Bibidi al ver lo sucedido pensó que con Boo siendo  mas poderoso, todas las galaxias se rendirían a sus pies. Pero ahora Boo ya no era un cien por ciento maldad, por lo tanto su poder había disminuído. Aprovechando esto el Kaio Shin  sobreviviente (del este) que quedaba se ocultó, esperó que el hechizero encerrara a Boo en el huevo  para luego entrar y matar a Bibidi.
El hijo de Bibidi, de nombre Babidi,  al ver esto ocultó el huevo enviandolo a la Tierra. Millones de  años despues Babidi viajó a la Tierra junto a Darbura y otros extraterrestres con el fin de liberar a Boo, teniendo el mismo objetivo que su padre. En la Tierra siete años habían pasado, despues del último enfrentamiento contra de Cell. Como Boo estaba encerrado en una gran esfera, para liberarlo necesitaba de una gran energía. Babidi enterado de que se realizaría un Torneo de Artes Marciales, aprovechó la ocasión para poder robar energía a los luchadores mas poderosos. Para poder impedir esto, viajó a la Tierra el Kaio Shin del este (el único sobreviviente) y Kibito. Ellos se encargan de avisar  del peligro a Goku, Vegeta y Gohan quienes  parten al escondite de Babidi y de Boo antes que salga del huevo.

Mientras en el 25°Torneo, participarían todos los guerreros Z además de nuevos guerreros, estos serían Kaioh Shin, Kibit, Darbura, Babidi. El objetivo del mago era Gohan,  de quien tenía ya antecedentes, para esto Babidi poseé a Yamu y  Spopobitch con la intención que ambos entren al torneo y combatan con Gohan para robarle energía. Cada vez que alguno quedaba poseído por el mago, en la frente le aparecía una gran "M".
Krilin gana la primera pelea y  Piccolo pierde contra Kaio-Shin. Supopobitchi derrota a Videl y  Gohan cambia a SSJ2 gracias a Kibit y Kaio-Shin, y su energía es absorbida por Yamuu y Supopobitchi para inyectarsela al huevo donde se encontraba  Majin Boo, para poder ir despertando de apoco al demonio.
Kaio- Shin cae derrotado y pide ayuda a Goku a pesar de la queja de Vegeta y Goku decide ayudar a Kaiou Shin. Yamuu y Supopobitchi vuelan lejos, con la intención de llevar la enrgía acumulada, Kaio-shin los sigue sin que ellos se enteren, para descubrir el escondite. Goku, Vegeta, Piccolo, y Krilin siguen a Kaio-shin. Mientras Kibit reestablece el Ki de Gohan.
 Babidi y Darbura son presentados y Darbura mata a Kibit y convierte a Piccolo y a Krilin en piedra. Mr. Satán sugiere que los participantes peleen en el escenario todos a la vez, y el que quede se convierta en el nuevo campeón. Vegeta y Goku derrotan a los oponentes que Babidi les da y  N°18 se deshace de Jewel (un participante) mientras "Mighty Mask" se deshace de Killer. N°18 hace que descalifiquen a Goten y Trunks tras descubrirse el engaño de  Mighty Mask, luego hace un trato con Mr. Satán para simular derrota ante él a cambio de 20 millones de zenis.

Gohan pelea contra Darbura, pero parece no poder derrotarlo. Vegeta se impacienta, y su energía es usada por Babidi para su plan maestro, como este es conocedor de la rivalidad de Vegeta hacia Goku, le proporciona mayor cantidad de energía para que Vegeta pueda enfrentar a Goku y así ambos puedan liberar mayor cantidad de energía para ser utilizada por el malvado mago Babidi.
Mientras Videl le informa a Trunks y a Goten del mal que se avecina tras notar que algo esta pasando.  En el Torneo, Vegeta es poseído por Babidi y logra convertirse en SSJ2 y mata una sección del público del Budokai para que Goku se enfade y  pelee contra él. Goku y Vegeta pelean, y de la energía de las heridas de Goku, aparte de la energía de Gohan, ayudan a liberar a Majin Boo. Tras ser liberado aparece un ser de carácter  infantil el cual no coincide con lo esperado. Babidi intenta controlar al poderoso e impredecible Boo, amenazándole con encerrarle en el huevo si no le obedece.  Darbura al ver esto  va a enfrentar a el Gordo Boo ya que sabe que éste no obedecerá las órdenes de Babidi, pero es derrotado fácilmente. Boo haciendo caso de las órdenes de Babidi  ataca a Gohan y Kaio Shin y los deja casi muertos. Darbura recuperado enfrenta nuevamente a Boo, pero los golpes no le hacen nada ya que su cuerpo es  como una gran goma. Boo lanza un rayo de  la parte superior de su cabeza y convierte a Darbura en galleta y se lo come. Al morir Darbura, los convertidos en piedra recuperan su forma original.

