El primer organismo de ambientes hipógeos estudiado fue Proteus anguinus, un anfibio descrito por Laurenti en 1978. En el siglo XIX diferentes naturalistas como J.C. Schiödte, A. Schmidl y E. Simon en Europa o T. Tellkrampf, F. W. Putnam y A. S. Packard Jr. en Norteamérica se interesaron en la fauna habitante de las cuevas. Sin embargo, el comienzo de la investigación sistemática de la biología de estos sistemas data de principios del siglo XX, donde E. G. Racovitza y R. Jeannel dieron realce a la bioespeleología en Europa. A mitad del siglo XX se lograron progresos notables en conocimientos de taxonomía, ecología y fisiología de la fauna de cuevas estudiadas en Europa y Norteamérica. Los datos obtenidos se dieron a conocer en dos monografías: una de A. Vandel titulada "Bioespeleología" en 1964 y otro de T.C. Barr titulada "Ecología de las cavernas y evolución de los troglobios" en 1968. De ahí en adelante se emprendió la investigación en diferentes áreas que involucran el conocimiento de los organismos y su grado de evolución . En los años 70's se estudió la primer población a nivel genético usando técnicas de electroforésis en fauna de cuevas tropicales. En años recientes se han descubierto cuevas con gran riqueza faunística, con numerosos habitats subterráneos (como larvas tubícolas y otros) que presentan complejos mecanismos de colonización y que han servido para darles un nombre propio a los habitantes de las cuevas: troglobios.