La permeabilidad del suelo cárstico hace que la presencia de cuevas y otras formaciones geológicas determinen, en muchos casos, el tipo de vegetación que se encuentra en la superficie cercana, esto es porque el agua que sale de la cueva es rica en minerales. Un buen ejemplo lo tenemos en Yucatán ya que las comunidades vegetales que se encuentran alrededor de los cenotes, en las entradas de las cuevas y dolinas ("cenotes secos") son muy diferentes a las que encontramos en sitios adyacentes.

Las aguas cársticas presentan altos grados de mineralización, alcanzando rangos de 460-490 mg/l de bicarbonato de calcio. Las aguas profundas de las cuevas alcanzan hasta 18ºC de temperatura, y en la mayoría de los casos la luz está ausente. Estas características fisicoquímicas del agua cárstica ha permitido el seguimiento de su ruta y por lo tanto establecer planes de protección a los sistemas adyacentes y de conexión de las cuevas. En paises como Rusia ésto tiene importancia ecológica y económica y por ello la protección de estos sistemas es vital, por lo que invierten mucho capital en la investigación de la circulación profunda que presentan.