Mientras Kaio Shin transporta a todos los guerreros Z a un lugar seguro para protegerlos de Boo. Goku y Vegeta entrenan juntos para poder combatir a Boo, seguido de esto se disponen a combatirlo pero Vegeta golpea traicioneramente a Goku por la espalda y se dirije a pelear contra Boo, lo siguen Trunks y Goten. En la pelea contra el gordo Boo, Vegeta aparece justo a tiempo cuando Boo se disponía a  convertir a Kaio Shin en comida y ataca a Boo tomando la delantera y parece derrotarlo y le pide a Piccolo que se lleve a Trunks y Goten de ahi y concentra todo su poder para poder derrotar a Boo. Vegeta genera un poderoso rayo de energía y se la lanza a Boo, generando una gran explosión, los restos de Boo caen al suelo y cuando pensaban que ya estaba todo terminado, Boo se regenera nuevamente, sin tener el menor rasguño, tras ese ataque Vegeta muere sacrificandose inútilmente. Mientras Goku ya no puede quedarse mas tiempo y  debe  volver al otro mundo.
Babidi se presenta  con Boo ante el resto del mundo  y llama a Goten, Trunks y Piccolo, y les demuestra los poderes de Boo, haciendo que  convierta a toda la gente en un pueblo en dulces, comiéndolos, y arrasando con la ciudad.
Trunks y Goten que se encontraban junto con Piccolo, deciden aprender  la técnica de fusión enseñada por Goku antes de irse y que había aprendido en el planeta Metamoru (no es la misma fusion de los pendientes potara). Babidi descubre donde vive Trunks, y decide destruir el lugar si Trunks no se aparece ante él. Goku manda a Trunks a traer el Radar del Dragón mientras intenta detener a Babidi y a Boo. Goku pelea contra Boo como Super Saiyajin3, y se transporta mentalmente de vuelta en cuanto percibeel ki de Trunks volviendo a la torre. Boo arto  de Babidi lo mata y luego crea el caos en la Tierra y se crea su propia casa con la gente que convirtió en barro.

Bulma y Yamcha conjuran a Shen Lon y piden que todos quienes murieron ese día a excepción de los malos resuciten. Goku trata de detener a Yamcha y Bulma de pedir el deseo pero es muy tarde. El resucitado Kibit encuentra a Kaio-Shin y restaura su poder. Kaio Shin decide  trasladar a Gohan  a su planeta y da nuevas ropas para que entrene y pueda liberar a Ro Kaio Shin  que había quedado confinado en la "Espada Z"  por un extraño enemigo hace millones de años. Goku se da cuenta que Gohan aun vive al percibir su ki y se tele - transporta hacia él. Seguido del entrenamiento Gohan logra liberar a Ro Kaio Shin de la espada Z y éste aumenta el poder de Gohan con un ritual a cambio de ciertos favores de Bulma ya que es un  "viejo verde" al  igual que el maestro Roshi, pero obviamente Bulma jamás accedió a nada. Después de que Goku hace un trato con el, empieza el procedimiento para mejorar el poder de Gohan (el baile del ritual tarda 5 horas, y la mejora en si otras 20). Ro Kaio Shin enseña la fusión através de los pendientes potara a Goku.

 En la Tierra, los caza-recompensas tras ir en busca del monstruo Boo hieren a  Bee, la mascota de Mr. Zatán que se encontraba merodeando por los alrededores. Boo al ver la mascota herida se enternece y la toma y sana sus heridas. Mr. Zatán aprovecha la situación para acercarse a Boo y planea  matar al monstruo  para asi seguir conservando el puesto de "super héroe". Primero le obsequia unos bombones envenenados los cuales no le hacen el mas mínimo mal al gordo Boo, con esto ya entablan amistad, despues llega con una "game poy" con una bomba en su interior, pero la explosión no le ocasionó el mas mínimo mal a Boo. Mr. Zatán al ver esto quedó muerto de miedo y decide hacerse una especie de mayordomo de Boo. En cierta forma fue buena la acción de Mr. Zatán ya que al estar al servicio de Boo, le enseña lo bueno y malo,  Boo le promete no matar mas. Pero la suerte de Mr. Zatán cambiaría ya que en su corta estancia en la casa de Boo, sería herido junto a su mascota Bee  por un grupo de franco-tiradores o  caza recompensas,  y su mascota Bee es muerta.
   Boo al ver esto  sana las heridas de Mr. Zatán y Bee  le dice que corra, y empieza a emitir humo de su cuerpo. De esta gran furia Boo expulsa de su cuerpo a un delgado y esqueletico Buu de color cafeciento, el cual dormía en su interior. El delgado y enojado Buu mata al hombre y luego pelea contra el gordo Buu  y lo  convierte en chocolate y se lo come, volviéndose muy musculoso y ahora más malvado, pero siempre con el tono rosado original de Boo.
Boo se da cuenta de la presencia de Mr. Satan, y cuando estaba a punto de matarlo se da cuenta que era Mr. Satan  y le perdona la via (lo cual indica que Buu todavía tiene memorias del Buu gordo) y  vuela hacia el templo de Kami-sama, y pide pelear contra el mejor peleador que Goku prometio.

