En 1918 los azeries del Mussavat proclamaron en Najichevan la República de Araks (Araxes) pero los armenios ocuparon el país. Su bandera fue simplemente la del partido Musavat.
En Julio de 1920 estalló la guerra entre Azerbaijan, donde los comunistas habían tomado el poder (apoyada por la Rusia Sovietica) y Armenia. En Septiembre Najichevan, que estaba en poder de Armenia, fue evacuada. El 2 de Diciembre de 1920 el Tratado de Gumru o Alexandropol cedia Nakhichevan a Azerbaijan. En 1921 Nakhichevan se constituyo en región autonoma como parte de Azerbaijan, utilizando la bandera del partido Humet.
Desde 1922 formo parte de la Republica federal Sovietica de Transcaucasia a la que pertenecia Azerbaijan, y en Diciembre de 1922 de la nueva Republica Socialista Sovietica de Transcaucasia que ingresó como una de las constituyentes en la Unión Sovietica, pero siempre dependiendo de Azerbaijan. El 9 de Febrero de 1924 fue constituida en Republica autonoma, pero no queda constancia de que usara bandera alguna. La primera bandera fue adoptada en 1937, incluye las iniciales de Azerbaijan y el nombre de la República en azerí y armenio.
En 1940 (o quizás en 1941) el escrito paso a ser con caracteres cirilicos, y al parecer el nombre en armenio desapareció.
Diseño adoptado en 1956:
Diseño en uso desde 1978:
La República autónoma de Najichevan se proclamó independiente en 1989, aunque a las pocas semanas el Soviet local revisó la decisión, y se reintegró a la URSS siguiendo en ella los pasos de Azerbaijan. La independencia de 1989 no supuso ningún cambio de bandera si bien en las manifestaciones de estos años fue frecuentemente usada una bandera que era una variante de Azerbaijan y que ha venido en considerarse la bandera (no oficial) de la Republica.
La región de Lenkoran esta habitada por los Talish. Hacia 1990 en las manifestaciones se usó una bandera basada en los colores del antiguo escudo zarista
En Junio de 1993 se proclamo la Republica Talysh, pero poco después Azerbaijan recupero el control de la Republica. Jens Patke informa de una bandera vista en TV que debe corresponder a la bandera de la República.
Bandera probablemente usada como regional por las autoridades o manifestantes de la region de Noukha, hacia 1990.
Nagorno Karabagh se independizó con Armenia en 1918, y uso su bandera nacional. Cedida en Septiembre de 1920 a Azerbaijan, la población y fuerzas militares se negaron a someterse y proclamaron la Republica Autonomia de Syunik. Tras el Tratado de Gumru (2 de Diciembre de 1920) por el cual Armenia cedia formalmente el territorio a la Republica Sovietica de Azerbaijan, y la toma del poder por los comunistas en Armenia, Syunik se proclamo Republica independiente con el nombre de Republica de la Armenia Montañosa. Continuó usando la misma bandera hasta 1922 cuando fue ocupado por el ejercito rojo. Convertida en region autonoma de Azerbaijan, no tuvo derecho a bandera.
En 1988 el territorio autónomo de Nagorno-Karabagh (Arktash para los armenios), inició una revuelta destinada a separarse del Azerbaijan y unirse a Armenia. Se creo el Comite Karabagh fundada por el armenio Petrosian (nacido en Alepo, Siria) cuya rama armada fue el Ejercito Popular. La primera bandera adoptada por el Soviet local era roja con el escudo del territorio en el centro.
Pero generalmente se utilizó la bandera nacional armenia
Y una variante utilizada probablemente por el Comite Karabagh.
Los diputados y partidos azeries no tardaron en reaccionar. La bandera adoptada por Nagorno Karabagh como dependencia de Azerbaijan, es una variante de la bandera Azerí. Los colores corresponden al antiguo partido federalista lo que indicaría la voluntad de un testauto federal para la región, de población mayoritariamente armenia.
Victoriosos los armenios del Alto Karabagh sobre las fuerzas azeries en 1991, se proclamó la independencia completa el 31 de Diciembre del mismo año y se diseñó una bandera propia para el territorio, que simbolizará al mismo tiempo los deseos de unión a la madre patria pero que marcará claramente que, jurídicamente, Nagorno Karabagh no formaba aun parte de la República de Armenia, ni, desde luego, de Azerbaijan. La nueva bandera fue adoptada el 19 de Enero de 1992. (publicado el 2 de Junio de 1992)
En 1992 los azeríes de los alrededores del Lago Sevan se rebelaron y proclamaron en Marzo un Estado independiente. La bandera usaba los colores de Azerbaijan, y además el negro (suponemos que para simbolizar la dominación armenia) y contenía la media luna (símbolo musulman) y un lobo (simbolo tradicional de los pueblos de origen turco). La población azeri fue expulsada hacia Azerbaijan por los armenios, igual que los armenos de Azerbaijan habían sido expulsados de Azerbaijan.
Ratio 1:2
La organización separatista lesguia SADVAL actuó en 1996. En Marzo de 1997 algunos de sus miembros fueron condenados a varios años de carcel. El Savdal propugna una bandera nacional para el Lezgistan que comprenderia el Norte de Azerbaijan (de población lesguia) y el Sur de Dagestan de mayoria lesguia.
