An alignment of DNA sequences, with one consensus sequence for each subtype of HIV-1. Only shows differences from first sequence
CONSENSUS-A ATGGGTGGCAAGTGGTCAAAAAg?AGCAtAGTGGgATGGCCTgAGGTTAggaAAAGAATgAGAcAAACt. 68CONSENSUS-B ---------------------?-t--t?-g-?t---------act--A---g------------g-g--? 66CONSENSUS-C -----G-----------------T--------T----------CT--A--AG-------A---AG----. 69CONSENSUS-D -----------A-----------T--T-----t----------CTA-A---G-------A---Ag----? 69CONSENSUS-E -----A-----------------T------------------C----c---G-------A-aG------. 69CONSENSUS-F ------?----------------T--T-----T--?-------CTA-A---G-----?-?----??--C. 63CONSENSUS-G -----A-----------------T--T-----T----------CA--A---G-------A---AG----C 70CONSENSUS-O -----?AA?GCA-?-AG?---?---AAT-T-??------?-A-?A--A--AG-?---------?G-?-?. 55CONSENSUS-U ------??------------???-?????????---------????-?---G-------A--?-?---?? 46CONSENSUS-A .........................................???CCTaCAGCAGCAAaAGGAGTAGGAGC 94CONSENSUS-B ?????????????????????????????????????????---GAgC--------g-t--g--g----- 92CONSENSUS-C ............................................-AGC--------G-G----------- 95CONSENSUS-D ??????????????..............................gA-C--------G-T--G-------- 95CONSENSUS-E ............................................---c-----a--g------------- 95CONSENSUS-F ............................................---C--------G-?--G--G----- 88CONSENSUS-G CACCAGCAGCAGAAAGAAAA........................GAAG--------G------------- 116CONSENSUS-O ..........................????CT???CCT?A?---?AAC--TG?---CCT---------?? 83CONSENSUS-U ????????....................................--?C--?---?-??------------ 67CONSENSUS-A AGtATCTCAAGAT...............TTAGATAaAcATGGAGCAaTCACAAGCAGTAATaca?ca??a 146CONSENSUS-B --------g---c...............c-g--a--------------------t--c------g--gct 147CONSENSUS-C --CG--------C...............---------T--------C-T--------C------C-CACC 150CONSENSUS-D --------G---C...............C-G--A--------G-----------T--C------g--agT 150CONSENSUS-E -------------...............C-----------------g-A-----T-------Tg...... 144CONSENSUS-F ---G--------C...............-----A-G--GG--G-----T----?---C-----TAG-G-T 141CONSENSUS-G ---------G---...............----C--GG---------G-T--------C------G--GC- 171CONSENSUS-O ??-C--CAGG--?...............----CA?CTAGA--?-G?--A?----TTCCC-?--TC-TCA- 130CONSENSUS-U --?----------???????????????----?---???-------??-?-------C-?-?--G---CT 111CONSENSUS-A AcTaAccCtagTTGtgCCTGGCTGGAA???GCacAAGag?.....GA?......Gagga?...GTAGGCT 196CONSENSUS-B --c--tg--Ga------------a---...----------??...--g??????-----g???--g--t- 199CONSENSUS-C T-A--TG--GA-------------C--...--G------......--GGAA...-GA--A...------- 205CONSENSUS-D -----tG--gaC-----------a---...--------a......--GAGC...-----G...--G---- 205CONSENSUS-E -A---Tg--GA-----T-------ag-...---------......--a??????----gG...------- 196CONSENSUS-F -A---T---GAC-TG-----------?...---------......--A......--?--A...------- 191CONSENSUS-G -AC--T---GA----------------...---------......--GGAG...TCA--A...------- 226CONSENSUS-O -AC--TG-AGCCCT---A-TC--A--?...AG?--C?-A......---......--?---...-----?- 175CONSENSUS-U -A---T?--??----?????????---...?---?---?......---???...-----G...------- 147CONSENSUS-A TtCCAGTcAGgCCaCAGGTaCCTtTaAGACCAATGACTTAtAAGGgAGCTgT?GATCTCAGCcaCTTTTT 265CONSENSUS-B ----------a--t--------------------------c----c----?-a-----t----------- 268CONSENSUS-C ----------A--T-----G-----------------------------AT-T---------TT----- 274CONSENSUS-D ----------A--t--------------------------C--A-a------a-----t----------- 275CONSENSUS-E -------------g---------c--------------------------T-T-----T---TT------ 266CONSENSUS-F ----------A--T--------------------?--?------------?----------T-------- 257CONSENSUS-G ----------A------------C-G-------------T---AA-T---T-T---------TT----- 295CONSENSUS-O -?-----A??A--T--A--G---C----G--------C-?---A-?---?T-T--C------TT------ 239CONSENSUS-U --------?-?--?---------?-?-----------?-?---?--?---T-T-----?---??------ 2053' LTR ->
CONSENSUS-A AAAAGAAAAGGGGGGACTGGATGGGTTAATTtACTCcaaGAaAAGACAAGAAATCCTTGATCTGTGGGTC 335CONSENSUS-B ---------------------a---c-----------C-a-----------t------------------ 338CONSENSUS-D ---------------------A---C------GG-----a--g--------G-----------T------ 345CONSENSUS-E -------------------------c---------------g---------g--------cT-A------ 336CONSENSUS-F ---------------------A-----------?-------?---------G-----------------? 324CONSENSUS-O ------------A--------?---------------C-T--?---GC---------G-----?---?-? 304CONSENSUS-U -------------------------?--?---??---???--------------------?--------- 267CONSENSUS-A TAtaACACACAAGGaTtCTTCCCtGATTGGCAGAAtTACACACCAGGGCCAGGgAccAGATtC...CCAC 402CONSENSUS-B --cc----------c-a------------------c-------------------t-----at?..---- 405CONSENSUS-D --C-----------CA-------------------C-------------------T-----At...---- 412CONSENSUS-E -----t--------c-----------------?--c-------------------t-----a-...---- 402CONSENSUS-F --CC-- 330
CONSENSUS-O ---?----T--G---------------------???--------?--A-----A?-?--?---...---- 363CONSENSUS-U --?C-?--------C-?---------------?--?-------------------??----?-...---- 326CONSENSUS-A TaACaTTTGGaTGGTGCTtCAAgCTAGTACCAgTtGATCCAGc?GAaGTAGAG...gAaGccActG?aGG 467CONSENSUS-B -G--c--------------------------------g----aga-g-----a...--g----a--a--- 472CONSENSUS-D -g--C---------------g--------------------CaG--G-----A...--g-------A--- 479CONSENSUS-E -GTGT--------------------------------c---aga---------...--G-A--acaA--- 469CONSENSUS-O -G-------------TG--T--A--?--------GTCAG?--AA--G-C---?AGACT?-G?-A-AC-?? 426CONSENSUS-U -G???--?-----------?---?--------?-???----??----------...--?----A-?---- 377<- NFAT-1 ->
CONSENSUS-A AGAGAaCAACAGtcTAtTACACCCtATaTGcCAACATGGAaTgGAtGAtGA?gA?AgAgAAgtgtTaATg 535CONSENSUS-B ------------ct-g-----------ga---tg-----g--------CcCg--G------------ga- 542CONSENSUS-D -----c----t-CT-G-----------g-----G-----------G--CcCG--G---c---------a- 549CONSENSUS-E ---a------T-C--g--------C--gA----G--------a--g--c--a--a---------C-G--- 539CONSENSUS-O T--????GCT-?---?C-?--T--AGC?--T???------??T--?---?CAC--???--?A-AC-?-?? 473CONSENSUS-U ----------T-?--G--------?--?A----?-----------?--?-?---A---------?---?? 436<- IL2/NRE ->
<- NRF ->
CONSENSUS-A TGGAagTTTGACAGtagcCTGGCATTaAaACACAgAGCt?aaGAgcTGCATCCGGAGTtCTAc...AAAG 601CONSENSUS-B ----g---------cc----a-----tc-t----tg--ccg-----------------a----...--g- 609CONSENSUS-D ----GA---A----C--A--A-----TG-g----AG--CCG----a-----------------...---- 616CONSENSUS-E ---------------gC---A---CG--------t---CcG---A--------a----a---T...---- 606CONSENSUS-O ---?-------T--ATC??-A-GC???-C?--T?T?--?-TG??AA??--C--A---C---T-C??--G? 525CONSENSUS-U --------------C??---A---C?--?----??---C-G---????----------?----...---- 491CONSENSUS-A ACTGC---TGA 609CONSENSUS-B -----?--TGACATCGATGTGTCTACAAGGGACTTTCCGCTGGGGCATTTCCAGGGAGGCGCGGCTGGGC 677CONSENSUS-D ----- 621CONSENSUS-E -------- 614CONSENSUS-O -? 526
CONSENSUS-U ----- 496CONSENSUS-B GGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGATGCTGCATA 712
An alignment of protein sequences, with one consensus sequence for each subtype of HIV-1. Only shows differences from first sequence
CONSENSUS-A MGGKWSKsSiVgWPeVrkRmRqT..............?PtAAkGVGAvSQD.....LDkhGAiTSSNt?? 48CONSENSUS-B -------?-??---?--e---ra??????????????-Ep--d------r-.....-e----------aa 46CONSENSUS-D --------------AI-E-I-r-?????..........dP--D------R-.....-E----------as 50CONSENSUS-O --NA??-?KF?--??--?---R?.........???P?-?PC-P---??-RE.....-A?R-G-?--H-PQ 38CONSENSUS-U --?----????---??-E-I-?-???............-P???----?---?????-?-?--??--??A- 31\vskip6pt
* SH3-binding | | | | SH3-binding
CONSENSUS-A tnpsCaWLE?Aqe?.d..e?.VGFPVRPQVPLRPMTYKgAvDLShFLKEKGGLDGLIyS?kRQEILDLWV 110CONSENSUS-B --ad-----.----.e??-e?-----------------a-?------------e---?-q---d------ 108CONSENSUS-D --ad-----.---..ES.-E.-----------------e--------------E---W-K---------- 115CONSENSUS-O N-AAL-F-?.SH?..?..--.-----?---------?-?-F---F--------?-----H--A------? 93CONSENSUS-U N-??-???-.??-..E?.-E.---------------?---F---?-----------??------------ 83\vskip6pt
SH3-binding
* | |
CONSENSUS-A YnTQGfFPDWQNYTPGPGtRf.PLTFGWCfKLVPvDPaEVE.eat?GEnNSLLHPICQHGmdDe?revLm 176CONSENSUS-B -h---y------------?-y?-------------e-ek--.--ne---------msl-----pE----? 174CONSENSUS-D -----I------------I-Y.--------e------q---.---E--t-c----?-----E-pE-q--k 182CONSENSUS-O -?---------?------?--.------L------S?E-A-RLGNT?-?A?----A-?--?E-?H?-I-? 150CONSENSUS-U -H---?----?-------?-?.--?---------??-?---.--N-----C----?S----?-?E----? 138\vskip6pt
*
CONSENSUS-A WkFDSrLAlkHrA?ElHPEfY.KDC$ 199CONSENSUS-B -r------fh-m-r-----y-.---?TSMCLQGTFRWGISREARLGGTGEWRALRCCI 230CONSENSUS-D -R-N----fE-K-R-m-----.--- 206CONSENSUS-O -?--RS-G?T-?--??---LF?-? 166CONSENSUS-U -----S--??-?-R-?---?-.--- 157
nef
Nucleotide
An alignment of DNA sequences with a consensus for each subtype of HIV-1, plus several representative sequences for each subtype. Only shows differences of representative sequences from consensus sequence Subtypes C and E-H are not currently represented in NEF. The sequences Z321 and MAL could not easily be assigned to any of the three NEF subtypes, A, B, and D.
