Como las cuevas son ambientes con poca luz o sin ella, no hay plantas verdes que realicen fotosíntesis. Esto tiene importantes consecuencias para los tipos de organismos que viven dentro de las cuevas y sus estilos de vida. Muchos son necesariamente detritívoros o carnívoros, no hay hervíboros. Los productores primarios más comunes en estos ecosistemas son bacterias y hongos. Las bacterias pueden ser divididas en: heterótrofas que son las que rompen los desechos orgánicos y ganan nutrientes y energía o quimioautótrofas que reducen los compuestos minerales tales como el hierro o sulfatos y también ganan energía y nutrientes. En los ambientes acuáticos subterraneos, las bacterias son los principales productores primarios al realizar la quimiosíntesis como se muestra en la figura.

Los hongos descomponen la materia orgánica de forma lenta y proveen además una fuente de alimento para detritívoros, pero su productividad es limitada. Son los hongos parte de los organismos que se encargan de degradar el guano para incorporar la energía a otros niveles tróficos.