Tan pronto completó el bachillerato se le contrató como oficial de relaciones públicas (1972) en la Universidad Católica de Puerto Rico, ejerciendo luego como ayudante del Presidente y abogado residente (1976). Tras regresar de Harvard se integró a la cátedra de derecho (1980) y más tarde como decano asociado del Programa de Maestría en Derecho, ambos programas de la misma universidad que le formó profesionalmente.

Un nuevo giro en su vida profesional ocurre del 1986-1992. Durante ese tiempo se desempeñó como Presidente de la Universidad del Sagrado Corazón, en Santurce. Luego de esa fructífera labor administrativa aceptó la posición de juez asociado y administrador de la sección sur del Tribunal Apelativo (1992-1994).

Al amparo del lema "la patria nueva (La patria nueva es la misma de siempre... pero despierta)" se lanzó al ruedo de la política partidista con el fin de alcanzar la presidencia del Partido Popular Democrático y, por ende, optar a la gobernación de Puerto Rico. El camino de cada individuo está repleto de buenas intenciones que Dios moldea a su antojo. Tal fue el caso del Lcdo. Morales. Al no lograr la candidatura a la presidencia de su partido, ese hecho le obligó a retomar su vida hacia nuevos derroteros. Regresó a la entonces Pontificia Universidad Católica de Puerto Rico en calidad de profesor de ciencias políticas (1994-1997), luego decano de derecho (1997-1998), hasta por último alcanzar la posición máxima en su alma mater: Presidente. Se le nombró a dicha posición en febrero de 1998.

Múltiples reconocimientos han coronado su vida profesional: joven más destacado del año 1989, premio otorgado por la Cámara Junior; Top Management Award en Educación, por la Asociación de Ventas y Mercadeo; Premio Fernando Chardón al Ciudadano del Año 1990, por la Asociación de Industriales de Puerto Rico; Condecoración Eugenio María de Hostos al Ciudadano del Año 1990, por el Club de Leones de Puerto Rico; Premio María Serra al Ciudadano del Año, por la Cámara de Comercio de Ponce y Sur de Puerto Rico. Además, ha sido miembro de la Junta de Directores de los Centros Sor Isolina y de la Comisión Pro-Sede Olimpiadas 2004.