CONSENSUS-A ATGGGTGGCAAGTGGTCAAAAAg?AGCAtAGTGGgATGGCCTgAGGTTAggaAAAGAATgAGAcAAACt. 68U455 ----------------------AG----G-----A----------------------------G-----. 69
IBNG -----------------------C------------------A------T------------------C. 69
SF1704 -----------------------T--------------------------AG-------A---------. 69
CONSENSUS-B ATGGGtgGcAagtGGTCAAaa?gtagt?tgg?tGgaTGGcctactgTAAGggAaAgaaTgagacgAgct? 66SF2 ---------------------C-----A---G-------T--G--A-----------------------G 70
LAI ---------------------A-----G---T-------------------------------------. 69
NL43 ---------------------A-----G--AT----------G--------------------------. 69
LW123 ---------------------A-----G--AT-------------------------------------. 69
GLNEF3 ---------------------C--...A---G----------G----------T------CA-------. 66
GLNEF5 ---------------------......C---GC------------------------------------. 63
GLNEF6 ---------------------......C---GC-----------------------G---------A--. 63
BRVA ---------------------......A---C-------T-C---------------------------G 64
MN -----------A---------C--...G--AC-------------------------------------G 67
SC -----G---------------C-----G---T-------------------------------AA-A--. 69
BAL1 ---------------------A-----A-A-TC-T-------G--------A-----------A--A--. 69
JRCSF ---------------------CA----G--CC-------T-----------------------------G 70
JRFL ---------------------C-----G--CC-------T-----------------------------G 70
NH53 --------A---C--------C-----G--AC-------TT----------------------------. 69
OYI ---------------------T-----A--AAG------------A---------------AG------G 70
SF162 ---------------------C--...A--AG-------T--G-A----------------A-------G 67
CAM1 ---------------------C-----C---G-------T--G-----------------CA-------G 70
NEF20BL ---------------------T---C-......------T--G-----------------CA-------G 64
NEF28BL ---------------------A-----A-A-T---------A-A-------------------------. 69
NEF39BL -----G---------------C-----AG--A--AC---A------------------------A----G 70
NEF3BL -------------------RW...M--A---C-------Y--R----------C-R---R-T--R-A--. 66
NEF4BL --------T--A---------A-----A--AT----------G--A-------C---------------. 69
SF33 ---------------------A---AAA--...---------G------------------AG------. 66
SWB884 ---------------------A-----A--AG----------G--A---------------A--A----. 69
HAN ---------------------T-----......----------------------------A--A----G 64
D31 -----------A--------GA-----G---T----------G--A---------------A-------. 69
RF ---------------------A---AGA---G----------G-----------------CA-AA----. 69
YU10 ---------------------C-----A---C------------------------------------CG 70
BCSG3C ---------------------C---TGGA--G--------A-G--------------------------. 69
P896 -----A---------------C----GGCA-AG-------AG---A-----------------------. 69
5021911 ---------------------CT----......----------------------------A-A--A--G 64
5049501 ---------------------A-A-TG......------T--------------------------A--. 63
COL83A ------------G--------.-----G---T-------------A-----------------------. 68
E88NEF ---------------------A-----G---T------------CA----A------------A-----. 69
E90NEF ---------------------A-----G---T----------G-CA-----------------A-----. 69
E81NEF ---------------------T-----GC--T-------------------------------------. 69
P102A13 ---------------------CC---GG--AG-------T--G--------------------------G 70
P164A22 ---------------------C--CTGC--AG-------G------------------------A----. 69
P166A10 ---------------------ACGTA-TG--A--------A-GT----------------------AT-G 70
P171A10 ---------------------CA----AG--T--A----T---AA----------------T-A--A--. 69
P175A01 ---------------------ACGTA-TG--A-------AA--T----------------------AT-G 70
P179A18 ---------------------A-----G--AT-------------------------T-----------. 69
P192A13 ---------------------C---T-GG--A--------A--T----------------------AT-G 70
P226A12 ---------------------CC--AGA-ATT----------T-------A------------------. 69
P227A16 ---------------------CC---GA--AG-------T--G--------------------------G 70
P233A17 ---------------------A-----G--AT-------------------------------------. 69
P248A01 ---------------------C-----AAAAA--A-------G-----------------CA-------. 69
P357A01 ---------------------A-A---G--CC-------T-----A-----------------------G 70
NE001 ---------------------A-----A--AG----------G--A---------------A-------. 69
BO1 ---------------------T-G---......--G---A---A-------------------------G 64
CD1 ---------------------A-A---G---TC--------C---A-----------------------G 70
D8511 --------T------------A-----A-A-T----------G--A-----------------------. 69
D881 --------T------------A-C---A-T-T----------G--------------------------. 69
D901 --------T------------A-----A-A-T----------G--------------------------. 69
DH1 ---------------------C-----AA--T--A----------A----A----A-----A-------. 69
E1 -----G---------------A-----G---TC---------G--A-------G---------------. 69
LM1 -----CA-T------------A---T-AG--C-------T-----------------------------. 69
LSS1 ---------------------C-----GG--T-------T-----A-----------------------. 69
RP12 --------T--A---------A-----G---T-----------AG------------------------. 69
RR1 --------T--A---------A-----AA--GG---------G--A----------------G------G 70
SF1 ---------------------C-----GG--T-------------------------------------. 69
3202A12 ---------------------A-----G--AT-----------------------------A-------. 69
3202A21 ---------------------A-----G---T----------G--A---------------A-------. 69
MANC ---------------------A----AAA-AT-----------------------------A--A--T-G 70
WEAU160 ----------TA---------C-----GGTAG----------G--A---------------A-------. 69
CONSENSUS-D ATGGGTGGCAaATGGTCAAAAAGTAGTaTAGTtGGATGGCCTGCTATAAGGGAAAGAATAAGAAgAACT? 69ELI --------------------------------G------------------------------------. 69
Z6 ----------G----------------------------------------------------------G 70
NDK ---------------------------T------------------------------------A----. 69
CONSENSUS-O ATGGG?AA?GCAT?GAG?AAA?G?AAATTTG??GGATGG?CAG?AGTAAGAGA?AGAATGAGA?GA?C?. 55ANT70 -----A--C----T---A---G-T-------AG------G---C---------A---------A--A-T. 69
MVP5180 -----G--T----G---C---A-C-------CA------T---A---------T---------C--T-C. 69
CONSENSUS-U ATGGGT??CAAGTGGTCAAA?????????????GGATGGCCT????T?AGGGAAAGAATAAG?C?AAC?? 46MAL ------GG------------AAGTAGCATAGTA---------AAGA-T--------------A-G---T. 69
Z321 ------AA------------G............---------GCAG-A--------------G-A---CC 58
CPZGAB ATGGGAACCAAATGGTCTAAAAGTAGTCTGGTAGGATGGCCTGAGGTCAGAAGAAGAATAAGGGAAGCT. 69
CONSENSUS-A .........................................???CCTaCAGCAGCAAaAGGAGTAGGAGC 94U455 ............................................---G---------------------- 95
IBNG ............................................-------------C------------ 95
SF1704 .........................................CCT-------------------------- 98
CONSENSUS-B ????????????????????????????????????????????GAgCcAgCAGcAgatgGgGTgGGaGC 92SF2 AGCCA.................................CGAGCT-------------------------- 107
LAI ............................................-------------------------- 95
NL43 ............................................-------------------------- 95
LW123 ............................................-------------------------- 95
GLNEF3 ............................................-------------C------------ 92
GLNEF5 ............................................-------------------------- 89
GLNEF6 ............................................---------------A---------- 89
BRVA AGCCAGCAAGGGAAAGA...ATGAGACGAGCTGAGCCACGAGCT-------------------------- 131
MN AACCAGCT....................................----T--------------------- 101
SC ............................................-------------------------- 95
BAL1 ............................................-----------------A--A----- 95
JRCSF AGCCAGCAACAGATAGG...GTGAGACAAACT............-------------TA----------- 125
JRFL AGCCAGCAGCAGATAGG...GTGAGACGAACT............-------------TA----------- 125
NH53 ............................................-------------------------- 95
OYI AGCTA..............................CAGCCACCT--------------A----------- 110
SF162 AGCCA....................................GCT-------------------------- 101
CAM1 AGCCA.................................CGAGCT--------------G----------- 107
NEF20BL AACCAGCA.................................GCT-------------CM----------- 101
NEF28BL ............................................------A------CG----------- 95
NEF39BL AGCCAGCAGCA.................................-------------C------------ 107
NEF3BL ............................................--------------G----------- 92
NEF4BL ............................................-------------T------------ 95
SF33 ............................................-------------------------- 92
SWB884 ............................................-------------------------- 95
HAN AGCCT.......................................-------------------------- 95
D31 ............................................--------------G----------- 95
RF ............................................-------------------------- 95
YU10 AGCCAGCAGCAGAAAGA...ATGAGACGAGCT............-------------------------- 125
BCSG3C ............................................-------------------------- 95
P896 .......................GAACCAGCT............--A----------------------- 104
5021911 AGCCT.......................................--------------A----------- 95
5049501 ............................................-----------------------G-- 89
COL83A ............................................-------------------------- 94
E88NEF ............................................-------------------------- 95
E90NEF ............................................-------------------------- 95
E81NEF ............................................-------------------------- 95
P102A13 AGCCAGCT....................................--A-----------G----------- 104
P164A22 ............................................--------------A----------- 95
P166A10 AACCAGCAGCAGAA...AGAGGGAGACGAGCT............--------------A----------- 125
P171A10 ............................................-------------------------- 95
P175A01 AACCAGCAGCAGAA...AGAAGGAGACGAGCT............--------------A----------- 125
P179A18 ............................................---------------A---------- 95
P192A13 AACCAGCAGCAGAA...AGAGGGAGACGAGCT............--------------A----------- 125
P226A12 ............................................-------------------------- 95
P227A16 AGCCAGCT....................................--A-----------G----------- 104
P233A17 ............................................---------------A---------- 95
P248A01 ............................................-------------------------- 95
P357A01 AGCCAGCAGCT.................................-------------------------- 107
NE001 ............................................-------------------------- 95
BO1 AACCAGCAGCA.................................------------A-A----------- 101
CD1 AGCCA......AGGGAAAGAATGAGAAGAGCT............-------------------------- 122
D8511 ..........................CGAGCT............--------------------A----- 101
D881 ..........................CGAGCT............-------------------------- 101
D901 ..........................CGAGCT............----------T---------A----- 101
DH1 ............................................--------------G----------- 95
E1 ............................................-------------------------- 95
LM1 ............................................-------------------------- 95
LSS1 ............................................--------------A----------- 95
RP12 ............................................-------------T------------ 95
RR1 AGCCA.....................GCAGCT............-----------------------G-- 107
SF1 ............................................-------------------------- 95
3202A12 ............................................-------------------------- 95
3202A21 ............................................-------------------------- 95
MANC ACCCAGCAGAAGAGGGGAGAAAGAAACAAGCT............--------------G----------- 128
WEAU160 ............................................--------------A----------- 95
CONSENSUS-D ??????????????..............................gATCCAGCAGCAGATGGGGTAGGAGC 95ELI ............................................A------------------------- 95
Z6 ATCCAAGAAGAACT..............................-------------------------- 110
NDK ............................................-------------------------- 95
CONSENSUS-O ..........................????CT???CCT?A?????AACCATG?GCACCTGGAGTAGGA?? 83ANT70 ..........................AGAA--TTC---G-GTCTG-------C---------------CA 113
MVP5180 ..........................TCCT--GAT---C-A...C-------T---------------GC 110
CONSENSUS-U ????????....................................CC?CCA?CAG?A??AGGAGTAGGAGC 67MAL ............................................--C---A---A-AC------------ 95
Z321 CTCCAGCA....................................--T---G---C-GA------------ 92
CPZGAB ............................................CCAACAGCAGCAGAGGGAGTAGGAGA 95
CONSENSUS-A AGtATCTCAAGAT...............TTAGATAaAcATGGAGCAaTCACAAGCAGTAATaca?ca??a 146U455 -------------...............---------T--------G-----------------T--TCT 150
IBNG --C----------...............-------G----------------------------G--CA- 150
SF1704 -------------...............---------------------------------......GT- 147
CONSENSUS-B AGtATCtcgagAc...............cTggaaaaacATGGAgCaaTcACaAgtAgcAAtacagcagct 147SF2 -------------...............------------------------------------------ 162
LAI --C----------...............------------------------------------------ 150
NL43 -------------...............--A--------------------------------------- 150
LW123 --C-----A----...............------------------------------------------ 150
GLNEF3 -------------...............------------------------------------------ 147
GLNEF5 -------------...............------------------------------------------ 144
GLNEF6 --C----------...............------------------------------------------ 144
BRVA -------------...............-----------------------------T--C--------- 186
MN --C---C------...............------------------C----------------------- 156
SC --C------G---...............------------------------------------C----- 150
BAL1 -------A-----...............------------------------------------------ 150
JRCSF -------------...............------------------------------------------ 180
JRFL -------------...............------------------------------------------ 180
NH53 -------------...............------------------------------------------ 150
OYI --C----------...............-----------------------T------------------ 165
SF162 -------------...............T----------------------------T--C--------- 156
CAM1 -------A-----...............T----------------------------------------- 162
NEF20BL -------------...............Y----------------------------------------- 156
NEF28BL -------------...............--R----G--------------------A------------- 150
NEF39BL -------------...............-------G---------------------------------- 162
NEF3BL --C----------...............--R--------------------------------------- 147
NEF4BL --C----------...............--A--T-------------------A---------------- 150
SF33 --C----A-----...............------------------C----------------------- 147
SWB884 -------------...............------------------------------------------ 150
HAN --C----------...............---A-----------------------------------A-- 150
D31 -------------...............------------------------------------C----- 150
RF --C----------...............-----G---------A-------------------------- 150
YU10 -------------...............-------G---------------------------------- 180
BCSG3C -------A-----...............------------------------------------------ 150
P896 -------------...............----CG-G---------T---------------......A-- 153
5021911 -------------...............------------------------------------------ 150
5049501 --C----A-----...............--------C---------C-T--------------------- 144
COL83A ---................................................................... 97
