Han pasado 10 años desde que termino Dragón Ball Z, y Goku esta entrenando con Uub en el palacio de Kami-sama. Mientras tanto, Pilaf, Shuu y Mai entran en el palacio, y encuentran las siete esferas del Dragón, pero no el grupo usado por todos, sino el creado por el niño Namecciano que se transformo en Piccolo y Kami-sama antes de dividirse. Estas esferas, también conocidas como las esferas del Dragón de la Estrella Negra son mucho mas poderosas que el grupo creado por Kami-sama.
Uub se va, prometiendo regresar en un año para pelear con Goku. Al mismo tiempo, Goku interrumpe a Pilaf antes de que pida su deseo, pero no a tiempo para evitar que llame a Shen Lon. Durante la pelea, Pilaf grita que desearía que Goku fuera un niño de nuevo, pues era mas fácil vencerlo, Shen Lon lo considera un deseo, y desaparece. Dende (el nuevo Kami-sama) y Mr. Popo llegan para ver a Goku transformado en un niño. Mientras Dende y Kaioh-sama buscan la solución, Goku viaja a la Tierra y se encuentra con Pan, ya una adolescente, y ve como combate contra secuestradores. En ese momento llega el maestro Roshi, y al ver a Goku, lo llevan a casa de Goku. Es ahí donde los encuentra Kami-sama, con pésimas noticias: Solo las esferas del Dragón de la Estrella Negra pueden revertir el proceso, y si no las reúnen en un año, la energía usada para llamar a Shen Lon destruirá el mundo. Bulma ofrece una nave espacial para buscar las esferas, pero solo hay espacio para tres personas: Goku, Trunks y Goten, desafortunadamente, antes del despegue, Goten recibe una llamada de su novia, y Pan toma su lugar, justo cuando despegan, una pieza se cae de la nave.
Gracias a esa pieza faltante, la nave esta inestable, y se ven obligados a hacer una parada de emergencia en un planeta habitado principalmente por comerciantes. Mientras por un lado descubren que ese planeta esta a merced de un tirano llamado Don Kia, un robot dentro de la nave se come el radar del Dragón, transformándose en el nuevo radar del Dragón. A raíz de la persecución, la nave es robada por los trabajadores de Don Kai, y al recuperarla, el trío es buscado como ladrones, lo que lleva a Goku a una pelea contra Rejjik, el campeon de Don Kai, y la gana al transformare en Super Saiyajin (Aunque ya no puede teletransportarse). Tras vencer a Don Kai y repartir su dinero en el pueblo del planeta, descubren que el robot se ha transformado en un nuevo radar del Dragón y que la primera esfera se encuentra en ese sistema solar, para ser exactos, en la muela de un gigante, de donde la rescatan con un poco de trabajo. Tras obtener la primera esfera, Goku bautiza al robot como Gill.
Conseguir la siguiente esfera es mucho mas difícil, pues la tiene una chica llamada Reenu que debe casarce con un monstruo que crea terremotos. Para salvar al planeta Trunks toma el lugar de Reenu, y con la ayuda de Goku y Pan logran derrotarlo, pero cuando obtienen la esfera, esta es robada por Bonpara, Donpara y Sumpara, del planeta Ruudo. Tras una extraña batalla, que incluye el terrible ataque del baile de los tres alienigenas, Goku, Trunks y Pan ganan la pelea y accidentalmente Pan activa la nave extraterrestre para legar a Ruudo, separandoce del grupo. En Ruudo, Pan se enfrenta a Mochimochi, sacerdote de un antiguo Dios, que desea las esferas del Dragón para revivir a dicho Dios, y la transforma en una muñeca, que es robada por Duro-taki, el verdadero líder del culto, que transforma a casi todos los seguidores de Ruudo en muñecas para alimentar a su Dios dormido, mientras Goku y Trunks llegan a Ruddo y luchan para encontrarla junto con la segunda esfera. Cuando por fin llegan a encontrar a Duro-taki jugando con Pan (Aun transformada en muñeca), Ruudo despierta. Goku lucha contra el, y con ayuda de los hermanos Para, Pan, y Trunks, logra vencerlo, recuperando la esfera. Entonces, Pan se escapa, pensando que Trunks y Goku preferían tener a Goten como compañero en su misión, y descubre una tercera esfera del Dragón, y la identidad de su nuevo enemigo, el Dr. Myuu.
