Croyant que Mulder est mort, les patrons de Scully la congédie du FBI. Celle-ci apprend lors d’une visite au FBI en tant que touriste qu’elle a un objet métallique implanté dans sa nuque. Elle découvre qu’une puce électronique a été installée là lors de son enlèvement. Elle apprend également qu’un groupe de gens (dont le Fumeur en fait partie) qui forment un Consortium essaie de la tuer. Elle soupçonne le Directeur Adjoint Skinner qu’elle confronte dans l’appartement de Mulder. Les deux se pointent leurs armes et Mulder arrive pour régler la situation. Celui-ci a été guéri par un rituel améridien par des Navajos qui l’ont retrouvé dans le désert. Skinner leur apprend qu’il possède maintenant les fichiers que le Consortium désire tant. Pendant ce temps, Alex Krycek, qui travaille pour le Consortium, tue la soeur de Scully, Melissa, par accident. Les agents continuent leur enquête et tombent sur un entrepôt dans la Virginie où se trouvent des fichiers sur tout Américain né depuis les cinquante dernières années. Ils découvrent que Mulder était sensé d’être enlevé à la place de sa soeur, qu’ils possèdent des tissus de Scully et qu’un vaisseau avec des êtres non humains plane au dessus de l’entrepôt. Ils s’en sortent de là après s’être fait poursuivis par des hommes en habit militaires. Après plusieurs négotiations, Mulder et Scully sont réintégrés au FBI après que Skinner ait menacé l’Homme à la Cigarette.

Quelques mois plus tard, Mulder tombe sur une vidéocassette montrant une autopsie extra-terrestre où les pathologistes se font assassiner par des gens de l’Armée. Leur enquête les amène à une conspiration entourant un camp de concentration où des médecins japonais ont opéré sur des innocents pour créer l’hybride parfait. Un de ces hybrides est amené dans un train que Mulder essaie de monter à bord. Malheureusement, Mulder apprend qu’il y a une bombe à bord destinée à tuer cet hybride. Pendant ce temps, Scully est amenée dans un autre train contenant une salle d’opération ressemblant étrangement à celle où on l’a opérée durant son enlèvement. Scully comprend alors que ces hybrides ne sont pas extra-terrestres mais des pauvres innocents humains. Dans le train, Mulder voit les dernières minutes s’écouler et tout est sur le point de sauter lorsque l’informateur de Mulder vient le secourir, laissant l’hybride dans le train. Toutes preuves de l’enquête ont disparu, se trouvant dans les mains du Fumeur.

Quelques mois après la mort de sa soeur, Mulder et Scully enquêtent sur des marins français qui ont été exposés à des radiations plus élevés qu’Hiroshima. Ils découvrent l’existence d’une forme d’huile noire qui possède les gens pour pouvoir retourner à son vaisseau. Sur leur chemin, ils rencontrent les assassins de la soeur de Scully. Le premier (Luis Cardinal) se fait arrêter tandis que Krycek s’en sort qui est possédé par l’huile. Possédant Krycek, l’huile noire réussit à redonner le cassette numérique à l’Homme à la Cigarette contre l’information sur l’emplacement du vaisseau. Ce vaisseau se trouve dans un silo au Dakota. Après s’être rendu là, l’huile retourne chez elle, laissant Krycek dans le silo.

Après plusieurs enquêtes, Mulder et Scully rencontrent un homme, Jeremiah Smith, possédant le pouvoir de guérir les gens par le toucher. Il est en fait un rebel contre la colonisation. Il se fait capturer par l’Homme à la Cigarette qui le relâche après avoir été de son cancer des poumons. Pendant ce temps, la mère de Mulder a un arrêt cardiaque, la mettant dans un lit d’hôpital après avoir rencontré l’Homme à la Cigarette. Jeremiah retrouve Mulder et Scully et prétend connaître le lieu où se trouve Samantha. Cependant, avant qu’il puisse dévoiler ces informations, le Mercenaire se dirige vers eux, près à tuer.

Entre les moments où ils découvrent des éléments nouveaux sur cette conspiration mondiale, Mulder et Scully ont enquêté sur:

• Un adolescent contrôlant la foudre
• Un homme qui tue des diseurs de bonne aventure
• Un prisonnier mort qui prétend pouvoir se venger d’outre-tombe
• Un homme qui séduit des femmes sur Internet pour avaler leurs matières adipeuses
• Un soldat qui a un pouvoir de projection astrale qui se venge sur ses supérieurs
• Une jeune fille enlevée qui partage un lien psychique avec une serveuse de restaurant ayant déjà vécu la même situation
• Un jeune garçon présentant des stigmates, des blessures identiques à celui du Christ
• Une ville envahie par des cancrelats
• Des jeunes filles qui partagent un pouvoir provenant d’une conjontion astrologique
• Un tueur qui se croit posséder par des gargouilles, obsédant Mulder au point de la folie
• Un homme contrôlant la pensée des autres
• Une malédiction entourant une relique
• Un jeu mortel impliquant un trafic d’organes vitaux et des fantômes chinois
• Des enlèvements extra-terrestres dans une petite ville qui intéresse un grand auteur
• Un meurtre impliquant le Directeur Adjoint Skinner
• Un monstre marin vivant dans un lac
• Des meurtres commis par des gens qui ont subi un lavage de cerveau après avoir été exposé à la télévision

La Conspiration : 3X01 The Blessing Way, 3X02 Paper Clip, 3X09 Nisei, 3X10 731, 3X15 Piper Maru, 3X16 Apocrypha, 3X21 Avatar, 3X23 Wetwired, 3X24 Talitha Cumi

Cinq épisodes à ne pas manquer : 3X04 Clyde Bruckman’s Final Repose, 3X08 Oubliette, 3X14 Grotesque, 3X17 Pusher, 3X20 Jose Chung’s « From Outer Space »

Thèmes récurrents : Les tueurs en série et les groupes ethniques

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