La primera promesa de la Junta de comandantes que asumió el poder el día 11 de septiembre fue, en palabras del general Gustavo Leigh, jefe de la Fuerza Aérea, "que el marxismo será extirpado hasta las últimas consecuencias". En ese momento, a las 9 de la noche del día 11 de septiembre, Santiago permanecía bajo un aterrador toque de queda; una desesperada resistencia continuaba aún en algunas fábricas y barriadas del cinturón industrial de la capital. El Estadio Nacional y otros campos deportivos se habían transformado en improvisados campos de concentración donde se demostraba en qué consistían las "últimas consecuencias" del general Leigh.
Unas 125.000 personas pasaron en los tres meses siguientes al golpe militar por el Estadio Nacional, el Estadio Chile y diversos centros del Ejército, la Marina o la Fuerza Aérea convertidos en campos de tortura. El número de muertos en esos primeros meses del terror llegó, según estimaciones moderadas, a unos 15.000 y desaparecieron entonces y en la represión que siguió después unas 1.500 personas. Es decir, el 1,25 por ciento delos chilenos conocieron de primera mano la represión del nuevo régimen.
En los meses siguientes al golpe militar, el general Pinochet, transformado ya en el hombre fuerte de la dictadura, organizó con ayuda norteamericana y la asesoría del criminal nazi Walter Rauch una versión criolla de la GESTAPO, la DINA, llamada años después CNI e integrada inicialmente por militantes de Patria y Libertad preparados por la policía brasileña. La DINA o CNI, controlada directamente por el general Pinochet, consolidó un régimen de terror que paralizó durante años a la sociedad civil y a los propios mandos del Ejército, severamente vigilados por el celoso jefe de Estado del régimen.
Los métodos de la DINA, conocidos en diversos informes de organismos defensores de los Derechos Humanos, repitieron las tácticas de la GESTAPO. Miles de personas fueron secuestradas y conducidas a casas habilitadas como centros secretos de tortura. Muchos de ellos desaparecieron y otros fueron conducidos a campos de concentración situados en puntos remotos del país. Isla Dawson, Chacabuco y Tejas Verdes fueron algunos de estos centros de los primeros días. Después prevalecieron las "casas clandestinas" como Villa Grimaldi, donde se practicó la represión y el tormento selectivo a quienes se mantenían en el país organizando alguna resistencia al nuevo régimen.
La dictadura de Pinochet ha significado para Chile el éxodo de cerca de un millón de personas; es decir, el diez por ciento de la población en un país de diez millones de personas.