E88NEF --C----------...............T------G----------C----------T------C--A-- 150
E90NEF --C----------...............T------G----------C-----------------C----A 150
E81NEF --C----------...............T-----------------------------------C--A-- 150
P102A13 ---------GA--...............T------G-------------------------------AG- 159
P164A22 --C----A-----...............T----------------------------------------- 150
P166A10 --C----------...............--A----G----------------------------A----- 180
P171A10 ------------T...............------------------------------------------ 150
P175A01 --C----------...............-------G---------------------------------- 180
P179A18 --C----------...............------------------------------------------ 150
P192A13 --C----------...............-------G---------------------------------- 180
P226A12 -------------...............--------G-----------------C-------......-- 144
P227A16 ---------G---...............T-----------------C-T-----------C--------- 159
P233A17 --C------G---...............------------------------------------------ 150
P248A01 --C----------...............--------------------------C--------------- 150
P357A01 --C----------...............-------G----------C------C----------C---GG 162
NE001 -------------...............------------------------------------------ 150
BO1 --C----------...............---------------------------------......A-- 150
CD1 -------------...............----G---C--------------------------------- 177
D8511 -------------...............-------------------------A---------------- 156
D881 --C----------...............--A---------------C------A---------------- 156
D901 --C----------...............--A--------------------------------------- 156
DH1 --C----------...............--A------T--------C----------------------- 150
E1 -------------...............------------------------------------C--A-- 150
LM1 -------------...............--------------------------------CG-----CA- 150
LSS1 -------------...............------C----------------------------------- 150
RP12 -------------...............---------------------------------------A-- 150
RR1 --C---C------...............--A--------------------------------------- 162
SF1 -------------...............---------------------------------------A-- 150
3202A12 -------------...............--------G--------------------------------- 150
3202A21 -------------...............--------G--------------------------------- 150
MANC -------------...............T----------------------------------------- 183
WEAU160 -------------...............T---C----------------------------......-AG 144
CONSENSUS-D AGtATCTCGAGAC...............CTGGAAAAACATGGGGCAATCACAAGTAGCAATACAgcaagT 150ELI -------------...............------------------------------------------ 150
Z6 --C----------...............------------------------------------AGGGA- 165
NDK -------------...............------------------------------------------ 150
CONSENSUS-O ??TCTCCAGGGA?...............TTAGCA?CTAGAGG?GG?ATA?CAAGTTCCCA?ACTCCTCAA 130ANT70 GA----------A...............------G-------A--G---C----------T--------- 168
MVP5180 TG----------G...............------A-------G--A---T----------C--------- 165
CONSENSUS-U AG?ATCTCAAGAT???????????????TTAG?TAA???TGGAGCA??C?CAAGCAGCA?T?CAGCA?CT 111MAL --T----------GCAGTATCTCAAGAT----A---ATG-------GC-G---------G-C-----G-- 165
Z321 --C----------...............----C---GCA-------AT-T---------A-A-----A-- 147
CPZGAB AGTTTCGAAGGAC...............CTAGAAAGACACGGAGCTATCACTAGTAGGAACACCCCAGAG 150
CONSENSUS-A AcTaAccCtagTTGtgCCTGGCTGGAA???GCacAAGag?.....GA?......Gagga?...GTAGGCT 196U455 -----TG-C------------------...--G------......--A......-GA--C...------- 202
IBNG ---------GA----------------...---------......--T......---A-T...------- 202
SF1704 -A-C----------CA-----------AGC---A---GAG.....--C......----GG...------- 203
CONSENSUS-B AccAAtgCTGattgtgccTGGcTagAA...gcacaaGAg???...gag??????GagGag???gtggGtT 199SF2 --T------------------------...---------......---......--A---...------- 214
LAI ----------C----------------...---------......---......------...------- 202
NL43 -A--------C----------------...---------......---......--A---...------- 202
LW123 ---------------------------...---------......---......------...------- 202
GLNEF3 --T--------------------G---...---------......--A......------...------- 199
GLNEF5 ----------C----------------...---------......---......------...------- 196
GLNEF6 ----------C----------------...---------......---......------...------- 196
BRVA ---------------------------...---------......--T......-----A...--A---- 238
MN ---------------------------...---------......---......-----A...------- 208
SC -A-------------------------...---------......---......------...------- 202
BAL1 -A-------------------------...---------......--T......--A--A...------- 202
JRCSF ---------------------------...---T-T---......--T......-----A...------- 232
JRFL ---------------------------...---------......--T......-----A...------- 232
NH53 -A----------GT-------------...---------......---......--A---...------- 202
OYI --T------------------------...---------......--T......--A---...------- 217
SF162 -AT------------------------...---------......--C......-----T...-----C- 208
CAM1 --T------------------------...---------......---......------...-----C- 214
NEF20BL --T------------------------...---------......--T......-----A...------- 208
NEF28BL ---------------------------...---------......---GGA...------...------- 205
NEF39BL ---------------------------...--------A......--T......------...------- 214
NEF3BL --T------------------------...---------......--K......----MY...------- 199
NEF4BL -A-------------------------...---------......-GC......------...------- 202
SF33 --T------------------------...---------......--T......------...------- 199
SWB884 --T------------------------...---------......---......--A---...------- 202
HAN -AT--C----C----------------...---------......--A......-----A...-A----- 202
D31 --T-------C----------------...---------......---......------...------- 202
RF -AT-------C---CA-----------...---------......--TGAGGAT------...------- 208
YU10 --T------------------------...---------......---......------...------- 232
BCSG3C -A---------------------G---...---------......---......------...------- 202
P896 -A----------AT---------G---...---------......---......-GA--A...------- 205
5021911 ----------C----------------...---------......---......--A---...------- 202
5049501 -G-------------------------...--G-----A......AGT......------...------- 196
COL83A ...................................................................... 97
E88NEF -A--------C----------------...---------......---......------...------- 202
E90NEF -A--------C----------------...---------......---......------GAG------- 205
E81NEF -A-------------------------...---------......---......------...------- 202
P102A13 --T-------CC-----T-----G---...---------......---......------...------- 211
P164A22 --T-------C----------------...--------A......---......------...------- 202
P166A10 ---------------------------...---------......--T......-GC---GAG------- 235
P171A10 --T------------------------...---------......--T......-----A...A-A--C- 202
P175A01 ---------------------------...---------......--T......-GT---GAG------- 235
P179A18 ----------C----------------...---------......---......------...------- 202
P192A13 ---------------------------...---------......--T......-GT---GAG------- 235
P226A12 -AT-------CC----T----G-----...---------......---......------...------- 196
P227A16 -A--------C----------------...----G----......---......-----A...------- 211
P233A17 ----------C----------------...---------......---......------...------- 202
P248A01 --T-------G----------------...---------......---......------...-----C- 202
P357A01 ----------C----------------...---------......---......------GAA------- 217
NE001 --T------------------------...---------......---......--A---...------- 202
BO1 -A--------C----------------...---------......---......------...------- 202
CD1 -A----A----------------G---...CG-------......---......------...-----C- 229
D8511 -A-------------------------...---------......---......-----A...------- 208
D881 -A-------------------------...A--------......---......--A--A...------- 208
D901 -A-------------------------...---------......---......-----A...------- 208
DH1 -AT-------C----------------...---------......---......--A---...--AA--- 202
E1 -A--------C----------------...---------......---......------...------- 202
LM1 -A-------------------------...---------......---......------...------- 202
LSS1 -A----C--------------------...---------......--A......------...------- 202
RP12 -A-------------------------...---------......---......------...------- 202
RR1 -----------C---------------...---------GAA...---......------...------- 217
SF1 -A-------------------------...---------......---......------...------- 202
3202A12 --T------------------------...---------......--T......--A---...------- 202
3202A21 --T------------------------...---------......--T......--A---...------- 202
MANC --T------------------------...---------......---......------...------- 235
WEAU160 -AT-----------C-T----T--A--...---------......--T......------...------- 196
CONSENSUS-D ACTAAtGcTgaCTGTGCcTGGCTaGAA...GCACAAGAa......GAGAGC...GAgGAG...GTGGGCT 205ELI ---------------------------...---------......------...--C---...------- 205
Z6 -----C---------------------...---------......------...------...------- 220
NDK -------A-AC------A-----G---...--------G......------...------...------- 205
CONSENSUS-O AACAATGCAGCCCTTGCATTCCTAGA?...AG?CAC?AA......GA?......GA?GA?...GTAGG?T 175ANT70 --------------------------A...--T---C--......--G......--A--A...-----T- 220
MVP5180 --------------------------C...--C---A--......--T......--G--T...-----C- 217
CONSENSUS-U AATAAT?CT??TTGT?????????GAA...?CAC?AGA?......GA????...GAGGAG...GTAGGCT 147MAL ------G--AG----.........---...C---C---A......--AGAG...------...------- 211
Z321 ------C--GA----GCCTGGTTG---...G---A---G......--GTCA...------...------- 202
CPZGAB ACTAATCAAACTCTAGCTTGGCTAGAG...GAAATGGAC......AAT......GAAGAA...GTAGGAT 202
CONSENSUS-A TtCCAGTcAGgCCaCAGGTaCCTtTaAGACCAATGACTTAtAAGGgAGCTgT?GATCTCAGCcaCTTTTT 265U455 -C-----T-------------------------------------C----T-T---------TT------ 272
IBNG -------------------G-----G--------------------------C----------------- 272
SF1704 ----------A--G---------C----------------C-----------G----------------- 273
CONSENSUS-B TtCcAgTcAgaCCtcaGGTaCCtTTAAGaCCaATgActtacAagGcAGCt?taGATcTtAGccacTTTTt 268SF2 --------------------------------------------------T-----A------------- 284
LAI ---------C----------------------------------------G------------------- 272
NL43 ---------C----------------------------------------G------------------- 272
LW123 ---------C----------------------------------------G------------------- 272
GLNEF3 -------G--------------G---------------------------G-G----------------- 269
GLNEF5 ---------C----------------------------------------G------------------- 266
GLNEF6 ---------C----------------------------------------G------------------- 266
BRVA ---------A---------------------------C------------G------------------- 308
MN ---------A---------------------------------A------T------------------- 278
SC --------------------------------------------------G-------------T----- 272
BAL1 --------------------------------------CG--GT------A------------------- 272
JRCSF --------------------------------------------------A------------------- 302
JRFL ---------------------------------------------G----G------------------- 302
NH53 --------------------------------------------------G------------------- 272
OYI ---------------------------------------------G----T------------------- 287
SF162 --------------------------------------------------T------------------- 278
CAM1 ----------------------G---------------------------T-----A------------- 284
NEF20BL ----------------------R----------------------G----T------------------- 278
NEF28BL ---------R--------------------------S--------G----K-------C----------- 275
NEF39BL -------------------------------------AAG--G------AAG------------------ 284
NEF3BL -------------------------------------------A-G----T-------------T----- 269
NEF4BL --------------------------------------------------G------------------- 272
SF33 ---------A---------------------------------A------T------------------- 269
SWB884 --------------------------------------CG--G-------A------------------- 272
HAN -------------A-------------------------------G----T------------------- 272
D31 ---------A------------------------------T---------G-G----------------- 272
RF ----------------------------G--T-------T----------G------------------- 278
YU10 -------------------G------------------C-----------A-G----------------- 302
BCSG3C ----------------------------------A---------------G-----A------------- 272
P896 --------------------------------------------------G------------------- 275
5021911 -------------------G------------------------------TGG---------TT------ 272
5049501 ----------------------------------------T--A-G----T------------------- 266
COL83A ..............AT-----------------------------G----G------------------- 153
E88NEF ---------A-----------------------------------G----G------------------- 272
E90NEF ---------A-----------------------------------G----G------------------- 275
E81NEF -----A-------------------------------------A-G----G------------------- 272
P102A13 -------------------------------------------------GG-T----------------- 281
P164A22 ---T------G--------------------------------A------A-----A-G----------- 272
P166A10 --------------------------------------------------A------------------- 305
P171A10 ---------A---C-------------------------------G----G------------------- 272
P175A01 --------------------------------------------------A------------------- 305
P179A18 ---------C----------------------------------------G------------------- 272
P192A13 ----------------------------------A---------------C-G----------------- 305
P226A12 --------------------------------------------------G------------------- 266
P227A16 ---------------------------------------------G---AT------------------- 281
P233A17 -C-------C----------------------------------------G------------------- 272
P248A01 --------------------------------------------------G------------------- 272
P357A01 ----------------------------G--------------A-G----T------------------- 287
NE001 --------------------------------------CG--G-------A------------------- 272
BO1 -------------------G--------------------T--A------G------------------- 272
CD1 --------------------------------------------------G------------------- 299
D8511 ---------------------------------------------G----T------------------- 278
D881 ---------A-----------------------------------G----T------------------- 278
D901 ---------------------------------------------G----T------------------- 278
DH1 -------------------------------------------A-G----C-C----------------- 272
E1 ---------------------------------------------G----C------------------- 272
LM1 ----------------------------G----------------G----T------------------- 272
LSS1 ------------------------------------G-------------G-----A------------- 272
RP12 ---------A----------------------------------------G----------T-------- 272
RR1 --------------------------------------------------G------------------- 287
SF1 ---------------------------------------------G----G------------------- 272
3202A12 ---------A-----------------------------------G----T------------------- 272
3202A21 ---------A-----------------------------------G----T------------------- 272
MANC ---------------------------------------T-----G---CT-G----------------- 305
WEAU160 -------T-----------------------------------------GCAT----------------A 266
CONSENSUS-D TTCCAGTcAGACCtCAGGTACCTTTAAGACCAATGACTTACAAAgaAGCtgTaGATCTtAGCCACTTTTT 275ELI -------------C------------------------------------C-------C----------- 275
Z6 --------------------------------------------CT---A-------------------- 290
NDK -------T--------------------------------------------T----------------- 275
CONSENSUS-O T?CCAGTA??ACCTCAAGTGCCTCTAAGGCCAATGACCT?TAAAG?AGC?TTTGACCTCAGCTTCTTTTT 239ANT70 -T------GC-----------------------------A-----G---A-------------------- 290
