La Cène marque le retour aux idéaux classiques signifiant pour Dali la "quête de la Divine proportion interrompue depuis la Renaissance". Devant, le motif de l'autoportrait réapparaît sous la forme d'un foetus abandonné sur une plage, renvoyant au souvenir que Dali prétendait avoir de sa vie intra-utérine et évoquant le traumatisme de la naissance. Il s'agit d'une référence à Divina Proportionne, un traité dû au mathématicien Luca Pacioli qui affirmait que les principes régissant la composition picturale étaient fondés sur la proportion géométrique et mathématique. Léonard De Vinci a été influencé par les idées de ce mathématicien tel que le témoigne une fresque nommée La Cène, 1497. Dali a donc suivi l'exemple de De Vinci en organisant la composition du tableau autour de plusieurs orthogonales qui rayonnent à partir de la tête du Christ vers les côtés et les coins du tableau.

L'organisation du tableau fait référence à la théorie du "nombre d'Or" énoncée par Euclide et censée être esthétiquement supérieure à toutes les autres. Ainsi, lorsqu'une ligne droite est divisée en deux segments, le rapport du plus petit au plus grand doit être identique à celui du plus grand au tout. Dans ce tableau de Dali, la ligne droite de la table divise le tableau de cette façon. La partie inférieure du tableau est subdivisée selon le nombre d'or par le bord inférieur de la nappe.