Na samome pocetku ovog perioda desavaju se vrlo znacajne promjene granica u zemljama susjedima Bosni.Rusija i Austrija ulaze u rat sa Napoleonom,koji ,poslije niza pobjeda nad Austrijom,uzima Veneciju,Istru i Dalmaciju,ukljucujuci i Dubrovacku republiku 1805 godine,tako formirajuci,po prvi puta u historiji,Bosansko-Francusku granicu!! Napoleon postaje saveznik Sultanu i pomaze mu u suzbijanju jedne pobune na teritoriji Srbije,a Francuzi su takodjer prisutni i na teritoriji Bosne,u nekim manjim sukobima,kao npr.,pomazuci suzbijanje jedne manje pobune u jugoistocnoj Bosni,kada pomazu Hadzi-Begu Rizvanbegovicu,koji je bio pod opsadom u tvrdjavi u Hutovu,blizu Neuma.
Sve ove pobune dovele su do znacajnih drustvenih i politickih promjena unutar Bosne.Najvaznija promjena je ,prije svega,bila uspostava KAPETANIJA u Bosni.Kapetan je bio vojni administrator u pogranicnim pojasevima i njegov zadatak je bio da uspostavlja vojsku,provjerava putnike koji su prelazili granicu,odrzava puteve sigurnim od razbojnika i da izvrsava razne druge policijske i administrativne duznosti.Teritorija kojom je upravljao se zvala "Kapetanija",koja je mogla biti manja ili veca od Kadiluka.Tokom 17-tog stoljeca ovaj sistem je bio znatno prosiren na unutrasnjost zemlje,a takodjer su bile prosirene ingerencije samih Kapetana,tako da su neke porodice pocele da tretiraju Kapetanije kao nasljednu instituciju.
U vrijeme sklapanja "Karlovackog mira" 1699 godine,u Bosni je bilo 12 Kapetanija,da bi krajem 18-tog stoljeca njihov broj porastao na 32,pokrivajuci prakticno cijelu Bosnu.
Kapetanije su postojale jedino u Bosni.U svojoj sustini,Kapetanije su predstavljale skoro apsolutnu nezavisnost Bosne,sto se tice lokalne uprave,dok se jos uvijek morao placati porez Turskoj Imperiji,ali nisu vise stranci direktno vladali,nego sami Bosnjaci,sto je predstavljalo znacajan pomak ka nezavisnosti Bosne i cinilo je veoma privilegovanom u odnosu na sve ostale zemlje koje su bile pod okupacijom od Turske Imperije.
1813 godine Sultan pokusava da umanji ovu nezavisnost,te salje u Bosnu Siliktar Ali-Pašu,koji je imao zadatak da zapocne proces ukidanja Kapetanija u Bosni.Sultan uskoro salje veliku vojsku,sacinjenu od Turskih i Albanskih vojnika da pokore Sarajevo,a takodjer 1820 godine izvrseni su napadi na Mostar i Srebrenicu,te su ubijena dva Kapetana:iz Banja Luke i Dervente.Novi Sultan Mahmut II,1826 godine vrsi veliku reformu vojske,sto nailazi na veliki otpor u Bosni,te Sultan salje Abdurahman-Pašu iz Beograda da izvrsi ove reforme u Bosni,ali on postize veoma malo uspjeha u tome.
Godine 1831 dize se velika pobuna Bošnjaka na celu sa Husein Kapetanom Gradascevicem za autonomiju Bosne.Te iste godine Bosanska vojska,sa Husein Kapetanom Gradascevicem na celu,osvaja Travnik i zarobljava Vezira,te ga javno ponizava,tjerajuci ga da skine novu "reformsku" odjecu i obuce tradicionalnu nosnju.Zatim,Bosanska vojska od preko 25.000 vojnika nanosi veliki poraz Velikom Veziru na Kosovu,a 12. septembra 1831 godine,u Sarajevu, i zvanicno proglasava autonomiju Bosne,sto je prakticno znacilo puna nezavisnost Bosne,iako je diplomatski poruceno Sultanu da ce se i dalje on smatrati vrhovnim vladarom Bosne.Sultan,potom,uspijeva da unese neslogu medju Bošnjake,i pridobija na svoju stranu Ali-Agu Rizvanbegovica i Smail-Agu Cengica,te salje veliki vojni kontigent od preko 30.000 vojnika na Sarajevo,te Bosanska vojska dozivljava veliki poraz u maju 1832 godine.Husein Kapetan Gradascevic se povlaci u Austriju i pokret za autonomiju Bosne,odnosno za punu nezavisnost Bosne,biva ugusen tek 1850 godine.
Godine 1836 nekoliko Kapetana iz okoline Bihaca dize pobunu,koja je bila krvavo ugusena od strane vojnih trupa iz Anatolije.Sljedeca velika pobuna se desila 1840 godine,kada je ponovo Vezir bio istjeran iz Travnika,ali i ta pobuna biva uskoro ugasena od strane regularnih trupa Turske Imperije.
1850 godine Sultan salje u Bosnu Omer-Pašu Latasa,koji do kraja 1850 godine uspostavlja potpunu kontrolu nad Bosnom i ukida Kapetanije,te uvodi novi sistem vlasti,koji je dijelio zemlju u 9 oblasti,od kojih je svaka bila pod vlascu Kajmakama.
Godine 1877 Rusija,zajedno sa Austrijom,proglasava rat Turskoj Imperiji i vec pocetkom 1878 godine Rusi dolaze skoro do Istanbula,poslije cega dolazi do primirja,gdje su Rusi bili ti koji su diktirali uslove,koji su,naravno,isli puno vise njima u prilog,nego njihovim saveznicima Austrijancima.Po ovome sporazumu Rusija obezbjedjuje Bugarskoj da se znatno prosiri i dobije gotovo punu autonomiju od Turske Imperije.Bosna,pak,je po tome dogovoru ostala dijelom Turske Imperije,uz velike reforme,i po clanu 14. toga sporazuma Bosanski prihodi se od tada,pa u naredne tri godine,moraju trositi iskljucivo u Bosanske svrhe.
Ova situacija je bila prilika za Bošnjake da ponovo pokrenu pitanje autonomije Bosne,sto je u medjunarodnim krugovima shvaceno kao opasnost od novih sukoba,tako da ovaj mirovni sporazum biva korigovan u julu 1878 godine u Berlinu,na cuvenom "Berlinskom kongresu",gdje je odluceno da Bosna,iako teoretski i dalje pod vlascu Turske Imperije,bude okupirana i administrirana od strane Austro-Ugarske.