MVP5180 -C------AG-----------------------------T-----C---C-------------------- 287
CONSENSUS-U TTCCAGTC?G?CC?CAGGTACCT?T?AGACCAATGAC?T?TAA?GG?GCTTTTGATCT?AGC??CTTTTT 205
MAL --------C-T--T---------T-A-----------T-A---A--A-----------C---CA------ 281
Z321 --------A-A--A---------C-G-----------C-T---G--T-----------T---TT------ 272
CPZGAB TCCCAGTAAGACCACAGGTTCCAACGAGACCAATGACTTATAAAGCAGCTTTTGATCTTTCACACTTTTT 272
3' LTR ->
CONSENSUS-A AAAAGAAAAGGGGGGACTGGATGGGTTAATTtACTCcaaGAaAAGACAAGAAATCCTTGATCTGTGGGTC 335U455 -------------------------------C----AC-------------------------------- 342
IBNG ---------------------------------------------------------------------- 342
SF1704 --------------------------------------G--G---------------------------- 343
CONSENSUS-B aAaagAAaagGGGGGACTgGAaGGGcTaatttacTccCaaaaaAGaCAaGatATcCTtgAtcTgTgGgtc 338SF2 --------------------------------GG-------G---------G---------------A-- 354
LAI -------------------------------C--------CG-------------------------A-- 342
NL43 -------------------------------C---------G-------------------------A-- 342
LW123 -------------------------------C--------CG-------------------------A-- 342
GLNEF3 ----------------------------G--C-------G------------------------------ 339
GLNEF5 -----------------------------C---------------------C---------------A-T 336
GLNEF6 -------------------------------C---------G-------------------------A-- 336
BRVA -------------------------------C--------C--------------------T-------- 378
MN ---------------------T---T----------------G--------C------------------ 348
SC -------C----------------------.C-------G-G-------------------------A-- 341
BAL1 T--GA--------------------------C-----------------------------T-------- 342
JRCSF ------------------------------------A--G---------------------------A-- 372
JRFL -------------------------------C----A--G------------------------------ 372
NH53 --------C-----------------------T---------G--------A---------------A-- 342
OYI ---------------------------------------G--------------T--------------- 357
SF162 -------------------------T-----------------------------------------A-- 348
CAM1 -------------------------A---------------G------G------------------A-- 354
NEF20BL ---------T------------------G------------G------G--A------------------ 348
NEF28BL --G-------------------------G-----------M----------------------A------ 345
NEF39BL ---------------------T---A-G-----------G-----------G------------------ 354
NEF3BL -------------------------A-------------------------------------------- 339
NEF4BL --------------------------------GG-----------------C------------------ 342
SF33 ----------------------------G--------------------------------------A-- 339
SWB884 --G-------------------------G--C-------------------G------------------ 342
HAN -------------------------T------------C------------G------------------ 342
D31 ----------------------------G--C-------------------C--------C--------- 342
RF ---------------------T------G-G-T------G-----------------------------T 348
YU10 -------------------------------C--------C----------------------------- 372
BCSG3C --------------------------------T--------G-------------------------AC- 342
P896 ----------------------------G--C-------G------------------------------ 345
5021911 -------------------------------C---------G------------------C------A-- 342
5049501 -------C-----------------------C-------------------------------------- 336
COL83A ---------------------------------------------------------------------- 223
E88NEF ----------------------------G--C-T-------GG------------------T-----A-- 342
E90NEF ----------------------------G--C-T-------GG--------C---------T-A------ 345
E81NEF -------------------------------C---------GG--------------------------- 342
P102A13 -------TT----------------------C---------G---------A------------------ 351
P164A22 ---------------------T-----------------G-----------A------------------ 342
P166A10 -----------------------------------G----C----------------------------- 375
P171A10 ---------------------------------------------------------------C---A-- 342
P175A01 -----------------------------------GT---C--------------------A-------- 375
P179A18 -------------------------------C---------G-------------------------A-- 342
P192A13 ---------------------------GG------G----C----------------A------------ 375
P226A12 --------T----------------A-G---C--------C-------------A--------A------ 336
P227A16 ---------------------------------------G------------------------------ 351
P233A17 -------------------------------C---------G-------------------------A-- 342
P248A01 ---------------------T-----------------------------------------------T 342
P357A01 -------------------------------C------------------GC-----------------G 357
NE001 --G-------------------------G--C-------------------G------------------ 342
BO1 -------------------------------C---------G-------------------------A-- 342
CD1 ----------------------------G----------G------------------A--T-------- 369
D8511 ---------------------------------------G------------------------------ 348
D881 --------------------------------T------G------------------------------ 348
D901 ---------------------------------------G------------------------------ 348
DH1 ------------------A----------------------G-----------------------A---- 342
E1 ---------------------------------------------------------------------- 342
LM1 -------G---------------------------------G---------------------------- 342
LSS1 -------------------------------C-----------------------------------A-- 342
RP12 ---------------------------------------------------------------------- 342
RR1 ----------------------------G----------------------------------------- 357
SF1 -------------------------------C-------------------------------------- 342
3202A12 -----------------------------------------GG------------------------A-- 342
3202A21 -----------------------------------------G-------------------------A-- 342
MANC --G-------------------------G----------------G-----C--------C--------- 375
WEAU160 - 267
3' LTR ->
CONSENSUS-D AAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGCTAATTTGGTCcAAaAAgAGACAAGAGATCCTTGAtCTTTGGGTC 345ELI ---------------------------------------------------------------------- 345
Z6 ------------------------------------A-----------------------C--------- 360
NDK ---------------------------------------G--A--------------------------- 345
CONSENSUS-O AAAAGAAAAGGGAGGACTGGA?GGGTTAATTTACTCCCATAA?AGAGCAGAAATCCTGGATCT?TGG?T? 304ANT70 ---------------------A--------------------A--------------------T---G-G 360
MVP5180 ---------------------T--------------------G--------------------C---A-A 357
CONSENSUS-U AAAAGAAAAGGGGGGACTGGATGGG?TA?TTT??TCC???AAAAGACAAGAAATCCTTGA?CTGTGGGTC 267MAL -------------------------T--G---GG---CCA--------------------T--------- 351
Z321 -------------------------C--A---AC---AAG--------------------C--------- 342
CPZGAB AAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGTTAGTTTACTCCAGGAGAAGACAAGAGATCCTTGACCTCTGGGTC 342
CONSENSUS-A TAtaACACACAAGGaTtCTTCCCtGATTGGCAGAAtTACACACCAGGGCCAGGgAccAGATtC...CCAC 402U455 ---C-------------------------------------------------A-T-----A-...---- 409
IBNG -----------------------A-----------C--------------------T------...---- 409
SF1704 --C-----------C-A----------------------------------------------...---- 410
CONSENSUS-B tAccAcACACAaGGcTacTTcCCtGAtTgGCAgaactACACAccAgGgCCagGgatcaGaTat?..CCac 405SF2 -----------------------------------T---------------------------...---- 421
LAI ------------------------------------------------------G--------...---- 409
NL43 ------------------------------------------------------G--------...---- 409
LW123 -----------------------------------------------A---------------...---- 409
GLNEF3 --------------A-----T---------------------T-----------G-T----T-...---- 406
GLNEF5 -----------------------------------GG-----------------G--------...---- 403
GLNEF6 ----------------------------A-------------------------G--------...---- 403
BRVA --T---------------------------------------------------G--------...---- 445
MN ---------------------------------------------------------------...---- 415
SC ---------------------------------------------------------------C..---- 409
BAL1 -------------------------------------------------------C-----T-...---- 409
JRCSF ------------------------------------------G----A------G------T-...---- 439
JRFL -----------------------------------------------------A-------T-...---T 439
NH53 -----------------T---------------------------------------------...---- 409
OYI --T--------------T---------------------------------------------...---- 424
SF162 C--------------------------------------------------------------...---- 415
CAM1 ---------------------------------------------------------------...---- 421
NEF20BL --T-----------------------------------------------------A------...---- 415
NEF28BL --TA--------------------------------------------------G------GG...---T 412
NEF39BL --------------------------C----------------------------C-------...---- 421
NEF3BL ------------------------------------------------------G--------...---- 406
NEF4BL ------------------------------------------------------G------T-...---- 409
SF33 ------------------------------------------------------G------T-...---- 406
SWB884 -------------------------------------------------------C-----GG...---- 409
HAN ------------------------------------------------------G--------...---- 409
D31 -------------------------------------------------------C-----T-...---- 409
RF --------------------------C----------------------------C-------...---- 415
YU10 -------------------------------------------------------CT----GG...---- 439
BCSG3C ---------------------------------------------------------------...---- 409
P896 ----------------T------A-----------------------------A---------...---- 412
5021911 -------------------------------------------------------C-----T-...---- 409
5049501 -------------------------------------------------------C-----T-...---- 403
COL83A -------------------------------------------------------C-----T-...---- 290
E88NEF -------------------------------------------------------C------C...---- 409
E90NEF ---A-------------T-------------------------------------C------C...---- 412
E81NEF ---------------------------------------------------------------...---- 409
P102A13 -----------------T-----------------T---------------------------...---- 418
P164A22 -----------------------------------T------------------G-------C...---- 409
P166A10 --T------------------------------------------------------------...--C- 442
P171A10 C-----------------------------------------AA----------G--------...---- 409
P175A01 --T---------------------------------------------------G--------...---- 442
P179A18 ----------------------------A-------------------------G--------...---- 409
P192A13 --T------------------------------------------------------------...--C- 442
P226A12 --------------T--------------------------------------A---------...---- 403
P227A16 --T--------------------------------------------------A---------...---- 418
P233A17 ----------------------------A-------------------------G--------...---- 409
P248A01 --------------------------------------------------------A------...---- 409
P357A01 -----------------T---------------------------------------------...---- 424
NE001 -------------------------------------------------------C-----T-...---- 409
BO1 ------------------------------------------------------G-------C...---- 409
CD1 --T------------------------------------------------------------...---- 436
D8511 -----------G-------------------------------------------C-------...---- 415
D881 -----------G---------------------------------------------------...---- 415
D901 -----------G-------------------------------------------C-------...---- 415
DH1 ---------------------------------------------A-----A---C-G---T-...---- 409
E1 ---------------------------------TG----------------------------...---- 409
LM1 --T--T-----------------------------T--------------G----CT------...---- 409
LSS1 -----------G---------------------------------------------------...---- 409
RP12 -------------------------------------------------------C-----T-...---- 409
RR1 ---A-------------------------------T--------------------T------...---- 424
SF1 ----------------T---------------T------------------------------...---- 409
3202A12 ---------------------------------------------------------------...---- 409
3202A21 -----------------------------------------------------------G---...---- 409
MANC -------------------------------------------G-------------------...---- 442
CONSENSUS-D TACAACACACAAGGCATCTTCCCtGATTGGCAgAACTACACACCAGGGCCAGGGATCAGATAt...CCAC 412ELI --------------------------------A------------------------------...---- 412
Z6 ---------------------------------------------------------------...---- 427
NDK -----------------------C--------------------------------------C...---- 412
CONSENSUS-O TAT?ACACTCAGGGATTCTTCCCTGATTGGCAG???TACACACC?GGACCAGGA?C?AG?TTC...CCAC 363ANT70 ---A-----------------------------AAC--------A---------A-C--G---...---- 427
MVP5180 ---C-----------------------------TGT--------G---------C-T--A---...---- 424
CONSENSUS-U TA?CA?ACACAAGGCT?CTTCCCTGATTGGCA?AA?TACACACCAGGGCCAGGGA??AGAT?C...CCAC 326MAL --C--C----------A---------------G--T-------------------TT----T-...---- 418
Z321 --T--T----------T---------------C--C-------------------CC----A-...---- 409
CPZGAB TATCACACACAAGGCTTCTTCCCTGACTGGCAGAACTACACAACAGGACCAGGAACAAGATTC...CCAC 409
CONSENSUS-A TaACaTTTGGaTGGTGCTtCAAgCTAGTACCAgTtGATCCAGc?GAaGTAGAG...gAaGccActG?aGG 467U455 ------------------A------------------------T---------...-----T----G--- 476
IBNG -G--C-----G-----------A---------A-G--------A--G------...-------A--A--- 476
SF1704 ------------------------------------------AG---------...A-G-A---G-TG-- 477
CONSENSUS-B TGaccttTgGaTGGtGcTtcaAgcTAGTACCagTtgagccAGagaaggtagAa...gaggccaatgaagg 472SF2 -----------------------------------------------------...-------------- 488
LAI ------------------A------------------------T---------...---------A---- 476
NL43 ------------------A------------------------T---------...---------A---- 476
LW123 ------------------A----------------------------T-----...--A-----CA---- 476
GLNEF3 -------------------------------------------T---------...---------A---- 473
GLNEF5 -----------------------------------------------A-----...---------A---- 470
GLNEF6 ------------------A------------------------T---------...---------A---- 470
BRVA -----------------------------------------------A-----...-------------- 512
MN -----------------------------------------------A-----...---------A---- 482
SC --TGT------------------------------A-A---------A-----...--A----------- 476
BAL1 -----------------------------------------------------...-------------- 476
JRCSF -------------------------------------T---------------...-------------- 506
JRFL -------------------------------------------A---------...-------------- 506
NH53 ------------------------------------G------TG--------................. 462
OYI --TG-------------------T--------A-G--T-----CC--------...--------C----- 491
SF162 -------------------------------------T-----TT-T------...----------C--- 482
CAM1 ----A---------------------------------------C--------...---------A--A- 488
NEF20BL -------------------------------------T------C--------...A------------- 482
NEF28BL --------------------------------------G--------------...-------------- 479
NEF39BL -------------------------------------C-----T---------...----A----A---- 488
NEF3BL -------------------------------------------KG--------...A------------- 473
NEF4BL -------------------------------------S-----------M---...-------------- 476
SF33 -----------------------T----------A-----------A------...-------------- 473
SWB884 -----CC---------------------------C------------------...-------------- 476
HAN -----------------------T-------------A-----T......---...--A........... 459
D31 -------------------T---------------A--------C--------...-------------- 476
RF -------------------------------------------T---------...-------C------ 482