Giro resulta ser un robot creado por el Dr. Myuu, y los traiciona para que vayan al planeta que dirige el doctor, gobernado por su ayudante, Shogun Rirudo. Mientras Goku lucha con Rirudo, Trunks es enviado al planeta donde se encuentra el Dr., y Pan logra rescatar las esferas del Dragón, con ayuda de Gill, que por alguna extraña razón parece querer ayudar al grupo terrestre. Cuando Goku vence a Rirudo, el y Pan son enviados al planeta del Dr. Myuu donde se descubre que Gill y Trunks planearon todo para encontrar al Dr. En esa pelea, se descubre que el Dr. Myuu solo trabajaba para cuidar a "Baby" una maquina mutante capaz de destruir al mundo. Aparentemente, Trunks logra destruirlo, pero cuando el, grupo se va, para buscar las demas esferas, Baby destruye a Myuu y decide interceptar al grupo, enfrentándose contra ellos en un planeta habitado, donde el grupo descubre que Baby tiene la capacidad de poseer otros cuerpos, cuando Baby posee a Trunks, sin embargo, la fuerza de voluntad de Trunks es demasiado fuerte y Baby huye. El grupo continua buscando las esferas del Dragón, sin saber que Baby se dirige a la Tierra, donde posee a Goten y comienza la conquista, deseoso de poseer al Saiyajin mas poderoso que se encontraba en el planeta: Vegeta. Baby, en el cuerpo de Goten, inicia una pelea con Gohan, poseyéndolo y liberando al debilitado Goten, y venciendo a Piccolo. Mientras esto ocurre, el grupo en el espacio solo necesita una esfera de Dragón mas.
Baby se enfrenta a Vegeta, donde se descubre que su esencia proviene de un planeta de plantas, que fue destruido por los Saiyajines, y que todo lo que desea es venganza por ellos. También revela que, una vez que ha poseído a alguien, puede mantener su control aunque este en otro cuerpo, por lo que Goten se une a la pelea. Poco después, Vegeta también es vencido. En ese momento, el grupo en el espacio recupera la ultima esfera del Dragón.
Al regresar a la Tierra, descubren que todos menos Buu y Mr. Satán están controlados por Baby, y Goku tiene que luchar contra Goten y Gohan, y mas tarde, se une a la lucha Trunks y Bra (Controlados por Baby también). Juntos vencen a Goku, y Dende le entrega las esferas a Baby (Aun en el cuerpo de Vegeta), y este pide que junto a la Tierra, se cree un nuevo planeta igual a su planeta natal. Mientras, Goku se encuentra en el purgatorio, jugando un juego gigante a cambio de su vida, y después, es entrenado por Kaioh-sama.
En la Tierra, Baby comienza a mudar a la gente al nuevo planeta, y Pan trata de rescatar a sus padres, siendo ayudada por Buu, Mr. Satán y, sorpresivamente, Uub. Buu y Uub se unen, y tratan de vencer a Baby. En el planeta de Kaioh-sama, este logra que la cola de Goku le vuelva a crecer, y Goku regresa a la pelea, donde la luz de la Tierra (Que funciona como Luna para el nuevo planeta), lo transforma en un mono gigante, que con ayuda de Pan llega al cuarto nivel Super Saiyajin (Parecido a su forma humana, cubierto de pelo rojo, con cola, y cabello negro), pero Bulma ayuda a Vegeta (Poseído por Baby) a volverse a transformar en un mono gigante. Durante la pelea, Baby lanza un rayo en contra de la Tierra, destruyendo una ciudad y varios habitantes.
