Opatovne ovladnutie pevnosti krestanskymi silami sa viaze k roku 1685. Klucovu ulohu zohrala pevnost v dobe Rakocziho protihabsburskeho povstania. Arcibiskup Gyorgy Szechenyi povysil Nove Zamky na mesto v roku 1691. Je charakteristicke pre svoju dobu, ze jedno ustanovenie tejto vysadnej listiny stanovuje : stale bydlisko v meste mozu mat len obcania rimskokatolickeho vyznania.

Pevnost casom stracala svoj strategicky vyznam a ani naklady na jej udrzbu neboli zanedbatelne. Preto v roku 1724 ju rakusky cisar a uhorsky kral Karol III. prikazal zburat. Niet ziadnej znamky po tom, ze by kedykolvek v pevnosti hoci len docasne boli prebyvali Zidia. V XVIII. storoci sa mesto rozvinulo vo vyznamne hospodarske centrum s vyznamnymi remeslami, polnohospodarstvom a obchodom.

Prve trvale osidlovanie sa Zidov sa datuje na prvu stvrtinu XIX. storocia. Do tej doby mali Zidia pristup do mesta len vo vyhradenych dnoch tyzdna a mesto museli do zapadu slnka opustit. Prvymi usidlujucimi sa boli rodiny Stux, Schwitzer, Leuchter, Fuchs, Stern, Donath, ktore zorganizovali religiozny zivot obce. Zalozili spolok Chevra Kadisha a otvorili prvu stvortriednu zakladnu skolu.

Obyvatelstvo mesta s pochopenim akceptovalo pristahovanie sa zidovskych rodin, ktore dali vyrazny modernizacny impulz dalsiemu rozvoju priemyslu a obchodu. Religiozny zivot v prvych desatrociach bol riadeny hlavnym rabinatom v nedalekych Suranoch. Na jeho cele v obdobi rokov 1849 az 1895 stal hlavny rabin Feivl Plaut ( nar. 1818 v Koline, zomrel 1895 v Suranoch ), vyznamny talmudista a hebrejsky spisovatel, odchovanec skoly slavneho Chatama Sofera. V tej dobe priamo v Novych Zamkoch posobil v konzervativnom duchu rabin Ignac Kramer. Do sestdesiatych rokov sa novozamocka zidovska obec rozmohla natolko, ze podla vzoru synagogy v ulici Dohany v Pesti postavila vlastnu synagogu v maursko-orientalnom slohu. Budova tejto prvej novozamockej synagogy bola uplne znicena pocas bombardovania mesta v marci 1945. Pokrokovejsie zmyslajuca cast obce aj v otazkach vnutorneho usporiadania synagogy vychadzala z Pestskeho vzoru : almemor bol umiestneny priamo pred Archu Umluvy. Takato modernizacia, ktora nezodpovedala ustanoveniam zakonnika Sulchan Aruch, narazila na prudky odpor konzervativnej mensiny vernej k tradiciam. Tento rozpor v konecnom dosledku viedol v roku 1870 k rozdeleniu nabozenskej komunity. Ortodoxna mensina s vyznamnou podporou surianskeho rabina Feivla Plauta zalozila samostatnu ortodoxnu nabozensku obec pod vedenim rabina Jozefa Richtera. Prvymi clenmi boli Emanuel Leuchter, Jakab Stern, Leopold Spitzer, Simon Neuman a dalsi. Tato novovznikla obec uz v tom istom otvorila vlastnu 5-triednu zakladnu skolu.

Po osamostatneni sa ortodoxnej mensiny aj zostavajuca vacsina sa odclenila z posobnosti surianskeho rabinatu a na tzv. kongresovych zakladoch zalozila pod vedenim rabina Ignaca Kramera samostatnu neologicku nabozensku obec JESURUN.

Po smrti rabina Ignaca Kramera r. 1913 nastupil na jeho miesto vysokouceny Samuel Klein ( nar. 17. 11. 1887, Szilasbalhas, zupa Veszprem, Madarsko, zomr. ? v Jeruzaleme ). Samuel Klein svoje univerzitne studia absolvoval v Berline a Heidelbergu, kde ziskal doktorat filozofie. Rabinsky diplom ziskal na rabinskej skole v Berline. V roku 1909 ho zvolila za svojho rabina nabozenska obec v Tuzle v Bosnii, odkial v r. 1913 presiel na miesto hlavneho rabina novozamockej neologickej obce. Pocas tunajsieho posobenia si ziskal slavu a uctu ako vynikajuci recnik a kazatel. Bol stalym spolupracovnikom hebrejskych, madarskych, nemeckych, francuzskych a anglickych vedeckych casopisov a veducim prispievatelom casopisu Szombat. Vo svojej vedeckej cinnosti sa zaoberal historickymi suvislostami geografie Palestiny. V tomto odbore sa stal svetove uznavanou kapacitou. V r. 1924 sa stal veducim katedry historickej geografie na Univerzite v Jeruzaleme. Napriek tomu mu obec zachovala miesto hlavneho rabina novozamockej neologickej obce, kam sa v r. 1926 aj docasne vratil. Je jeho zasluhou, ze v tejto obci napriek jej kongresovemu ramcu sa uplatnoval konzervativny duch.