YU10 -----------------------------------------------A-----...----------C--- 506
BCSG3C ----------------T--------------------T---------A-----...-------------- 476
P896 ------------------A------------------------TG-A-G---G.........--CA-CA- 473
5021911 -----------------------------------A-----------------...-------------- 476
5049501 -----------------------------------------------------...---------A---A 470
COL83A -------------------.------------C---------GT--A------...------G------- 356
E88NEF ----------------------------------------------A------...-------------- 476
E90NEF ----------------------------------------------A------...-------------- 479
E81NEF -----------------------------------------------A-----...-------------- 476
P102A13 --------------------------------------------G--------...A------C------ 485
P164A22 ------------------A------------------T-A----C-A------...A-----G------- 476
P166A10 ---------------------------------------A-------------...-------C------ 509
P171A10 --------------------T-------------G--------T---------...--------GTC--- 476
P175A01 ---------------------------------------A-------------...------TC------ 509
P179A18 ------C-------C---A------------------------T---------...---------A---- 476
P192A13 ---------------------------------------A-------------...-------C------ 509
P226A12 --------------------------------------------C--------...-------CCC---- 470
P227A16 ----------G-----------A---------------------G--A-----...A------C------ 485
P233A17 ------------------A------------------------T---------...---------A---- 476
P248A01 -----------------------T-------------------T---------...------------AA 476
P357A01 ----------G---C----------------------T-----T---------...-------------- 491
NE001 --------------------------------------------C--------...-------------- 476
BO1 ----------------------------------G------------A-----...A------------- 476
CD1 ----------------------------------A---------------A--...--A----------- 503
D8511 -----------------------------------------------------...-------------- 482
D881 ----------------------------------A------------------...-------G--C--- 482
D901 -------------------------------C---------------------...----T-----C--- 482
DH1 --TGT---A----------------------------T-----TC--------...A------------- 476
E1 ---------------------------------------------G-------...-------------- 476
LM1 ----------G---------------------A-----------G--------...A------------- 476
LSS1 ----------T------------T-------------T--------AA-----...-------------- 476
RP12 ----A----------------------------------A----G--------...A------C------ 476
RR1 ----------G------------------------------------A-----...-------------- 491
SF1 -----------------------------------------------A-----...-------------- 476
3202A12 ---------------------------------------A-------A-----...-------------- 476
3202A21 ---------------------------------------A-------A-----...-------------- 476
MANC --G----------------------------------T------C--------...-------------- 509
CONSENSUS-D TgACCTTTGGATGGTGCTtCgAGCTAGTACCAGTTGATCCACaGGAGGTAGAA...GAgGcCACTGAAgG 479ELI -A----------------A----------------------------------...--A-A--------- 479
Z6 ------------------------------------------G----------...-------------- 494
NDK --------------------C--------------------------------...------------A- 479
CONSENSUS-O TGACATTTGGATGGTTGTTTAAACT?GTACCAGTGTCAG?AGAAGAGGCAGA?AGACT?GG?AATACA?? 426ANT70 -------------------------A-------------A------------A-----A--A------TG 497
MVP5180 -------------------------G-------------C------------G-----G--T------AA 494
CONSENSUS-U TG???TT?GGATGGTGCTT?AAG?TAGTACCA?T???TCCA???GAAGTAGAG...GA?GCCAAT??AGG 377MAL --ACC--C-----------T---T--------A-GAG----GAG---------...--G------GA--- 485
Z321 --TGT--T-----------C---C--------G-TGA----AGA---------...--A------AC--- 476
CPZGAB TCTGTTTTGGATGGTGCTTCAAACTAGTGCCCCTGACAGAGGAGCAGGTAGAA...CAAGCCAATGAAGG 476
<- NFAT-1 ->
CONSENSUS-A AGAGAaCAACAGtcTAtTACACCCtATaTGcCAACATGGAaTgGAtGAtGA?gA?AgAgAAgtgtTaATg 535U455 ----------------C-----------------------G-A--------A--G-A------------- 546
IBNG -------------T----------C--C--T--------------G--C--C--T---------C-G--C 546
SF1704 -----C------C--------------------------------------GA-A---A--ACA------ 547
CONSENSUS-B agagaacaaCagctTgttACAcCCtatgagcctgCAtGggatggAtgACcCgGAGagagaAGTgtTagag 542SF2 ---------------------------------------------G---G------A-----------T- 558
LAI --------C----------------G-------------A-----------T------------------ 546
NL43 --------C----------------G-------------A-----------T------------------ 546
LW123 --------C----------------G-------------A------------------------------ 546
GLNEF3 --------C----------------G---------------------------------G---------- 543
GLNEF5 ---------------------------------------------G---G-----G----------G--- 540
GLNEF6 --------C----------------G-------------------------------------------- 540
BRVA ------------T-------------------A------A------------------------C-GC-- 582
MN ----------T---------------------A------A.------------------------ 546
SC ------------------------G--------------------G------------------------ 546
BAL1 ----------T------C--------------------------------------A-----------CA 546
JRCSF ----------T---------------------A------A-----C-----A----AG----------T- 576
JRFL ----------T---------------------A---------A--G----------AG------------ 576
NH53 ....----G----C-----------GC--------------CA--G---A-----------------A-- 528
OYI ---------------------T-----A-----------------------A----A-----------T- 561
SF162 --------------------------------A-----------------------A------A----T- 552
CAM1 -------GC-----------------------A------------------A----A------AC--AT- 558
NEF20BL ----------T---------------------A------------Y-----A----A------M---AT- 552
NEF28BL -----------AA-----------------------------R-------------------------T- 549
NEF39BL ----------T-----C---------------A------------------A----A----------C-- 558
NEF3BL ---ACG----T----------------R-----------------A---A-----G-----------AG- 543
NEF4BL --------R------------------A-----------------G----------AC-----------A 546
SF33 ---------------------------------------------G----------A-----------T- 543
SWB884 ---------------------------------------A-----G----------A-----------T- 546
HAN .-------G----C-----------GC--------------CA--G---A-----------------A-- 528
D31 ------------------------C--------------A----------------------------T- 546
RF ---------------------------AT----------------------A----A-----------T- 552
YU10 ----------T---------------------A------A------------------------------ 576
BCSG3C ---A------------C---------------A-------------------------------C----- 546
P896 ----G-----------C--------GCT-A--A------AG-A--A---T--------C---------T- 543
5021911 ---A------T--------------------T-------------G----------A----------C-- 546
5049501 ------------------------------T------------------------------------AT- 540
COL83A -----G--------------------------------------------------------------T- 426
E88NEF -----------AA--A---------G-------------------------A----------------T- 546
E90NEF -----------AA--A---------G-------------------------A----------------T- 549
E81NEF ------------A--A------------------------------A----------------------- 546
P102A13 ----------T----A-------------A--A------------------A----A----------AT- 555
P164A22 ---------------------------A-----------A---------------G-----------AT- 546
P166A10 ----------T----------------A----A------------A-----------------A----T- 579
P171A10 ---A----C--A---------------------------------------A---G-----------AT- 546
P175A01 ----------T----------------A----A------------G---T-------------AC---T- 579
P179A18 --------C----------------G-------------------------------------------- 546
P192A13 ----------T----------------A----A------------G-----------------A----T- 579
P226A12 ----------T------------------A--A----------------G-A----A----------C-- 540
P227A16 ----------T------------------A--AA--------------------------------GC-- 555
P233A17 --------C----------------G-------------------------------------------- 546
P248A01 -----C------A--------------A----------------------------A----------C-- 546
P357A01 ------T------------------G----T-------------------------A------------- 561
NE001 ---------------------------------------A-----G----------A-----------T- 546
BO1 ---------------------T----------A------A---------A-A-----------------A 546
CD1 -----------TA------------------------------A-------------------------- 573
D8511 ----------T----------------------------------------A----A-------C-GC-- 552
D881 ----------T--C-------------A-----------------------A----A-------C-GC-- 552
D901 -------C--T----------------------------------------A----A-------C-GC-- 552
DH1 --------------------------------------A-G-A-------------A-------C-GAT- 546
E1 ------------------------C--------------------G---T--------------C----- 546
LM1 ----------T----AC----------------A--C--------G----------A---------G-TA 546
LSS1 --------------------------------A---C-------------------A----------C-- 546
RP12 ------------A--------------------------------G----------A-----------CA 546
RR1 ---------------------------------------------A-----A------------------ 561
SF1 ---------------------------------------------------A----A------------- 546
3202A12 --------------------------------A------------C------------------------ 546
3202A21 --------------------------------A------------C------------------------ 546
MANC ---------------------------------------------------A----A-----------T- 579
<- NFAT-1 ->
CONSENSUS-D AGAGacCAACtGCTTGTTACACCCTaTgTGCCAGCAtGGAATGGAGGACcCGGAGAGAcAAGTGTTAAag 549ELI ----------A----------------A-----------------------------------------A 549
Z6 -------------------------G-----------------------A--------G----------- 564
NDK ----GA------------------------------A-------------------------------T- 549
CONSENSUS-O TGA????GCTA?TCT?CT?CATCCAGC?TGT???CATGGA??TGA?GAT?CACA????GA?ATACT?A?? 473ANT70 ---GAGG----A---C--G--------A---GCC------TT---A---A----TAAA--A-----G-TG 567
MVP5180 ---AGAT----G---T--A--------T---AAT------GC---G---G----CGGG--G-----A-AA 564
CONSENSUS-U AGAGAACAACTG?CTGTTACACCC?AT?AGCCA?CATGGAATGGA?GA?G??GAAAGAGAAGTG?TAA?? 436MAL ------------T-----------T--T-----A-----------G--C-CA------------C---AA 555
Z321 ------------C-----------C--G-----G-----------T--T-AT------------T---TG 546
CPZGAB AGATAACAACTGCCTGTTGCATCCCATATGTCAGCATGGGATGGAAGATGAGGACAAAGAGGTCTTGGTC 546
<- IL2/NRE ->
<- NRF ->
CONSENSUS-A TGGAagTTTGACAGtagcCTGGCATTaAaACACAgAGCt?aaGAgcTGCATCCGGAGTtCTAc...AAAG 601U455 ----------------C----------------------T-T--------------------T...---- 613
IBNG ----GA-----------A--------C-G-----C----AG-----------------A----...---- 613
SF1704 --------------CC----------------------CC----AA-----------------...---- 614
CONSENSUS-B TGGaggTTTGACAgccgccTaGCatttcatCacatggCccgagAgctgcATCCgGAgTacTaC...AAgg 609SF2 ---------------AAA---------------------------------------------...--A- 625
LAI ---------------------------------G---------------------------T-...---A 613
NL43 ---------------------------------G---------------------------T-...---A 613
LW123 ---------------------------------G---------------------------T-...---A 613
GLNEF3 ---------------------------------G---------------------------T-...---A 610
GLNEF5 ----A------------------C--C------------------AA--------------T-...---A 607
GLNEF6 ---------------------------------G---------------------------T-...---A 607
BRVA ---------------------------------------------------------------...---A 649
SC -------------A------------------------------T------------------...--A- 613
BAL1 ----A----------A----------C------G----------A 591
JRCSF ----A----------AAG--------G------G-----------------------------...---- 643
JRFL ---------------AAG---------------G-----------------------------...---- 643
NH53 ----------------AT---------------------------------------------...--A- 595
OYI ----A-----------------------G----------------G-----------------...--A- 628
SF162 --------------------G------------------------------------------...--A- 619
CAM1 ----A----------------------------------------AA-----------T----...--A- 625
NEF20BL ----A---------------M-----Y--Y---------------AAR----------T----...--A- 619
NEF28BL ----A--------------------A---------------------------R---------...---- 616
NEF39BL ----A-----------AG-----G--C------G-----------------------------...---- 625
NEF3BL ----A----------AAR---------------G-----------------------------...---R 610
NEF4BL --------------------------------------T------------------------...---- 613
SF33 ----A-----------A-----------G----------------------------------...--A- 610
SWB884 ----A----------A-------------C----A------------------------T---...--A- 613
HAN ----A-----------AT----------------A----------------------------...--A- 595
D31 ---------------------------A-G---------------------------------...--AA 613
RF ----A---------------C------------G-C---------AA----------------...--A- 619
YU10 ---------------------------------G-----------------------------...---A 643
BCSG3C ---------------------------------------------------------------...---A 613
P896 --------------------------C------G---------------------------T-...---A 610
5021911 ----A----------A-------CCG--G-------------------T------------T-...---A 613
5049501 ----A----------------------------G-A---------------------------...--AA 607
COL83A ---------------------------A-----------------------------------...---A 493
E88NEF --------------------------C------------------------------------...---A 613
E90NEF -----A--------------------C------G-T---------------------------...---A 616
E81NEF --------------------------C------------------------------------...---A 613
P102A13 ----A---------------------CT------C----------AA----------------...--A- 622
P164A22 ----A------------------------------A---------AAA---------------...--A- 613
P166A10 --------------T------------------G-----------------------------...---A 646
P171A10 ---GA----------------------------G-----------------------------...---A 613
P175A01 --------------------------------GC-----------------------------...---A 646
P179A18 ---------------------------------G---------------------------T-...---A 613
P192A13 ---------------------------------G----------A------------------...---A 646
P226A12 -----A------------T------------T-------------AAA-------------T-...--A- 607
P227A16 ----A---------T--------G--C------------------------------------...---- 622
P233A17 ----A----------------------------G---------------------------T-...---A 613
P248A01 ----A---------------G------------------------------------------...--AA 613
P357A01 --------------------------C------G-----------AA----------------...---- 628
NE001 ----A----------A------------------A------------------------T---...--A- 613
BO1 --------------------------------T-----A-A-------T--------------...---A 613
CD1 ----A---------------G-----------------------------------A------...---A 640
D8511 ----A----------------------------------------------------------...--A- 619
D881 ----A---------------G------------------------------------------...--A- 619
D901 ----A----------------------------------------------------------...--A- 619
DH1 ----A------------------------C---------------------------------...--A- 613
E1 ---------------------------------------------------------------...--A- 613
LM1 ----A----------------------A-----------------------------------...---A 613
LSS1 ----A----------------------------G-----------------------------...---A 613
RP12 ---------------------------------G-----------------------------...---- 613
RR1 ---------------A----------------T-G----------AA---------C------...---A 628
SF1 ------------------------------------------A--------------------...---A 613
3202A12 --------------T------------------------------------------------...---- 613
3202A21 --------------T------------------------------------------------...---- 613
MANC ----A---------------------C--C---G--C--GAT---------------------...--A- 646
<- IL2/NRE ->
<- NRF ->
CONSENSUS-D TGGAGATTTAACAGCAGACTAGCAtTTGAgCACAAGGCCCGAGAGaTGCATCCGGAGTTCTAC...AAAg 616ELI ---------------------------------------------------------------...---A 616