Con ayuda del agua de curación de Kami-sama, Kaioh-sama logra liberar a Dende, Mr. Popo, Trunks y varios mas del control de Baby. Cuando Goten y Gohan se recuperan, todos le envían su energía a Goku, para que pueda derrotar a Baby. Tras derrotarlo, Goku vuelve a su forma normal, que aun es la de un niño, aunque como Super Saiyajin nivel 4 tiene el cuerpo de un adulto. La Tierra es destruida, pues no tiene las esferas del Dragón, pero todos están a salvo en el nuevo planeta, aunque Piccolo muere a causa de las heridas. En el siguiente torneo Budokai, todos pierden por razones tontas (Pan no quiere ser como su abuelo, Goku es obligado a pelear en las rondas infantiles, y es distraído por Vegeta, así que le ganan aciendole cosquillas, por ejemplo), y Mr. Satán vuelve a ganar, pues Buu es su contrincante, y se deja vencer. Pero al mismo tiempo, en el infierno, el Dr. Gero (#20) y el Dr. Myuu se alían para vencer a los héroes, y recrean a algunos de los enemigos de Goku (Como #17), así como encuentran a Cell y a Freezer, que están dispuestos a luchar de nuevo contra Goku y sus compañeros, y usan todo su poder para capturar a Goku en el infierno. En la Tierra #18 se une a #17 en la misión para el Dr. Gero, pero cuando #17 asesina a Krillyn, ordena a Maroon escapar, y al enfrentarse a su hermano gemelo, muere al lado de su esposo, aparentemente.
Vegeta se enfrenta a #17, que gracias al Dr. Gero y a Myuu es mas poderoso que antes, mientras Goku sigue en el infierno, pero Piccolo logra ir a ayudarlo tras un pequeño problema con Enma Daioh (Piccolo no podía ir al infierno pues había sido aceptado en el cielo). Con ayuda de Piccolo y Dende, Goku regresa a la Tierra para enfrentar a #17, quien vuelve a destruir a Gero, por ordenes de Myuu, y Videl y Milk vuelan hacia la pelea para tratar de ayudar a Guku. Al mismo tiempo, las esferas comienzan a romperse por la presión que Dende y Piccolo usaron para sacar a Goku del infierno. Durante la pelea, #18 llega para ayudar a Goku, ya que no murió con Krillyn, y gracias a ella, Goku vence. Pero cuando juntan las esferas, aparece un Shen Lon mas viejo, negro, que amenaza a todos, y se divide en 7 dragones. Dende explica que con tantos deseos que se han pedido las esferas se llenaron de energía maligna y por eso surgieron los 7 dragones, que destruirán al mundo. Todos culpan a Bulma, por crear el radar y buscar las esferas en primer lugar, pero Bulma logra que la culpa se la pasen a Goku, por lo que el y Pan salen a buscar a los dragones y a las esferas para detenerlos. Cada Dragón tiene un elemento, y fueron creados a raiz de los deseos pedidos por todos, y según la fuerza del deceo, es mas fuerte el Dragón: Cuando Goku deseo que el padre de Upa volviera a la vida, cuando revivieron a Goku, cuando Uulong pidió la ropa interior de Bulma, cuando Bulma deseo que todos los acecinados por Vegeta revivieran, el deseo de restaurar la Tierra después de la pelea contra Buu, por ejemplo.
Pan es poseída por uno de los dragones, pero Goku logra salvarla, y mas tarde, el Dragón de la #4 esfera, muere ayudando a Goku, salvándolo del Dragón de la #1 esfera, que obtiene las otras 6 esferas, y las reúne en su pecho. En ese momento, llega Vegeta, como Super Saiyajin nivel 4 (Gracias a Bulma), y se fusiona con Goku, transformándose en Gojita, pero al ser Super Saiyajines de nivel 4, la fusión solo dura 20 minutos, y no logran vencer a Li Shen Lon (Que es como se llama el Dragón de la primera esfera). Entonces, Goku crea una gigantesca Genki Dama con la energía de todos los seres del universo y logra vencer a Li Shen Lon, pero cae desmayado por el esfuerzo.