En un esfuerzo para ganar más tiempo, Piccolo le oespere una hora antes de pelear contra el peleador prometido y pone un reloj de arena, Boo camina impaciente alrededor del templo flotante y luego dispara múltiples cargas de Ki, matando a todos en la Tierra excepto por la gente en el templo, Mr. Satan,  el cachorro Bee, Tenshinhan y Chaozu que esquivaron el ataque justo a tiempo. Milk con su particular forma de ser,  regaña a Boo  por matar a Gohan, pero este no esta dispuesto a soportarla y es convertida en un huevo y  pisada. Goten y Trunks entran al Cuarto del Espíritu y del Tiempo para entrenar más y perfeccionar la fusion  "Gotenks". Buu se impacienta después de esperar casi media hora, así que Piccolo lo guía lentamente por las cuatro esquinas antes de ir al Cuarto del Espíritu y del Tiempo, así  si Gotenks perdía Piccolo podría destruir la salida, y Boo seria atrapado.

Finalmente se realiza la perfecta fusión Gotenks la cual nos muestra a un guerero muy ingreído el cual pelea contra Boo con una serie de ataques diferentes, pareciera estar ganando y  Piccolo aprovecha la situación y destruye la salida cuando Gotenks decide convertirse en SSJ3.  Boo se escapa de la dimensión en la cual el Cuarto del Espíritu y el Tiempo esta. El agujero que Boo creó desaparece. Mr. Popo avienta a Dende del templo y  Boo convierte a todos en chocolate y luego los come. Al cambiar a nivel 3 Gotenks es el guerrero mas poderoso del universo por algunos minutos y crea otro agujero, para que escape Piccolo y los demás. Justo cuando Gotenks estaba a punto de arrasar con Boo, cambia a Saiyajin normal, ya que  el problema de cambiar de SSJ a SSJ3, es que la fusión en vez de durar media hora solo dura cinco minutos, terminando finalmente derrotado por Boo y siendo absorvido a la vez por el monstruo. Con esto Boo se convierte en Super Boo volviendose mucho mas poderoso que antes.

Vegeta vuelve de entre los muertos de la mano de Uranai Obaba para fusionarse con Goku y el viejo Ro Kaiou-Shin da su vida para que Goku vuelva a vivir y le enseña la fusión del arete. De principio la fusión tenía que realizarse con Gohan pero Goku pero el destino y la absorción de Gohan por parte de Boo hizo que no se fusionaran, realizando la fusión entre Vegeta y Goku.  En principio a Vegeta no le hizo ninguna gracia fusionarse con Goku, ya que era su eterno rival, pero al final accede, Una vez de acuerdo los dos Saiyajins  se colocan los pendientes y surje el guerrero definitivo Vegito. (Vegeta + Kakarotto) Al tratarse de una fusión el carácter es compartido al igual que las técnicas, por lo tanto este guerrero tiene la seguridad en combate de Goku conbinada con la arrogancia y desprecio de Vegeta ante el  enemigo.
Buu intenta absorber a Vegetto, y es convertido en un caramelo pero aun así el poder de Vegetto permanece insuperable.  Boo ataca una y otra vez a Vegetto pero este siempre esquiva sus ataques y la contraresta con ataques mucho mas poderoso, al nivel de humillar a Boo.  Luego Vegetto se protege con  un pequeño campo de fuerza, y deja que el monstruo le absorva para introducirse en su interior, una vez dentro Goku y Vegeta  eliminan el campo de energía. Vegeta destruye su arete y se separa de  Goku y rescatan a Piccolo, Gohan, Trunks, y a Goten del interior del cuerpo de Boo. Vegeta separa a Boo gordo de Majin Buu, pero no logra sacarlo y escapa del cuerpo de monstruo junto con Goku,  Piccolo, Gohan, Trunks, y Goten. Todo esto formaba parte de un plan que Vegeta había ideado del comienzo de la fusión.