受到索龍戰役的鼓舞，帝國軍閥再度奪回科羅森，並嘗試建立一個政府組織，但是各方意見並不一致。由於缺乏穩定集中的政府，銀河許多組織開始與銀河分離。一些關鍵星系再度傾向帝國。
瑪拉•翠玉從卡爾德手中借來一架以從未在市場出現的印康Alpha-52原型改造的伯勞鳥號﹝Shrike﹞，前往Altyr 5接受凱•卡特恩的訓練。在一次帝國攻擊後，凱潛入帝國小行星基地並發現一個位於Drommond Kaas古老西斯聖殿的資料，於是逕自前往探索，瑪拉則出發幫新共和執行一些任務，後來到Kaas尋找凱卻發現他被黑暗原力誘惑。瑪拉最後將凱拉回光明。凱因為害怕自己再度墮入黑暗，因此放棄光劍與對原力的連結，繼續為新共和擔任傭兵。
路克落在銀河中央的比斯﹝Byss﹞發現已經重生的白卜庭，並學得更強大的黑暗原力﹝原力風暴﹞，而白卜庭揭露一種新的武器─滅世者﹝World Devastators﹞，路克為了破壞帝國而同意墮入黑暗。滅世者用在克萊梅利星上，是為克萊梅利戰役，而路克以錯誤的訊號使滅世者相互摧毀。韓和莉亞前往比斯後，已是絕地武士並懷有第三胎的莉亞從白卜庭口中得知一個記載絕地武士訓練的古全像紀錄器，皇帝想藉此訓練莉亞的孩子，但莉亞奪走紀錄器後逃到Da Soocha衛星的Pinnacle基地，而白卜庭乘坐他的日蝕號﹝Eclipse﹞滅星者並抓著路克前來。莉亞把路克拉離黑暗面並結合彼此原力對抗白卜庭，毀掉日蝕號與這位複製人。路克研讀從白卜庭手中取得的全像紀錄器。白卜庭使用另一個複製人軀體後開始訓練一批黑暗絕地，以及新的日蝕二號戰艦和銀河之槍﹝Galaxy Gun﹞打算進攻銀河。新共和派軍直攻比斯。
莉亞的三子安納金•蘇洛誕生。
皇帝的其他複製人都因為黑暗原力造成基因腐化，因此白卜庭極欲奪取莉亞孩子的基因來使自己再生。韓終於在昂德朗殺死白卜庭，而將死的Empatojayos Brand取得白卜庭的幽魂到自己身上，讓他無法繼續使用別的身體。日蝕二號被控制而撞擊銀河之槍，導致比斯與也跟著被整個毀滅。
路克、莉亞和Kam Solusar計劃重新建立絕地武士階級。傑森與婕納回到科羅森，三子安納金到Anoth躲藏。新共和收復科羅森。蒙•莫斯瑪成為元首，莉亞選上大臣﹝僅次於元首﹞。
魏奇再次重組俠盜中隊，並以露珊奇亞號作為俠盜中隊的基地。
韓和邱巴卡前往凱索﹝Kessel﹞執行外交任務時遭到該地領導人Doole攻擊，並在有原力能力的凱普•杜隆﹝Kyp Durron﹞幫助下從附近的黑洞群Maw逃出，結果被長久以來守衛Maw設施的妲拉﹝Daala，塔金的情人﹞上將艦隊俘虜，妲拉因知曉塔金的死以及帝國衰亡而決定以新研發的星系毀滅者﹝Sun Crusher﹞攻擊新共和。路克和藍道率軍救援但被Doole擊退。一位研發過多個死星和滅世者的科學家Qwi Xux知曉實情後幫三人逃出，他們以星系毀滅者抵擋妲拉的艦隊。
路克獲得蒙•莫斯瑪同意在亞汶四號星建立絕地學院。凱普、瑪拉和凱都成為學院創始十二位學徒之一。
Carida大使Furgan使蒙•莫斯瑪感染微分子毒而重病，故莫斯瑪將領導位置交給莉亞。Furgan同時控制亞克博身邊的技師Terpfen，藉此發現莉亞三子秘密 躲藏的Anoth，打算攻擊此地俘虜安納金。妲拉率艦隊攻擊克萊梅利，亞克博接掌地面防禦，並發現對方的戰術根基於塔金，因此摧毀妲拉一艘滅星者。妲拉在韓的新共和艦隊支援抵達時撤退了。魏奇與藍道率艦隊前往奪取Maw設施。
凱普被亞汶艾克薩•亢遺留的黑暗原力影響而墮落，加上對帝國的仇恨使他墮入黑暗並自稱黑暗大君。他藉艾克薩•亢的幫助幾乎殺死路克，還以星系毀滅者破壞妲拉攻擊科羅森的計畫，且炸掉了Carida。莉亞救出三子，Furgan被Terpfen反叛殺死。絕地們殺死Kun的靈魂後讓凱普重返光明，路克宣佈凱普成為絕地武士，並要求他把星系毀滅者飛到黑洞中將之摧毀。Maw科學家Tol Sivron以一個原型死星攻擊凱索但未命中。眾人來到Maw加入魏奇與妲拉的交戰，妲拉偷走了所有超級武器的資料，而凱普以星系毀滅者將原型死星一起吸進黑洞中並逃了出來。
