvre qu'elle à un tumeur au cerveau. Cet tumeur est le résultat de l'extraction d'un implant qui se trouvait à la base du crâne de Scully. Cet implant a été posé lors de l'enlèvement de Scully quelques années auparavant. En replaçant l'implant, Scully guérira de son cancer. Elle apprendra plus tard que dû à son enlèvement, elle est stérile et ne peut pas concevoir d'enfants. Pourtant, elle rencontrera une petite fille, Emily, qui ressemble beaucoup à sa soeur décédée, Melissa. Après plusieurs tests, elle apprend qu'Emily est sa fille. Cependant, elle n'a jamais été enceinte. Peu de temps après, Emily meurt.
Leur quête de la vérité leur coûtera chère dont la mort de leurs proches et de leurs emplois. Mais ils persévéront à chercher malgré tout. Car, la vérité est ailleurs...
ÉPISODES SUR LA CONSPIRATION ET LES EXTRA-TERRESTRES
Pilot: The X-Files; Deep Throat; Conduit; Fallen Angel; E.B.E.; The Erlenmeyer Flask; Little Green Men; Sleepless; Duane Barry; Ascension; One Breath; Colony; End Game; F. Emasculata; Anasazi; The Blessing Way; Paper Clip; Nisei; 731; Piper Maru; Apocrypha; Wetwired; Talitha Cumi; Herrenvolk; Musings of a Cigarette-Smoking Man; Paper Hearts; Tunguska; Terma; Memento Mori; Tempus Fugit; Max; Zero-Sum; Demons; Gethsemane; Redux; Redux II; Unusual Suspects; Christmas Carol; Emily; Patient X; The Red and the Black; Travelers; The Pine Bluff Variant; The End; The X-Files: Fight the Future; The Beginning; Dreamland I; Dreamland II; S.R. 819; Two Fathers; One Son; Three of a Kind; Biogenesis; The Sixth Extinction; Amor Fati; Sein und Zeit; Closure; BioForge; all things; Halo; Bis Zur Vergasung; Nemesis.