Z6 -----------------------------A---------------------------------...---- 631
NDK ------------------------C--------------------C-----------------...---- 616
CONSENSUS-O TGG?AGTTTGATAGATC??TAGGC???AC?CAT?T?GC??TG??AA??CACCCAGAGCTCTTCC??AAG? 525ANT70 ---A-------------TC-----AAC--C---G-T--TA--AT--CT----------------AG---G 637
MVP5180 ---C-------------AT-----TTA--A---A-A--CC--CA--AG----------------CC---T 634
CONSENSUS-U TGGAAGTTTGACAGC??CCTAGCAC?AA?ACAC??AGCC?GAGA????CATCCGGAGT?CTAC...AAAG 491MAL ---------------AG--------T--G----AG----A----ACAA----------A----...---- 622
Z321 ---------------TC--------G--A----CT----C----GATG----------T----...---- 613
CPZGAB TGGCGCTTTGACAGCAGGCTGGCCTTAAGACATATTGCCAGAGAACAACATCCGGAGTACTAC...AAAG 613
CONSENSUS-A ACTGCTGA 609
U455 -- 615
IBNG -------- 621
SF1704 ----- 619
CONSENSUS-B ACtgctgaACATCGATGTGTCTACAAGGGACTTTCCGCTGGGGCATTTCCAGGGAGGCGCGGCTGGGCGG 679SF2 ----- 630
LAI ----- 618
NL43 ----- 618
LW123 -------- 621
GLNEF3 -------- 618
GLNEF5 -------- 615
GLNEF6 -------- 615
BRVA ----- 654
SC ----TCTG-------------------------------------------------------------- -> 683JRCSF ----- 648
JRFL ----- 648
NH53 -------- 603
OYI ----- 633
SF162 ----- 624
CAM1 ----- 630
NEF20BL ----- 624
NEF28BL ----- 621
NEF39BL ----- 630
NEF3BL ----A 615
NEF4BL ----- 618
SF33 ----- 615
SWB884 ----- 618
HAN ----- 600
D31 -- 615
RF ----- 624
YU10 ----A 648
BCSG3C --C-A 618
P896 ----A 615
5021911 ----A 618
5049501 ----A 612
COL83A -------- 501
E88NEF ----A 618
E90NEF ---AG 621
E81NEF -------- 621
P102A13 -------- 630
P164A22 -------- 621
P166A10 ----A 651
P171A10 ----A 618
P175A01 ----A 651
P179A18 -------- 621
P192A13 ----A 651
P226A12 -------- 615
P227A16 -------- 630
P233A17 -------- 621
P248A01 ----A 618
P357A01 -------- 636
NE001 -------- 621
BO1 -------- 621
CD1 ----A--- 648
D8511 -------- 627
D881 -------- 627
D901 -------- 627
DH1 -------- 621
E1 -------- 621
LM1 -------- 621
LSS1 ----A--- 621
RP12 -------- 621
RR1 -------- 636
SF1 -------- 621
3202A12 -------- 621
3202A21 -------- 621
MANC -------- 654
CONSENSUS-D ACTGC 621ELI -- 618
Z6 ----- 636
NDK ----- 621
CONSENSUS-O A? 526
ANT70 -C 639
MVP5180 -A 636
CONSENSUS-U ACTGC 496
MAL ----- 627
Z321 -- 615
CPZGAB AC 615
nef
Protein
An alignment of protein sequences with a consensus for each subtype of HIV-1, plus several representative sequences for each subtype. Only shows differences of representative sequences from consensus sequence
CONSENSUS-A MGGKWSKsSiVgWPeVrkRmRqT..............?PtAAkGVGAvSQD.....LDkhGAiTSSNt?? 48CONSENSUS-B -------?-??---?--e---ra??????????????-Ep--d------r-.....-e----------aa 46CONSENSUS-C --------------A--E-I-R-...............QP--E----A---.....---Y--L-----PT 50CONSENSUS-D --------------AI-E-I-r-?????..........dP--D------R-.....-E----------as 50CONSENSUS-E --------------Q--E-ik--...............-p-te--------.....------v----m.. 48CONSENSUS-F --?-----------AI-E-L-?-...............-P--E--------.....-ERR----?---R- 46CONSENSUS-G --------------A--E-I-R-PPAAERK........EA--E--------.....-AR---V-----AA 57CONSENSUS-O --NA??-?KF?--??--?---R?.........???P?-?PC-P---??-RE.....-A?R-G-?--H-PQ 38CONSENSUS-U --?----????---??-E-I-?-???............-P???----?---?????-?-?--??--??A- 31* SH3-binding | | | | SH3-binding
CONSENSUS-A tnpsCaWLE?Aqe?.d..e?.VGFPVRPQVPLRPMTYKgAvDLShFLKEKGGLDGLIyS?kRQEILDLWV 110
CONSENSUS-B --ad-----.----.e??-e?-----------------a-?------------e---?-q---d------ 108CONSENSUS-C S-AD----Q.---..EE.GE.-------------------F---F- 91CONSENSUS-D --ad-----.---..ES.-E.-----------------e--------------E---W-K---------- 115CONSENSUS-E n-aD-v--r.---..e??-g.-------------------f---F--------------Kr--------- 112CONSENSUS-F N--DL----.---..E..?E.-------------?-----?------------E-----K?--------- 106CONSENSUS-G N--D-----.---..EE.SE.---------------F-S-F---F- 98CONSENSUS-O N-AAL-F-?.SH?..?..--.-----?---------?-?-F---F--------?-----H--A------? 93CONSENSUS-U N-??-???-.??-..E?.-E.---------------?---F---?-----------??------------ 83SH3-binding
* | |
CONSENSUS-A YnTQGfFPDWQNYTPGPGtRf.PLTFGWCfKLVPvDPaEVE.eat?GEnNSLLHPICQHGmdDe?revLm 176CONSENSUS-B -h---y------------?-y?-------------e-ek--.--ne---------msl-----pE----? 174CONSENSUS-D -----I------------I-Y.--------e------q---.---E--t-c----?-----E-pE-q--k 182CONSENSUS-E ------------------i-y.--C------------r---.-dnk----C----ms---ie--e----- 180CONSENSUS-F -H 108CONSENSUS-O -?---------?------?--.------L------S?E-A-RLGNT?-?A?----A-?--?E-?H?-I-? 150CONSENSUS-U -H---?----?-------?-?.--?---------??-?---.--N-----C----?S----?-?E----? 138CONSENSUS-A WkFDSrLAlkHrA?ElHPEfY.KDC$ 199CONSENSUS-B -r------fh-m-r-----y-.---?$HRCVYKGLSAGAFPGRRGWAGLGSGEPSDAA 229CONSENSUS-D -R-N----fE-K-R-m-----.--- 206
CONSENSUS-E -----a--R--i-R-----y-.--- 204CONSENSUS-O -?--RS-G?T-?--??---LF?-? 166CONSENSUS-U -----S--??-?-R-?---?-.--- 157
An alignment of DNA sequences with a consensus for each subtype of HIV-2, plus several representative sequences for each subtype. Only shows differences of representative sequences from consensus sequence
CONSENSUS-A ATGGGtGCGAGTGGATCCAAGAAGcgtTCCaaGcc?tcGCaAgGacTaCgaGAGAGACTcTTgCgggCGC 69
ROD -------------------------A-----G---GC---G---G----A-------------------- 70
NIHZ -----------------------------------C-T-----------A--------------A----- 70
ISY -------------------------------G---C----G---GT---A------------A--A---- 70
ST -----G------------------------G----T----G---G-----G-----------A-AAA--- 70
BEN -------------------------T--------AT----G----------------------------- 70
CAM2 -------------------------------G---GCT------G--G-A-------------------- 70
D194 ------------------------------G---AT-----------G-----------A---------- 70
GH1 -----G-------------------A--------AT------A----------------------A---- 70
MDS -------------------------------G---T----G---GT---A------------A--A---- 70
KR ------------------------T-C----G-T-C-T---------------------------A---- 70
UC2 -------------------------T--------AA-----------G---------------------- 70
CONSENSUS-B ATGGGATCAGCTGGTTCCAAGAAGCaaTCCaAGCaGCAgC?AGGGCTgCGgGAGAgACTCTTGCGAgcgC 69
UC1 --------------------------------------A-G---------A---------------A-A- 70
EHOA ----------------------------------------C----------------------------- 70
D205 -------------------------GC---G---G-----A------A-------A-----------T-- 70
CONSENSUS-SD ATGGGTGgagcTattTCCAaGAgGCgGtcCAagccggctgGAgatcTGcgacAGAgACTCTTGCggGCGC 70
MM251 -------------------T-----------------------------------A-------------- 70
MMP11 -------------------T----------------A------------------A-------------- 70
MM32H -------------------G-------------T------------------------------------ 70
MM1A11 ---------A---------T-----------G-T--A--------------------------------- 70
MM239 -------------------T-----------G----T--------------------------------- 70
MM142 ----------------------A-------------C-CA------------------------------ 70
MM155 -------------------T-----------G----T--------------------------------- 70
MMW25 ---G-------------T------------------------------------ 54
NEFW61 --------------------------------- 33
MNE -------------C-------------------T--C--------------------------------- 70
SMMPBJ --------C-T--CC-------A--A-CG--G--GT-G----A--T--TACG------------AA---- 70
SMM9 --------C-T--CC-------A--A-CG--RRG-T-G----A--T--YRCG------------AA---- 70
SMMH4 --------C-------------A--A--A-----GT-G----A-CT----CG------------AA---- 70
SM62A --------C-------------A--A--A--G--GT-G----A--T----CG-------------A---- 70
SMB670 -------CC---GG--------A-----------A--A-----GG-----GG------------AA---- 70
CONSENSUS-STM ATGGGTGCATCTGGATCCAAGAAGCAGCGCAAGCAGCATGGAGAGCTGCGGGAGAGACTCTTGCGAGCGC 70STM ---------------------------------------------------------------------- 70
CONSENSUS-A gtGgaGgggctTgTGgggggca?tgcaaCg?aTcGGgAGGGGaATaCTcGCaGTcCCAaGaAGgATCAGg 137
ROD ---C------------A---T-T--G----A--------------------G--T--------------A 140
NIHZ -G----A-A-------A----GC-------A-----------G-----T---------C----------- 140
ISY -G-----A-------------TC--GG---A-----A-----G-----------T---C----------- 140
ST C-----A-----C------A--C--GG--AA--T--------------T--------------------- 140
BEN ----G-AT-G--A----AA---GC--G---C-----------------------T--------A------ 140
CAM2 ---C----A-G-------AATGT-A-----C--T--A--------C--T--G-----------------A 140
D194 ---------G--A--T-AA---GC------C--------------C------------------------ 140
GH1 A---G----G--A--T-CA---G-------CG-------------------------------------- 140
MDS ---C---------------A--T--GG---A--T-----------------G-----------------A 140
KR ------A-A-------------A--GG---G-----C-----------T-----T--------------- 140
UC2 ---------G--A--TAA----G----G--C--------------C--------------G--------- 140
CONSENSUS-B ?GgaaggaCCttaTGGgaaGctCTCAGgAGagCgGCgggAGcaATCATcGCgATcCCCAGGAGgATCAGA 138
UC1 A-----AG--C-----A----------A--GA-A----A------------------------------- 140
EHOA G-CG-------CG----G--TC--------------A----AG-----T--A--A--------------- 140
D205 C---GA------------G------------------A-------------------------A------ 140
CONSENSUS-SD GTGGgGAGActTATGgGaGaCTCTtaggAGaGgTGGAAGatGgaTaCTcGCAATCCCtaGgaGgATtAGa 140
MM251 ----A----------------------------------------C-----------------------G 140
MMP11 ---------------------------------------------C-----------------------G 140
MM32H ---------------------------------------------------------------------- 140
MM1A11 ---------------A---G-------------------------C-----------------A------ 140
MM239 ---------------------------------------------------------C------------ 140
MM142 ---------A---------G-----CAA--G--------------C------------------------ 140
MM155 ---------------------------------------------------------C------------ 140
MMW25 ---------------------------------------------------------------------- 124
NEFW61 -----------------R---------------------------------------------------- 103
MNE ------------------------GG-A----T---------------------------------C--- 140
SMMPBJ ----A-------------------GG-A--G-T------GG-A--------------A--AC-C--C--G 140
SMM9 ----A-------------------GG-A--G-T------GG-A--------------MR-AC-C--C--G 140
SMMH4 ----------A-------------GG-A--G-T-------G--------------------C-C--C--G 140
SM62A ----A-----A-------------GG-A--G-T-------G--------------------C-C--C--G 140
SMB670 ------------------------GG-A--G-T----------G----T--------G------------ 140
CONSENSUS-STM GGGGAGAGACTTATGGGAAACTCTTGGAAGGGTTGGGAGAAGGATCGGGGCCATCCCAAGGCGCATCAGA 140STM ---------------------------------------------------------------------- 140
<- env cds
CONSENSUS-A CAgGGaGCAGAaaTcGCcCTCCTGTGAGGGaCaGcagTATCagCAgGGaGA?TttaTgAAtAccCCATGG 206
ROD --------------------------------G------------------C-----------T------ 210
NIHZ ------------C----------------------GA--------------T---G-A------------ 210
ISY --------------T-------------------AGA--------A-----C------------------ 210
ST -----G--------------------------G--G------A--------T------------------ 210
BEN ------------C--------------------------------------G-AC-----C-G------- 210
CAM2 ------------C----T-----------------GA-----------G--C------------------ 210
D194 ---------------------------------------------------G--C-----C--------- 210
GH1 --A--G-----------------------------------G---------T--C-----C--------- 210
MDS --A--G-----G------------------------------A--A--G--C--C--------T------ 210
KR -----G------C-T---------------G----G------A--------C--------C--------- 210
UC2 -----------------------------------------G---------T-AC-----C--------- 210
CONSENSUS-B CAAGGactTGAACTCgCCCTCTTGTGAgGGACaaAAtgCcc?ggGaGCAGAA.................. 189
UC1 --------------------------------GC-------CAA--------.................. 192
EHOA -----GGC-------------------T--------GA-TTT----------.................. 192
D205 ---------------A-------------------------G---G------.................. 192
CONSENSUS-SD CAAGGgcTtGAgCTcaCtCTCtTgTGAgggaCAgaaATAcaaTcAGGgacAgTatATGAAtACtCCaTGG 210
MM251 -----------------G------------------------------G--------------------- 210
MMP11 -----------------G------------------------------G--------------------- 210
MM32H ------------------------------------------------G--------------------- 210
MM1A11 -----------------------------------------------A------C--------------- 210
MM239 ---------------------------------------------------------------------- 210
MM142 ------------------------------C--A---------------G-A--C--------------- 210
MM155 ---------------------------------------------------------------------- 210
MMW25 ------------------------------------------------G--------------------- 194
NEFW61 ------------------------------------------------G--------------------- 173
MNE --------C-----T--------------------------------------T---------------- 210
SMMPBJ ----------------------------CCT--------TTG-G----T--A-T---------C--T--- 210
SMM9 ----------------------------CCT--------TTG-G----T--A-TC--------C--T--- 210
SMMH4 ----------------------------CCT--------T-G-G-------A-----------C--C--- 210
SM62A ------T---------------------CCT--------T-G-G-------A--------C--C--C--- 210
SMB670 -----AT-G--A--TG-A---C-C---A------GG-----G-G-------A-TC--------C------ 210
CONSENSUS-STM CAAGGGCTTGAACTCACACTCTTGTGAGCCTCAGAGATATAATGAAGGTCAATTTATGAATACCCCTTGG 210STM ---------------------------------------------------------------------- 210
CONSENSUS-A AgaaccCCaGCA?cagaaggggAgaaAga?tcgTAcAagCAgCAAAATATGGATGATgTAGATtcagaTg 274
ROD -AGGA-------G-----A--------A-T-T-----G---A---------------------------- 280
NIHZ ------------G-----A----------A-T------A------------------------CT----- 280
ISY ------------A-----AA---A-----A-------G---A---------------------------- 280
ST ---G--------...-------------GC-----------A---------------------------- 277
BEN ----A-------A-----A-AC-------T-T---T-G---------------------------T---- 280
CAM2 ---G--------G----G---A-----A-TG-A----G-------------------A------------ 280
D194 ------------G--AT----C-----A-T--A--T-----------------------------T---- 280
GH1 --------G---AT------AC-----A-G-TA------------------------A-------TAG-- 280
MDS ------------A----------------T--A--T-GA--A---------------------------- 280
KR -----T------G---G-A-----GG-ACA-T---------A---------------------G-----A 280
UC2 ------------ATG-----AC-------G--A--------------------------------T---- 280
CONSENSUS-B ..............................GGGGGAGGgcAACAAGAT?CAGATGA?agTGAT...GAGG 224
UC1 ..............................------------------A-------T------...---- 229
EHOA ..............................--------AA--------T-------GGA----...---- 229
D205 ..............................------------------G-------A------...---- 229
CONSENSUS-SD AgaAAcCCAGCtgaAgAgagagaAAAatTAgcaTAcAGAaAACAAAAtATgGATGATgTaGATgaggaag 280
MM251 -----------------A-A-------------------------------------A------------ 280
MMP11 -----------------A-AG------------------------------------A----------G- 280
MM32H ---------------------------------------------------------------------- 280
MM1A11 ---------------------------------------------------------A------------ 280
MM239 ---------------------------------------------------------A--------T--- 280
MM142 --------------------GA--------C-------------------A------A------------ 280
MM155 ---------------A-----------------------------------------A------------ 280
MMW25 ---------------------------------------------------------------------- 264
NEFW61 ---------------------------------------------------------------------- 243
MNE -A-----------G------G-----------------------------A------A-------A---- 280
SMMPBJ --G--------AAC---A----C--------AT--T---C-------C-----------G---......A 274
SMM9 --G--------AAC---AG---C--------GT--T---C-------C-----------G---......A 274
SMMH4 --G--------AAC---A----C--------GT--T---C-------C-----------G-----T---- 280
SM62A --G--------A-C---A----C--------GT--T---C-------C-----------G-----T---- 280
SMB670 -----T------AC------------GC--AA---T---C-------C-----------------TA-T- 280
CONSENSUS-STM AAAAACCCGGCAGCAGAAAGCGCTAAGCTAGAATATAGACAGCAAAACATGGATGATGTAGATGAGGAAG 280STM ---------------------------------------------------------------------- 280
CONSENSUS-A ATgATgACCtAgTagGagtt...cCTGtcAcacCA...AgAgtACCactaAGagcAATGACatatAaatT 338
ROD ---------A----A-----...T-----------...-A-------------C--------C---G--- 344