Entonces, Shen Lon aparece sin ser llamado.
Goku despierta, y le pide a Shen Lon que reviva a todos los que murieron, y Shen Lon acepta, pero Goku tiene que ir con el. Tras despedirse de todos sus amigos (Si vuelve a aparecer Yamcha y Ten Shin Han), Goku sube a la espalda del Dragón, y Shen Lon se eleva en el cielo. Todas las esferas entran en el cuerpo de Goku, y este desaparece.
100 años después, en el torneo Budokai, Pan observa una pelea entre Goku Jr. y Vegeta Jr. (Los tatara algo de los originales), y descubre al verdadero Goku, ya como un adulto, alejándose entre la multitud.
Así termina, después de mas de 10 años de éxito, Dragón Ball.
CHIBI GOKU
Éste es el resultado de que en el primer capítulo de DragonBall GT Pilaf transformase a nuestro héroe en un niño. De esta guisa Goku habrá de recorrer el universo junto con Trunks y su nieta Pan. Parece realmente una fotocopia de SonGoten.
JOVEN TRUNKS
Si bien ya lo conocíamos de antes y ya había tenido protagonismo en anteriores entregas, es en DragonBall GT donde Trunks da definitivamente su salto al estrellato.
PAN
Nieta de Goku -es la hija de Gohan con Vídel-, acompañará a éste y a Trunks a través del universo. Posee una fuerza prodigiosa... lo que no es de extrañar, ya que es nieta del hombre más fuerte del mundo, Mr. Satan.
GILL
Este simpatico robot fue encontrado en el planeta Imegga por Goku y compañia. Tras tragarse el radar del Dragon, Gill se combirtio en el nuevo radar del Dragon capaz de detectar las esferas a distancias planetarias y por lo tanto inprescindible para nuestros amigos en su viaje. Pronto se descubrio que Gill en verdad era un espia del Dr. Myuu, sin embargo su amistad con Pan y una especie de conciencia electronica hicieron que se arrepintiese justo a tiempo para salvar las vidas de sus amigos.
DARK SHEN LON
Se trata de la contrparte del Dragon sagrado, encargado de conceder los deseos cuando las 7 esferas del Dragon son reunidas. Combertir al Siyajin mas poderoso de todos los tiempos en un niño, se ha convertido en la unica y breve aparicion del Shen Lon Negro.
REJJIK
Dentro de la guardia personal de Don Kear, este guerrero era el super-luchador mas poderoso. Pese a estar a las ordenes del tirano del planeta Imegga, Rejjik es un luchador noble y que tan solo decea enfrentarse a seres mas fuertes que el para poder probar su autentica fuerza.
DR. MYUU
Al igual que sus creaciones, finalmente se demostraria que tambien era en parte androide. Antesde ser asesinado por su creacion maestra, Baby, el Dr. Myuu habia tramado un plan maestro para dominar el universo y vengarse definitivamente de la raza Saiyan.
BABY
Aunque su nombre indique lo contrario, lo cierto es que en esta ocacion nos encontramos ante un autentico villano, un personaje tremendamente malvado y que va a poner las cosas muy dificiles a todos los Saiyans por una sencilla razon: en cierta manera se trata de un Tsufur y por lo tanto, su odio hacia la raza Saiyan solo es superado por su maldad. Se trata del mutante definitivo y ha sidi creado por el Dr. Myuu.
VEGETA BABY
El nombre de este personaje responde a la posecion del cuerpo de Vegeta por Baby. Tras enfrentarse a Gohan Baby, el principe de los Saiyan pasa a engrosar la lista de poseciones y se combierte en el enemigo mas feroz e implacable de cuantos Goku haya conocido. Ademas, su fuerza de combate es terrible, superando incluso la de un nivel 3 de Super Saiyan.