蒙•莫斯瑪原本無法治癒的病在絕地Cilghal的治癒下康復了，但她拒絕恢復總統的職位，不過依舊是非官方的情報領導人。
路克發現了一個久遠的避難星球Belsavis，並和兩位徒弟來到一艘名為白卜庭之眼﹝Eye of Palpatine﹞的巨型艦隻，這艘船有著失常的人工智慧「主宰」﹝The Will﹞，設定前往Belsavis毀滅舊共和絕地在當地留下的後代。路克並發現數十年前有位絕地試圖阻止這艘船，當「主宰」追殺路克時一個奇異的力量阻止了這個電腦─而路克發現多年前的那位女絕地卡莉絲塔﹝Callista﹞為了癱瘓這艘船而犧牲生命，結果意志融入了電腦中。她告訴路克這艘船會被原力使用者再度啟動。路克同時發現卡莉絲塔的特質深深吸引著他。卡莉絲塔最後炸毀這艘船，並將靈魂轉到路克徒弟Cray Mingla身上，兩人皆逃出了。
妲拉前往帝國軍閥盤據的銀河核心，屠殺了原本包括Teradoc、Harrsk、Delvarus在內的數十位軍閥，接手龐大的艦隊後與副上將裴列恩結盟。妲拉以超級滅星者武士之槌號﹝Knight Hammer﹞作為旗艦，首要攻擊目標即是亞汶。裴列恩曾先到亞汶發動攻擊，艦隊卻被絕地武士以原力推開。
塔圖音的赫特族Durga從科羅森偷取死星的設計，並在霍斯小行星開採原料，強迫Bevel Lemelisk幫他建造一種經過大幅簡化的死星─暗劍﹝Darksaber﹞，坐落於霍斯小行星帶中。新共和在得知妲拉與暗劍的消息後亞克博派艦隊試圖阻止之。馬丁將軍率突擊隊滲透暗劍但被發現，全部被殺。Durga試圖以新共和艦隊測試暗劍威力，不過卻失去控制撞毀在小行星上。Lemelisk以逃生艙逃出並被新共和監禁。
路克試圖恢復卡莉絲塔的原力，但她只能使用黑暗面原力。卡莉絲塔發現她與路克顯然無法有什麼結果，於是獨自偷取妲拉的鈦轟炸機對抗武士之槌號。雖然妲拉擊敗了卡莉絲塔，但是座艦遭到摧毀迫使妲拉以逃生艙逃出，由裴列恩救起。路克得知卡莉絲塔決定離開的消息。
妲拉決定將帝國的領導權交給裴列恩，並升裴列恩為上將與帝國艦隊最高指揮官。妲拉後來成為Pedducis Chorios星上一個由前帝國軍官組成的獨立仲裁者公司﹝Independent Company of Settlers﹞總裁。
帝國在妲拉與裴列恩的努力下更為團結穩定，雖然勢力不如往年，裴列恩往中遠星域奪取資源和領地，並以旗艦超級滅星者收穫者號﹝Reaper﹞領導在Orinda擊潰安提力斯以露珊奇亞號率領的艦隊。
新共和派俠盜中隊往一個位於未知星域，長久與銀河分離且崇尚飛行員的星球亞杜馬﹝Adumar﹞出外交任務，在歷經許多衝突後終於獲得該星球加入。
路克繼續尋找卡莉絲塔的下落。
一名不滿的絕地學院的學徒迪桑﹝Desann﹞墮入黑暗面並殺害另一名學徒。
莉亞的三個孩子被綁架到一個位於黑洞旁，緩慢水晶化並阻隔原力的白矮星Munto Codru上，而莉亞發現她無法用原力感應到他們的存在。莉亞的孩子是被前帝國審判檢察官Hethrir綁架，他的帝國重生運動以黑暗面訓練一些年輕人。路克也一度陷入危機，不過最後和莉亞兩個孩子都成功逃出。
迪桑利用Artus主星採礦殖民地發現的Artusian水晶和礦工試圖製造人工重生絕地，蒙•莫斯瑪派凱•卡特恩與老搭檔珍•歐斯﹝Jan Ors﹞前去調查廢棄的Kejim星帝國基地，並在Artus遭遇迪桑與他的女徒弟Tavion，擊敗凱並讓凱以為他們殺死了珍。凱在憤怒之餘決定回到絕地之谷重拾原力﹝迪桑卻即因此找到該地位置﹞，並到絕地學院不顧憤怒的警告向路克要回光劍。凱爾破壞了準備進攻亞汶的末日巨獸號﹝Doomgiver﹞，並在亞汶上殺死迪桑，並發現自己不再畏懼黑暗面。進攻的帝國軍被擊退。
一名具有原力能力的帝國間諜Brakiss加入絕地學院，路克發現後試圖將他轉入光明面，結果Brakiss離開了亞汶。
一名絕地學徒Dolph因為父母被害死而憤而改名庫勒﹝Kuellar﹞。