NIHZ ---------A-------T-C...------------...---------T-----C---------TC----- 344
ISY ----------------G--C...T---A----T--...---------T-G----------------G-A- 344
ST ----------------G--C...------------...---------T------A-----------GG-- 341
BEN -----------A--------...-----T------...----------GG----A------C-------- 344
CAM2 -------------G--G---...----C-------...---------------A---------------- 344
D194 -------------G------...-----T-TG---...--------G--G----A------C------C- 344
GH1 -------------G------...-----T------...-----------------------C-------- 344
MDS -----------------TAC...T-----------...---AC--------------------------- 344
KR -----A-----A----G--C...------------...---------T----G--------------G-- 344
UC2 --A------A---G------...T----T---T--...---------------C-------C--C--G-- 344
CONSENSUS-B AcaATGAA...GTgGGgGtC..?taTGTAAGACCC.??a??gt?CCACTGAGacCAATGACATaCAAacT 282
UC1 -T------...---------...------------...-ATAGG---------T-------------GA- 290
EHOA --------...--A------...CG----------...GGG--C--------G----------T------ 290
D205 --G-----...-----A-C-..A------------.CA-TA--A-------------------------- 293
CONSENSUS-SD aTgatGActTggTAGGggta...cCAGTgaggcCa...agaGTtCCccTAAGaacaATgagtTACAAATT 344
MM251 --------------------...T-----------...-A-------------G------C--------- 344
MMP11 --------------------...T-----------...-A-------------G------C--------- 344
MM32H --------------------...-------T----...C------------------------------- 344
MM1A11 -------T------------...T-----------...-A------------------------------ 344
MM239 --------------------...T-----------...-A------------------------------ 344
MM142 -----------------A--...-----TGA-G-C...-------------------------------- 344
MM155 --A-----------------...T-----T-----...-------------------------------- 344
MMW25 --------------------...-------T----...C------------------------------- 328
NEFW61 ------------------A-...-------T----...C------------------------------- 307
MNE --A-----------------...------------...C--------T------T---A----------- 344
SMMPBJ G--C------A-----TTGT...--------C---...-----C---G------TC----CA-------- 338
SMM9 ----A--T--A-----TTGT...--------C---...-----C---G------TC----CA-------- 338
SMMH4 ----------AA----T--C...T-----CAC---...-----C---T----GG-C----CA-------- 344
SM62A ----------A-----T--C...T-----CAT---...-A---C---T----GG-C---GCA-------- 344
SMB670 -------GC-A-----A-C-...-----ACAC---...--G--G--AT-----G-C---TCA-------- 344
CONSENSUS-STM ATGATAATCTAGTAGGAGTA...GCAGTACATCCA...AGAGTCCCACTTAGGGAAATGACTTACAAGTT 344STM --------------------...------------...-------------------------------- 344
3' LTR ->
CONSENSUS-A GGCAgtAGAtATgTCacATTTtaTAAAagaaAaaGggGGACTGgAaGGGaTgTtTTAcAGTgagagaAGA 408
ROD ----A----------------A------AC--GG-----------------------------A------ 414
NIHZ ---------------T---------------------------------C-------T---C-------- 414
ISY ---------C------G----A--------T--G-------------------A---------------- 414
ST ----AG---------------G-----------G---------------C---A---------T--G--- 411
BEN ----A--------------------------------------C-----------------AG---G--- 414
CAM2 ---------C---------------------------------------C-------------A------ 414
D194 ----A-------------------------------A--------------A---------AG-GAG--- 414
GH1 ---------------------------.-----G-..--------T---------------AG-GAT--- 411
MDS ---------------------------------------------------------------A------ 414
KR ------------A---------C----T-----G-----------T-------A---------------- 414
UC2 -------------------------------------------------------------AG-GAT--- 414
CONSENSUS-B aGCAgTAGACATGTCTCATTTTaTAAAAGAAaAGGGGGgACTGGAAGGGATtTacTATAGTGAGAGAAGa 352
UC1 G---A----------------------------------------------------------------- 360
EHOA ----------------------T---------------A--------------T---------------G 360
D205 -------------------------------C-------------------G--T--------------- 363
CONSENSUS-D AGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGATTTATTACAATCATAGAAGG 43
FO7841 ------------------------------------------- 43
CONSENSUS-SD GGCaaTAGAcATGTCTCATTTTATAAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGaTTTATTAcagTgcaAGaagA 414
MM251 ---------T------------------------------------------------------------ 414
MMP11 ---------T------------------------------------------------------------ 414
MM32H ----G----T------------------------------------------------------------ 414
MM1A11 ---------------------------------------------------------T------------ 414
MM239 ---------------------------------------------------------------------- 414
MM142 ---------T------------------------------------------------------------ 414
MM155 --------------------------------------------------------------A------- 414
MMW25 ---------T------------------------------------------------------------ 398
NEFW61 ----G----T------------------------------------------------------------ 377
MNE ----G----T----------------------------------------------------A------- 414
SMMPBJ --------------------------------------------------------------AT------ 408
SMM9 -------------------------------------------------G-----------ATT------ 408
SMMH4 -----------------------------------------------------------A--AG------ 414
SM62A -----------------------------------------------------------A--AG------ 414
SMB670 ---G-----------------------------------------------------TGA-AAT--GGA- 414
CONSENSUS-STM GGCAATAGACCTGTCACATTTTATAAAAAGCAAGGGGGGACTGGAAGGGATTTATTACAGTGAGAGAAGA 414STM ---------------------------------------------------------------------- 414
CONSENSUS-A CaTAgAaTCcTagAcaTaTaCtTaGAaAAgGAaGAaGGgaTAATtccAGAtTGGCAGAA?TAtACTcaTG 477
ROD ----A----T--A-T------------------------------G-------------C--C------- 484
NIHZ ---------T-----T----------C--- 444
ISY -----------------------------------------------------------C---------- 484
ST -G----G----------------------------G--A------GG---C--------C---------- 481
BEN ---------------------C-------A--G-----------A--------------T---------- 484
CAM2 -----------G--T--------------A---------------G-------------C------AG-- 484
D194 ---------------T-G-T-C----------G-----------A--------------T---------- 484
GH1 ---------------T-G---C----------G-----------A--------------T---------- 481
MDS --------------T--------------------------------------------T---------- 484
KR ---------T-----------A-G-----------------------------------C---------- 484
UC2 ---------------T-G---C----------G------G----A--------------T---------- 484
CONSENSUS-B CAtAgAATAcTAGACACATAttTaGAgAATGAaGAAGGCATTGTgTCTGGaTGGCAaAACTAtACacATG 422
UC1 ---------------------C----------G-----------A---------------------T--- 430
EHOA ----A---------------C-----A-----------------------------G-----C------- 430
D205 --C------T-------------T--------------------------C--------------T---- 433
CONSENSUS-D CATAGAATCTTAGACATTTACTTACAAAATGAAGAAGGCATAATACCAGATTGGCAAAATTACACCTCAG 113
FO7841 ---------------------------------------------------------------------- 113
CONSENSUS-SD CATAgAATctTAGAcat?taCtTaGAAaaggaagaaGGcATcATaCCAGATTGGCaggatTACACctCaG 483
MM251 -----------------G---------------------------------------------------- 484
MMP11 -----------------G---------.........---------------------------------- 475
MM32H -----------------G--------------G------------------------------------- 484
MM1A11 -----------------A---------------------------------------------------- 484
MM239 -----------------A---------------------------------------------------- 484
MM142 -----------------A---------------------------------------A..-----.--C- 481
MM155 -----------------A---------------------------------------------------- 484
MMW25 --------------A--T--------------G------------------------------------- 468
NEFW61 ---------A----T-GAAT------------G------------------------------------- 447
MNE ----A------------G--------------------------G------------A----------G- 484
SMMPBJ ----A---A-----TC-G--------------------A--A--------------AA-------AG--- 478
SMM9 ----A---A-----TC-R-----------R--------A--A--------------AA-------AG--- 478
SMMH4 --------A-----T--G-----G--------------A--A--------------AA-------A---- 484
SM62A --------A-----T--G---A-G--------------A--A--------------AA-------A---- 484
SMB670 --------------T--A--------------------------C----------CAA-------AC--- 484
CONSENSUS-STM CATAGAATATTGGACATGTACTTAGAAAAAGAAGAAGGGATAGTTCCAGATTGGCAGAATTACACAGCAG 484STM ---------------------------------------------------------------------- 484
CONSENSUS-A GgCcAGGagtaAGgTAcCCaAtGTtcTTtGGGTGGcTaTGGAAgCTAGTAcCAGTAgatgtc?CACAAGa 546
ROD -------------A------------------------------------------------C------- 554
ISY ---T----------------------------------------------------AC----C------- 554
ST -A--------------T----A-------------T--------------------------C------- 551
BEN ------------------------A---C--------G------------T-------AC--T------- 554
CAM2 -------------A---------------------------------------------AC-T------- 554
D194 --------AC--------------A---C--------G-----A--------------CA--T------- 554
GH1 ------------------------GT--C---------------------------------T------- 551
MDS -------GAC---A-----C-A--G----------------------------------C--C------- 554
KR ---------------------A------------------------------------C---C------G 554
UC2 ----------G-------------G---C--------G-----A------------A-CA-GT------- 554
CONSENSUS-B GGCCAGGgaTAAGgTATCCcAagt?CTTTGG?TGGCTgTGGAAGCTaGTgCCAgTAgAtaTgccAGcaGa 490
UC1 -------------------A-G-AC------G-----------------------------A----AG-- 500
EHOA -------AG----A----------T------C-----A---------------A--A-----AT------ 500
D205 ----------------------A-A------T--------------G--A--------GG---------C 503
CONSENSUS-D GGCCAGGAGAGAGACTTCCAATGATGTATGGGTGGCTGTGGAAGTTAGTACCAGTAGATGTGCCAGATGA 183
FO7841 ---------------------------------------------------------------------- 183
CONSENSUS-SD GaCCAgGAattAGATACCcaAaGacaTtTGGcTGGcTaTGGAAATTAgtCCC?GTAaATGTaTCAgATGA 552
MM251 ----------------------------------------------------T----------------- 554
MMP11 -----A----------------------------------------------T----------------- 545
MM32H ----------------------------------------------------C----------------- 554
MM1A11 ----------------------------------------------------T----------------- 554
MM239 ----------------------------------------------------T----------------- 554
MM142 ------------------T-----TG---------------------A----T----------------- 551
MM155 ----------------------------------------------------T----------------- 554
MMW25 ----------------------------------------------------C----------------- 538
NEFW61 ----------------------------------------------------C----------------- 517
MNE --------CC------------------------------------------T----------------- 554
SMMPBJ -G--------C--------T-T-TTC-----A-----C--------------G--------C-------- 548
SMM9 -G--------C--------T-T-TTC-----A-----C----------W---G--------C-------- 548
SMMH4 -G-----------------T-T-CAC-A---G-----C--------------A---G----C-------- 554
SM62A -G-------C---------T-T-TAC-----G-----C--------------A---G----C-------- 554
SMB670 --------GAG----------T-TTC---------T----------------A---G----C---A---- 554
CONSENSUS-STM GACCAGGGATAAGATACCCAAAGCAGTTTGGATGGCTATGGAAACTAGTACCAGTAGATATGTCAAATGA 554STM ---------------------------------------------------------------------- 554
CONSENSUS-A gg?aGAggAca?tgag????????????actcaCTgCTTagtaCAccCAGCACAAacAAGCag?taTGAT 601
ROD A-GG-------C----............-----------------T----------------AG-T---- 612
ISY A-GG-------C----............----T-------A-G---T--------GT------A-T---- 612
ST --G---T----G----............--------------G--T-----------------G-T---- 609
BEN --C------AGA----............G-CA-------------------------------AC----- 612
CAM2 --G--------C----ACTGACACTGAG------------T----------------------GC----- 624
D194 --C------AGTA---............--CA-------------------------------A------ 612
GH1 --C-------GA----............--CA---A----AC---------------------AC----- 609
MDS T...---A---C----............-----------G--G--T----------T-----AG-T---- 609
KR T-A-------.....................---------C--------------------G-G-C---- 603
UC2 --C------TGA----............--CA--------A-G--------------------A------ 612
CONSENSUS-B g?ca?ggGa?GaGGAa.........???ACCcaTTGtCTggTGCAcCCaGCACAGAtCTCctCATGGGAT 545
UC1 -GA-A---GA-C----............---AG---------------------------T--------- 558
EHOA AC--GA---C------............-----------------T----------C----G-------- 558
D205 -A-CC-A--G-----G.........GAA--------C--AA-------G--------------------- 564
CONSENSUS-D GGCCCAAGGAGATGAG............AGGCATTGCTTAGTGCATCCAGCACAGACTTACCAGTAGGAT 241
FO7841 ----------------............------------------------------------------ 241
CONSENSUS-SD gGCaCAGGAgGatGAG............a?gcAtTattTaaTgCAtCCaGCtCAaACttcccAGTGGGAt 609
MM251 ----------------............-G---------------G---------------A-------- 612
MMP11 ----------------............-G---------------G---------------A-------- 603
MM32H ----------------............-G---------------G---------------A-------- 612
MM1A11 ----------------............GA---------------------------------------- 612
MM239 ----------------............GA---------------------------------------- 612
MM142 ----------------............GA----------G----C------------------------ 609
MM155 ----------------............GA-----G------A--------------------------- 612
MMW25 ----------------............-A---------------C---------------A-------- 596
NEFW61 ----------------............-A---------------G---------------A-------- 575
MNE -----------G----............GA-A--------C----------------------------- 612
SMMPBJ A--T-----A--C---............-CA-----C--G-----------A--------T--------- 606
SMM9 A--T-----A--C---............-CA----GC--G-----------A--------T--------- 606
SMMH4 A--T-----A--C---............-CA----GCC-GG-------G--A--G----AT--------- 612
SM62A ---C-----A--C---............-CA----GCC-GG----------A--G---CAT--------- 612
SMB670 A--T-----A--C---............-CA--C-GC--GG----A--------G--A-----------A 612
CONSENSUS-STM GGCACAGGAGGATGAT.........GGGACACATTATCTGGTGCATCCAGCACAGACACATCAGTGGGAT 615STM ----------------.........--------------------------------------------- 615
CONSENSUS-A GAcc?gCATGGgGAgACAcTagT?TGGagGTTTgAccCcatGCTgGCctat?agTAcaaggCcTTtA?tC 667
ROD ----C------------------C---GA------T---T-------T---AGT---G----T----T-- 682
NIHZ --T----C-- 454
ISY ----C------------------C----A------------------TC--G------C-A------T-- 682
ST ----C------A--A---T----T----------------C---A--T-T-AGC---G---------T-- 679
BEN --TGA-------------T----G---CA-------T--------------A-C-----------C-C-- 682
CAM2 ---AT---------------G--C----A-------T-----------CT-A----TG---------C-- 694
D194 ---GA------------------T---C-----------------------AGT-----------C-T-- 682
GH1 ---GA------A--A------C-T---C------------C----------G-T--------T--C-T-- 679
MDS ----A---------A---T----T------------T--C----------CG----T-CA-------AA- 679
KR ----CT--------A---T--A-G--------------T-G----------G----T-C---T----A-- 673
UC2 ---ATA-----------------G---C-----A--T--------------G-------------C-C-- 682
CONSENSUS-B GACatCCAcGggGAGACcCTTgtCTGGCaGTTTGActCCCTCCTgGCAtATGAcTATGTgGCcTTCAacA 615
UC1 ----------------------C-----G-------C-----------C----------A---------- 628
EHOA ---CC-----AA--------------------------------A----------------------G-- 628
D205 --------T--------T---A-------------T-----------------T--------T-----T- 634
CONSENSUS-D GACCCCTAAGAAGAGGTGCTGGTATAGAAATTTGACCCCCGGCTAGCTTATAACTATGAGGCATTTATTA 311
FO7841 ---------------------------------------------------------------------- 311
CONSENSUS-SD GAcCCtTGGGGAGAGGttCtaGcaTGGAAGTTTGAtCCAactcTaGCcTAcacttATgAGGCaTaTgtTa 679
MM251 -----------------------G-------------------------------------------C-- 682
MMP11 -----------------------G---------------------------------------------- 673
MM32H ---------------------------------------------------------------------- 682
MM1A11 -------------------C---------------C--------G------------------------- 682
MM239 --------------------------------------------G------------------------- 682
MM142 ------------------------------------------------------------------A--- 679
MM155 --------------------------------------------G---------C--------------- 682
