Afilhada da Unidos de Bangu e madrinha da Unidos do Uraiti, a Acadêmicos de Santa Cruz desfilou em 1960, 1961 e 1962 na própria localidade. Em 1962, filiou-se à Confederação da Escolas de Samba. Seu primeiro desfile na cidade foi no dia 2 de dezembro de 1962, por ocasião do 1° Congresso do Samba. Em 1963, disputou o carnaval na Praça Onze (Grupo 3) e foi campeã. Em 1965, a Acadêmicos de Santa Cruz foi campeã do Grupo 2, por ocasião do carnaval do IV Centenário.
        Disputou por três anos o concurso principal das escolas de samba em 1966, 1970, 1985 e voltou mais algumas vezes ao Grupo principal, para disputar o Carnaval. Em 1989, a escola ganhou o desfile do segundo grupo e subiu para o Grupo Especial, no ano seguinte. Fez um belíssimo desfile, mas os jurados, certamente por causa da escola não ter a mesma tradição de outras, a colocaram novamente no 2º Grupo.
        Em 1991, no transcorrer do desfile, houve uma queda de energia elétrica na Avenida, e a Santa Cruz não conseguiu desfilar. Logo após, ganhou na justiça o direito de desfilar entre as grandes escolas em 1992. No Grupo Especial, a escola se houve muito mal, e terminou na última colocação, já que não estava preparada para desfilar entre as grandes. A decisão da justiça saiu na sexta-feira de carnaval, ou seja, dois dias antes do desfile. Em 1993, a escola tirou o 4ºlugar no Grupo 1.
        No ano de 1994, a Santa Cruz tirou o 7ºlugar, injustamente. O carnaval de 1994 foi o que apresentou o resultado mais vergonhoso da história, com toda certeza. A Santa Cruz jamais merecia ter tirado a sétima colocação, assim como outras escolas também receberam posições absurdas. Em 1995,mesmo fazendo um bom desfile, não passamos do quinto lugar.
        A agonia acabou em 1996, quando a Santa Cruz arrebentou na Sapucaí e ganhou o desfile do Grupo 1A, garantindo o direito de desfilar em 1997 entre as grandes escolas, que é o seu lugar. Mas, infelizmente, a história de 1990 se repetiu. Com um belíssimo samba, fomos rebaixados ficando a apenas 1 ponto da União da Ilha.
        Credenciados por termos feito um belo desfile em 1997, e pelo tema, "O exagerado Cazuza nas terras de Santa Cruz", mais uma vez nossa escola era a favorita para vencer o carnaval do Grupo 1A em 1998. Não decepcionamos, ganhamos todos os prêmios de melhor escola do Grupo 1A, mas isso não foi suficiente para vencer. Os jurados tiveram inclinações fortes para o Império Serrano, que venceu o desfile, mesmo sem convencer. Em 1999, infelizmente não repetimos as boas performances de 1997 e 1998, e, mesmo assim, terminamos numa honrosa quarta colocação, com o tema "Abraham Medina em Noite de Gala".
        No carnaval de 2000, a Santa Cruz entrou na avenida para defender o seu enredo Brasil, do extrativismo à reciclagem, 500 anos de riquezas, e tirou a sua pior colocação nos últimos 6 anos. Tirou a sexta colocação, perdendo o título para o Império Serrano e para a Paraíso do Tuiuti, que debutará em 2001 no Grupo Especial.
        Em 2001, a história foi um pouco diferente. A verde e branco da Zona Oeste não conseguiu subir, mas dessa vez fez bonito na Sapucaí. Com o enredo "Mário Lago; na rolança do tempo, uma vida de histórias" a Santa Cruz ficou em terceiro lugar,  à frente de duas das maiores escolas de samba do Rio (Vila Isabel e Estácio de Sá) e apenas perdendo a vaga no Grupo Especial por apenas um ponto para a melhor escola da noite daquele sábado, a São Clemente. A Unidos do Porto da Pedra venceu o desfile.