Po Samuelovi Kleinovi viedol az do roku 1944 religiozny zivot obce hlavny rabin Jozef Tigermann, ktory po 58 rocnom posobeni sa stal obetou Holocaustu vo veku svojich 94 rokov.

Neologicka obec postavila v r. 1927 monumentalnu mestiansku skolu, ktora sa taktiez stala obetou bombardovania mesta marci 1945.

Prvym volenym rabinom osamostatnenej ortodoxnej obce bol Viliam Groszmann - Benjamin Zeev Wolf. V rabinskom kresle ho nasledoval v r. 1882 jeho zat Henrich Sonneklar. Jeho syn Peter Ujvari bol od r. 1923 vydavatelom v Novych Zamkoch vychadzajuceho literarneho a spolocenskeho zidovskeho tyzdennika SZOMBAT, ktory povodne vychadzal od r. 1910 v Budapesti. Bol tiez hlavnym redaktorom pbsiahleho Zidovskeho lexikonu, ktory vydal v r. 1929 v Budapesti. Taktiez bol predsedom Zdruzenia madarskych novinarov na Slovensku. Ortodoxna obec si postavila v r. 1880 samostatnu synagogu, ktorej budova stoji dodnes. Budova synagogy je dvojpodlazna, obdlznikoveho podorysu. Nad vchodom je napis " V'chejle lohem i'mikdos mar l.p.k. ", v preklade " Nech vam sluzi ako mala svatyna". Sucet numerickej hodnoty kazdeho pismena je rok 5660 zidovskeho leto poctu, co podla obcianskeho letopoctu je 1900 - rok prestavby a zvacsenia synagogy pristavbou. Pri tejto pristavbe bola synagoga predlzena o 6 metrov, v dosledku coho sa pocet miest na sedenie v nej zvacsil cca o 80. Sucasne aj almemor bol presunuty o tri metre v smere predlzenia, aby sa zachoval predpis Sulchan Aruchu o jeho umiestneni presne uprostred..

Zaklady povodneho miesta almemoru boli odokryte pri poslednej rekonstrukcii a upravene tak, aby boli trvale viditelne ako svedok cias, ked pomerne nie stara synagoga po dvadsiatich rokoch svojej existencie nestacila pojat vsetkych veriacich.

Obnova synagogy v rokoch 1991-1995 bola vykonana vylucne vlastnymi silami a za prostriedky dnesnej zbytkovej nabozenskej obce. Takto sa zachranila pre buduce casy budova vyznamna pre mesto aj z historickeho a stavebno - architektonickeho hladiska. Okna boli povodne zasklene farebnou vitrazou so symbolickou Davidovou hviezdou a motivom Desatora.

Obnova tychto vitrazi vyrazne poskodenych pocas bombardovania do povodneho stavu je nad sily a moznosti dnesnej obce. V predsieni - v tzv. pulis - je umiestnena kamenna tabula, ktora volakedy zdobila vchod budovy uz neexistujucej prvej novozamockej synagogy a je na nej napis "Prekrocte branu pravdy".

Vnutri synagogy sa nachadza 19 mramorovych tabul s menami skoro 2300 obeti Holocaustu z Novych Zamkov a bezprostredneho okolia, ktori boli odvleceni vo dvoch transportoch do vyhladzovacieho tabora Auschwitz-Birkenau. Tabule boli odhalene 20. Juna 1999 pri prilezitosti 55. Vyrocia deportacii. K ich realizacii iniciovanej Zidovskou nabozenskou obcou v Novych Zamkoch vyraznym sposobom prispeli clenovia obce, krajania zijuci v zahranici ako aj mesto Nove Zamky.

Na vonkajsej bocnej stene synagogy sa nachadza pamatna tabula obetiam holocaustu z Novych Zamkov a okolia. Tabulu venovalo Ministerstvo kultury Slovenskej republiky v r. 1992. Identicke tabule boli vtedy umiestnene v dalsich 12 mestach Slovenska, trinasta je umiestnena v pamatniku YAD VASHEM v Jeruzaleme. V budove Bet Hamidrash nachadzajucej sa vo dvore synagogy je tzv. mala modlitebna pouzivana v zimnom obdobi ako aj klubova miestnost. Z iniciativy Spolocnosti krestanov a zidov na Slovensku je na jej vonkajsej stene umiestnena pamatna tabula svedskemu diplomatovi Raoulovi Wallenbergovi, ktory posobil v r. 1944 v Budapesti a ktoremu vdaci nejeden novozamcan za prezitie Holocaustu. Tabula bola odhalena 16. jula 1997, v den pravdepodobneho 50. vyrocia umrtia Raoula Wallenberga.

Budova synagogy bola v r.1991 Ministerstvom kultury Slovenskej republiky prehlasena za kulturnu pamiatku.