A partir do século dezessete, a principal atividade da colônia passou a ser a mineração. Esta atividade estabeleceu-se na Serra da Mantiqueira (no atual estado de Minas Gerais), na região de Cuiabá e no sul de Goiás.

Com a queda da lucratividade da empresa de açúcar e início da mineração, houve um deslocamento maciço de mão-de-obra e de capitais do Nordeste para a região Centro-Sul.

Ocorreu também um grande fluxo de migração espontânea de Portugal para o Brasil. Ao contrário do que ocorrera no caso do açúcar, estes imigrantes eram, em sua maioria, homens de classe média, com pequenos recursos. Por causa disso, em nenhum momento a população escrava chegou a ficar em maioria na região mineradora.

Como no caso da cana-de-açúcar, a empresa de mineração teve toda a sua produção dirigida ao mercado externo; foi altamente especializada; gerou grande lucratividade e utilizou mão-de-obra escrava de origem africana.

Ao contrário da empresa açucareira, a do ouro exigia um investimento inicial relativamente pequeno e permitia maior mobilidade de capitais.

Dadas essas condições, as pessoas podiam ter mais mobilidade social no negócio do ouro do que na empresa açucareira. Qualquer indivíduo da classe média portuguesa podia reunir recursos e montar uma empresa mineradora.

A empresa do ouro dependia de alimentos produzidos fora da atividade de mineração, diferentemente do engenho, que era praticamente auto-suficiente.

A pecuária do Rio Grande do Sul, que até então vivera de insignificantes exportações de couro, vendidas a preços menores do que as exportações de açúcar, passou a atender o mercado da mineração. O mesmo ocorreu com a pecuária da região do Mato Grosso do Sul. Até mesmo a pecuária do Nordeste passou a oferecer seus produtos à região do ouro.

A produção do ouro também abriu mercado para animais de carga, uma vez que se encontrava isolada por montanhas e distante dos portos.

A influência da atividade do ouro sobre as outras regiões brasileiras teve um raio de ação muito maior do que o atingido pela empresa açucareira. A empresa do ouro foi capaz de abrir mais mercados internos do que a do açúcar. Além disso, como a renda agregada estava bem menos concentrada do que na região da cana, havia uma demanda mais diversificada por bens de consumo.

Nessa época, Portugal mantinha acordos com a Inglaterra para importar todos os bens manufaturados que desejasse consumir. Em Portugal não se praticavam atividades que exigiam o conhecimento técnico de montar empresas industriais e, sendo assim, não havia experiência que pudesse ser utilizada nos negócios do Brasil.

As exportações de ouro atingiram o auge em 1760. O ritmo da produção de ouro passou a diminuir na década dos anos sessenta do século dezoito. A partir daí, o negócio experimentou rápida decadência: a mineração foi dando lugar à atividade de subsistência.