MMW25 ---------------------------------------------------------------------- 666
NEFW61 -----------------------------------------------------C---------------- 645
MNE ----------------------T-------------------------------------------A--- 682
SMMPBJ -----C-----------A--G-------------------AGT----T--T-AC---A------T----G 676
SMM9 -----C-----------A--G------------------RAGT----T--TRAC---A------T----G 676
SMMH4 -----C-----------A--G------------------GAAT----T--T-GC---A------T-A--- 682
SM62A -----C-----------A--G------------------GAAT----T--T-GC---A------T-A--- 682
SMB670 --T--C----------C---G-T----------------CAA----------GA--------T-T-A--- 682
CONSENSUS-STM GACCCTTGGGGAGAAGTACTGGTTTGGAAATTTGATCCACTATTAGCCCATACTTATGAGGCCTTTGTTA 685STM ---------------------------------------------------------------------- 685
CONSENSUS-A tgtAcCCAGAaGAaTTTGGGcAcaAgTCAGGacTgccAGAggAaGAgTGGAAGGCaAaACTGAAAGCAAG 737
ROD G---------G--------------------C-----------------------G-G------------ 752
NIHZ ----------G-----------T--T---------------A-------------G-G------------ 524
ISY -A--------G---------------------A--GA---A--T--C----------------------- 752
ST GA--------G--G------T----------C-----------T--A----------G------------ 749
BEN -------------G------------------T--------A----A----------------------- 752
CAM2 GA-----------------------------C--A-----A--T-----------G-------------- 764
D194 --C-----------------------------T--------A---------------------------- 752
GH1 --C-T--------G------------------T--------A---------------------------- 749
MDS ----------G------------C-------C--A-----A--G--A--------G-G------------ 749
KR GA------------------T-T--------C--------A----------------------------- 743
UC2 -A------------------------------T--------A---------------------------- 752
CONSENSUS-B GGTtcCCAGAaGAGTTtGGGTAtCAGTCAGGa?TaCCAGAGaAgGAGtGGAAGGCTA?ACT?A?AGCAAG 681
UC1 ---A----------------------------T--------------1 675
EHOA ----------G---------------------A-G--------A-------------A---G-G------ 698
D205 ----T-----------C-----C--------GC--------G---------------G---A-A------ 704
CONSENSUS-D AATACCCAGAAGAGTTTGGCAGTAAGTCGGGTCTGCCAGAGGATGAGGTTAGGAGAAGACTAACCGCAAG 381
FO7841 ---------------------------------------------------------------------- 381
CONSENSUS-SD gatACCCAGAAGAGtTTGGaAGcaAGTCaGGCcTGtCAgAGgAAGAGGTtagaAGAAGgCtAaCCGCAAG 749
MM251 --------------.---------------------------------------------1 741
MMP11 ---------------------------------------------------------------------- 743
MM32H -----------------------------------C---------------------------------- 752
MM1A11 ---------------------------------------------------------------------- 752
MM239 ---------------------------------------------------------------------- 752
MM142 -----------------------------------------A---------A----------G------- 749
MM155 ---------------------------------------------------------------------- 752
MMW25 -----------------------------------C----------------------A---G------- 736
NEFW61 -----------------------------------C----------------------A---G------- 715
MNE ---------------------------------------------------------------------- 752
SMMPBJ AGC----------------T--TC--------T-----A----------GCAG----------------- 746
SMM9 AGC----------------T--TC--------T-----A----------GCAG----------------- 746
SMMH4 AG-----------------T--T---------T----------------A-AG----------------- 752
SM62A AG-----------------T--T---------T----------------A-AG----------------- 752
SMB670 A------------------T--T-----G---T----------------A-AG----------------- 752
CONSENSUS-STM GACACCCAGAAGAGTTTGGTTCTAAGTCAGGCTTGCCAAAGGAAGAGGTTGAGAGAAGGCTAACCGCAAG 755STM ---------------------------------------------------------------------- 755
CONSENSUS-A aGGgATACCaTtTAgt?AA?AA 757
ROD ---A------------1 768
NIHZ G--A------------1 540
ISY ----------------1 768
ST ---------G-----C1 765
BEN -----------A----G--1 771
CAM2 ----------------1 780
D194 -----------A----G--1 771
GH1 -----------A----1 765
MDS G--A-----C----ACT-- 768
KR ----------------T-- 762
UC2 -----------A----G--T-- 774
CONSENSUS-B AGG?ATACCTACAGA??AG 697
EHOA ---A-----------GT-- 717
D205 ---G-----------T1 720
CONSENSUS-D GGGCCTCTACAAAACAGCTGACAAGAAGGAAACAGGCTGA 421
FO7841 ---------------------------------------- 421
CONSENSUS-SD AGGCCTtcttaA?ATGGCTGACAaGAaGgAAACtaGc?ga 787
MMP11 ------------C-------------G-------C--1 780
MM32H ------------C---------------------C--1 789
MM1A11 ------------C-----------------------A1 789
MM239 ------------C---------------------C--1 789
MM142 ----------G-A----------G-------------1 786
MM155 ------------C---------------------C--T-- 792
MMW25 ------------C---------------------C--T-- 776
NEFW61 ------------C---------------------C--T-- 755
MNE ------CT-A--A-------------G----------1 789
SMMPBJ -------T-A--A---------------A----A---1 783
SMM9 -------T-A--A---------------A----A---TAG 786
SMMH4 -------T-.--A--------------------A---T-- 791
SM62A -------TA---A-------------G------A---T-- 792
SMB670 -------TCC--A--------------------A---T-- 792
CONSENSUS-STM AGGCCTTCTAAAGATGGCTGACAAGAAGGAAACAAGC1 792STM -------------------------------------- 792
An alignment of protein sequences with a consensus for each subtype of HIV-2, plus several representative sequences for each subtype. Only shows differences of representative sequences from consensus sequence
<- env cds
CONSENSUS-A MGASGSKKrS?psqgLrERLLrargg?cgg????sgGeysqsqegSgreQkspSCEGqqYqQGdfmNtPW 64
ROD --------H-R-PR--Q-------A-A---YWNE------RF----D----------R------------ 70
NIHZ ----------K-L---Q----Q---ET---RCNE---G-L--H-------N-------R------V---- 70
ISY ----------R--R--Q---------A---LWDE-E-G---FH--------L------R----------- 70
ST ----------E--R-------QTP-EAS--HWDKL----L--------G--------RR----------- 70
BEN --------L-KH-R-----------DGY-KQRDA-------F--E-----N------------EY--S-- 70
CAM2 ----------R-L---Q-------A-T--ECYNALE--SLR-----D---N-L-----R----------- 70
D194 ----------EH--------------GYVKQRNA----S------------------------E------ 70
GH1 --------H-KH--R--------H--GYVQQCNA-------------KG-----------R--------- 70
KR --------C-RSL------------ET---QWDG-A---L-F------G-NL------R----------- 70
MDS ----------R--R--Q-------A-A---HWDEL-----R-----DKG-R------------------- 70
UC2 --------L-KQ--------------GYVRQCSA----S----G----------------R---Y----- 70
CONSENSUS-B MGSAGSKKqSkqQ?GLRErLLR??e?PyG?lSgerreqSsrsPGgSDKdLNSPSCeGqna?gAE...... 58
UC1 -------------R--------TQ-E---K--EGQ-K--------------------R--PR--...... 64
EHOA -------------P--------ARRG-R-ES----Q-R-LQY------G------D--KTL---...... 64
D205 --------R-ER-Q----K---VP-R---R--------------E---------------R---...... 64
CONSENSUS-SD MGgaiskrrsk??gdLrqrLLrARGEtYgrLlgevEdgysQSlggldKglsslScEgQkYnqgqyMNTPW 68
MM251 ------M----PA-----K-------------------S-------G-----R----------------- 70
MMP11 ------M----PT-----K-------------------S-------G-----R----------------- 70
MM32H ------R----SA--------------------------------------------------------- 70
MM1A11 ---T--M---RST---------------E---------S-----E-----------------E------- 70
MM239 ------M---RPS-----------------------------P--------------------------- 70
MM142 -------K---PPR------------N----FKG----S------------------------E------ 70
MNE ----T------SP------------------WE-L----------S---S-L------------F----- 70
MM155 ------M---RPS-----------------------------P--------------------------- 70
MMW25 xR----SA--------------------------------------------------------- 65
NEFW61 x----------------x---------------------------------------- 58
SMMPBJ ---VT--KQRRRG-N-YE---Q---------WEGL-GE----QDASG---------P---CE--F----- 70
SMM9 ---VT--KQRxAG-N-xE---Q---------WEGL-GE----xDASG---------P---CE--F----- 70
SMMH4 -------KQY-RG-N--E---Q---------WEGL-E-------ASG---------P---SE-------- 70
SM62A -------KQYRRG-N--E-------------WEGL-E-------ASG---------P---SE-------- 70
SMB670 --A-G--K---QD-G--E---Q---------WEGL----L--R-----DWNLH-S---G-SE--F----- 70
CONSENSUS-STM MGASGSKKQRKQHGELRERLLRARGETYGKLLEGLGEGSGPSQGASDKGLNSHSCEPQRYNEGQFMNTPW 70STM ---------------------------------------------------------------------- 70
LTR ->
CONSENSUS-A rtPA?egek??YkQQNMDDvDsddddlvgv.pvtp.rvPlR?MTyklAvDmShfikekgGLeGmfYS?rR 127
ROD KD--A-R--NL-R-------------Q-R-.S---.K----P--HR--I----L--TR---------E-- 138
NIHZ ----A-R--EL----------L----Q--F.----.-----P--F------------------L---Q-- 138
ISY ----T-K--ES-R-----------------.SD-S.-----A---RM-----DL--D-------Y--E-- 138
ST -A--.----GS-------------------.----.-----E---R--R----L---------LY--D-- 137
BEN -N--T-RQ-DL-R--------------I--.----.---R-E------I------------Q-----R-- 138
CAM2 -A--A--K-NA-R------I----------.-A--.-----T---------------------L---E-- 138
D194 ----AI-Q-NS-------------------.--M-.-----E------I--------------I---RE- 138
GH1 ----I--Q-KL--------I--S-------.----.-----A-------------#--#--D-----RD- 136
KR ----AGR-GTL----------A-N-N-I--.----.-----A--------I---LN-----D--Y--E-- 138
MDS ----T----DS-R----------------Y.S---.-T---A-------------------------E-- 138
UC2 ----M--Q-ES-------------N-Q---.S--S.-----P-------------------------RD- 138
CONSENSUS-B ..........GGGqQD?DesD.EDnE.VGv?yVRP??vPLRpMTyKlAvDMSHFiKEkGgLEGiyYSERR 112
UC1 ..........------T-D--.----.---.----.NR---S----M-I--------------------- 120
EHOA ..........---K--S--D-.----.---.R---.G-------F---------L----E----F----- 120
D205 ..........------A----.--D-.--A#----#I--------------------Q-----M------ 120
CONSENSUS-D xEKGGLEGIYYNHRR 15
FO7841 --------------- 15
CONSENSUS-SD rNPAeereKLaYRkQNmDDvDeedddLvGv.pV?p.rVPlR?msYKLAiDMSHFIKEKGGLEGiYYsaRr 134
MM251 ------K------------I----------.S-R-.K----A-T-------------------------- 138
MMP11 ------K------------I----------.S-R-.K----A-T-------------------------- 138
MM32H ------------------------------.--M-.-----T------V--------------------- 138
MM1A11 -------------------I----------.S-R-.K----T---------------------------- 138
MM239 -------------------I--$-------.S-R-.K----T---------------------------- 137
MM142 -------K--P-----I--I---------I.--EA.-----T---------------------------- 138
MNE K---G-----------I--I----N-----.--R-.-----II-----V------------------E-- 138
MM155 -----K-------------I----N-----.S-W-.-----T-------------------------E-- 138
MMW25 ------------------------------.--M-.-----T---------------------------- 133
NEFW61 -----------------------------E.--M-.-----T------V--------------------- 126
SMMPBJ ----T--A--D--Q-------SA..----C.--S-.---V-I-T-----------------------D-- 136
SMM9 ----T-GA--G--Q-------N-..----C.--S-.---V-I-T-------------------V---I-- 136
SMMH4 ----T--A--G--Q-------D-----I--.S-H-.-----A-T----------------------NE-- 138
SM62A ----A--A--G--Q-------D--------.S-H-.K----A-A----------------------NE-- 138
SMB670 ----T-----K--Q-------DN--E---A.--H-.-----A------------------------DN-E 138
CONSENSUS-STM KNPAAESAKLEYRQQNMDDVDEEDDNLVGV.AVHP.RVPLREMTYKLAIDLSHFIKSKGGLEGIYYSERR 138STM ------------------------------.----.---------------------------------- 138
-- max HIV-1 nef similarity--
CONSENSUS-A hriLdiyleKEEGiIpDWQNYThGpGvRYPmfFGWLWKLVpVdv?Qe?ed?e????thcLvHpAQtSr?D 189
ROD -K--N----------A----------------------------P--G--T-....-----------KF- 204
NIHZ -----L--D- 148
ISY ------------------------L-----------------T-P--G--T-....-L--M-S--V--F- 204
ST R-V------------G--------------K-------------P--GD-S-....------------F- 203
BEN -------------------------------Y--------S-ELS--A-ED-....AN----------H- 204
CAM2 ---------------A------S--------------------TS--G--T-TDTE----L-------H- 208
D194 -----LF-------------------T----Y-----------IS--A-EV-....-N----------Y- 204
GH1 -----L-------------------------C------------S--A--D-....-NY-T-------H- 202
KR -------M----------------------K-------------P-GE--.......---L------GS- 201
MDS --------------------------T---KC-----------LP-D.-NT-....---------I-KF- 203
UC2 -----L-------V-----------------C----------NMS--A--D-....-N--M-------Y- 204
CONSENSUS-B HrILDTYlENEEGIVSGWQNYThGPGiRYPk?FGWLWKLVPv??pae?r?eE...?ThCLvHPAQiSsWD 173
UC1 ----------------------Y-------RT----------DI-E-E-GA-....-S------------ 186
EHOA -K------------------------V----F---------INMI--PED--....---------T-A-- 186
D205 -------F-----------------------Y----------EV--AT-E--...E----M--------- 187
CONSENSUS-D HRILDIYLQNEEGIIPDWQNYTSGPGERLPMMYGWLWKLVPVDVPDEAQGDE....RHCLVHPAQTYQ$D 80
FO7841 ----------------------------------------------------....-------------- 80
CONSENSUS-SD HrIld?ylEkeeGIiPDWqdYtsGPgiRYpktfGWLWKLvPVnVSdEAQEdE....?hyLmhPAQTsqWd 198
MM251 -----M----------------------------------------------....R----Q-----K-- 204
MMP11 -----M---...-------------R--------------------------....R----Q-----K-- 201
MM32H -----M----------------------------------------------....R----Q-----K-- 204
MM1A11 -----I----------------------------------------------....E------------- 204
MM239 -----I----------------------------------------------....E------------- 203
MM142 -----I-------------#-#-------L-M-------I------------....E---V--------- 202
MNE -K---M--------M----N------P-----------------------G-....EN--L--------- 204
MM155 -----I----------------------------------------------....E-C-I--------- 204
MMW25 ----EI----------------------------------------------....K----------K-- 199
NEFW61 ---I-RI---------------------------------------------....K----Q-----K-- 192
SMMPBJ -K---L-------------N--A-------MF--------------------....T------------- 202
SMM9 -K---x---x---------N--A-------MF-------x------------....T-C----------- 202
SMMH4 -----M-------------N----------MHY---------D---------....T-C-V-----Y--- 204
SM62A -----M-M-----------N------T---MY----------D---------....T-C-V-----H--- 204
SMB670 -----I------------PN--P---E---MF----------D--N------....T-C-VQ-------E 204
CONSENSUS-STM HRILDMYLEKEEGIVPDWQNYTAGPGIRYPKQFGWLWKLVPVDMSNEAQEDD...GTHYLVHPAQTHQWD 205
STM ----------------------------------------------------...--------------- 205
CONSENSUS-A D?HGETLvWrFdpmLAy?Y?aF?lyPEEFGhkSGlpE?eWKAkLKARGIPfs?? 236
ROD -P-------E---L---S-E--IR-------------E----R---------x 257
NIHZ --T--------N-----K----R---------x 181
ISY -P-------K------HE-TT-I-----------ME-DD-------------x 257
ST -P-----------T--FS-E--IR------Y------D----R---------x 256
BEN -E-------Q--S----N-K--T--------------K------------Y-Ex 258
CAM2 -M-------K--S---LK-E--TR-------------D--------------x 261
D194 -E---------------S-K--I-H------------K------------Y-Ex 258
GH1 -E-----L-----T---D-K--I-H------------K------------Y-x 255
KR -P-----M-----R---E-T--NR------Y------E--------------$ 253
MDS -Q----------SL---E-T--K--------Q-----E----R--------N$ 255
UC2 -I---------NS----E-K--T--------------K------------Y-E$ 257
CONSENSUS-B DiHgETL?WqFDsLLAyDYVAFnRfPEEFGYQSGlPEkEwKA?L?ARGIPT?? 221
UC1 -------A-R--P---H-------Y--------------x 226
EHOA -P-E---V--------------S-----------M-------K-R------E$ 238
D205 -------I-----------------------------E----R-K------Dx 240
CONSENSUS-D DP$EEVLV$KFDPRLAYNYEAFIKYPEEFGSKSGLPEDEVRRRLTARGLYKTADKKETG$ 137
FO7841 ------------------------------------------------------------ 137
CONSENSUS-SD DPWGEvlaWKFDPtLAYtyeAyvryPEEfGSkSGLseeEVrRRltARGLlnMADkkeT?? 256
MM251 ----------------------A-----#--------------x 247
MMP11 -------------------------------------------------------R--Rx 261
MM32H -----------------------------------P----------------------Rx 264
MM1A11 ------P---------------------------------------------------Rx 264
MM239 ----------------------------------------------------------Rx 263
MM142 ----------------------I--------------K--K---A-----E---R---Sx 262
MNE -------V--------------I---------------------------K----R--Sx 264
MM155 ------------------H---------------------------------------R$ 263
MMW25 -----------------------------------P--------A-------------R$ 258
NEFW61 -----------------------------------P--------A-------------R$ 251
SMMPBJ -------------K---N-K-F-EH------Q----K---Q---------K-----K-Sx 262
SMM9 -------------x---x-K-F-EH------Q----K---Q---------K-----K-S$ 261
SMMH4 -------------E---S-K-FIK----------------K--------#K-------S$ 262
SM62A -------------E---S-K-FIK----------------K--------YK----R--S$ 263
SMB670 -----A-V-----Q---R---FIK----------------K--------SK-------S$ 263
CONSENSUS-STM DPWGEVLVWKFDPLLAHTYEAFVRHPEEFGSKSGLPKEEVERRLTARGLLKMADKKETSx 265STM ------------------------------------------------------------ 265