妲拉再度重回殘餘的帝國，努力統合艦隊以達到能反擊新共和的程度。
Bevel Lemelisk因為其罪行被新共和處決。
新共和邁入第一千天的平靜時期，而路克思考要離開絕地學院而退隱，但在一艘破爛的滅星者上傳來帝國整個黑色艦隊﹝Black Fleet﹞無端失蹤的消息，這些船落入夜文森﹝Yevetha﹞手中，雖然亞克博派出第五艦隊靠近調查，但是Duskhan聯盟領導人Spaar參議員以手段宣稱「維德之女」試圖建立第二帝國並宣戰，引發新共和動盪。蘇洛率艦前往時曾遭俘虜。第五艦隊一度被夜文森擊潰，不過帝國俘虜奪回了黑色艦隊與黑劍指揮部。共和擊敗了Duskhan聯盟。
幾名前帝國代表進入參議院，但是參議院大廳被人炸燬，導致一些老議員死亡。路克認為Brakiss是幕後主使，於是前往調查，不過包括他的座機在內的改良型X翼戰機都被發現放置帝國式樣的炸彈，路克因此重傷落於Telti，而庫勒以他的影像要求新共和統治權。庫勒在許多機器人中放置炸彈作為恐怖攻擊。韓被捲入破壞參議院的嫌疑，連帶莉亞的地位遭到質疑。莉亞將職位交給蒙•莫斯瑪後率艦隊到Telti尋找路克，而韓請瑪拉與卡爾德帶伊薩拉密蜥來阻止與路克交手而強大的庫勒。庫勒遭到射殺。莉亞恢復了總統的職位。
銀河核心的帝國軍閥與裴列恩的武力試圖再次奪回原有的領地，而新共和繼續削減他們的實力。妲拉在一連串的戰鬥中戰敗而逃離，下落不明。
Roganda的兒子Irek Ismaren被一名黑暗絕地殺死後，精神錯亂的Roganda打算將兒子的遺骸改造成為下一個皇帝。
韓的堂兄薩瑞肯•薩─蘇洛﹝Thrackan Sal-Solo﹞以「人類聯盟」﹝Human League﹞領導者身分控制科瑞利安星系，並將路過旅遊的蘇洛一家困在當地，以中端站﹝Centerpoint Station﹞佈下重力井和阻絕通訊，意圖脫離新共和。擁有抵抗重力井的超波慣性動量維持器﹝hyperwave inertial momentum sustainer， HIMS﹞的巴庫拉艦隊和共和艦隊合力擊敗幕後主始Sacorrian聯盟的艦隊與中端站，科瑞利安順利光復。薩─蘇洛被監禁。
演員浮林﹝Flim﹞在星區首長狄斯拉﹝Disra﹞的要求下，歷經兩年將自己改造成索龍元帥的形象。
莉亞因為不滿參議院而時常缺席﹝因為多次危機而被質疑領導能力﹞，因此總統職權改由參議員加福里森﹝Gavrisom﹞出任。
裴列恩在察覺帝國已經日落西山、無力與新共和繼續抗衡後，在星區首長狄斯拉家中召集所有八個星區首長，提議對新共和提出投降。眾人都勉強同意─但狄斯拉和前任皇家衛兵Gordin Tierce上校私下有著計劃。莉亞和孩子們到衛蘭旅遊時發現了一張記載著「索龍之手」﹝The Hand of Thrawn﹞的資料卡，同時路克發現複製人的蹤影。狄斯拉找到當年衛蘭的皇帝儲藏庫存放的波森人對於卡瑪斯﹝Caamas﹞大屠殺事件的真相﹝波森人造成卡瑪斯的毀滅﹞，並計劃將之散佈到銀河中造成共 和的分裂，同時打算以浮林假扮的索龍團結帝國並啟用索龍的秘密複製設施。狄斯拉並在裴列恩搭乘裝有匿蹤裝置的噴火獸號來到波森魏﹝Bothawui﹞與加姆•埃伯力斯以投降事宜會面時， 要海盜偽裝成科瑞利安武力攻擊他，不過裴列恩擊退了來襲者。裴列恩稍後準備前往小雅加﹝Yaga Minor﹞打算取得證實波森人的確必須對卡瑪斯大屠殺負責的文件，此時銀河因為波森人事件而四分五裂、動盪不安。莉亞與裴列恩會面，後者提議以卡瑪斯文件作為保留帝國存在的交換 。卡爾德前往遙遠地區尋找自己的前任領導人，結果拿到可證實索龍騙局的證據。
瑪拉和路克前往索龍之手基地，發現幾乎完成的索龍複製人，並摧毀該處的設備，彼此許下終生。新共和取得卡瑪斯文件後終於結束危機，和帝國簽訂和平條約。卡爾德在此危機中的幫忙讓他成為聯合銀河情報網的領導人。路克將絕地學院改制為絕地潛能訓練學校，並允許一對一的 師傅─學徒資格。他們並在當地找到一份真的卡瑪斯文件。
路克根據最近發現關於舊共和時代的資料，學得過去關於絕地的知識，並希望將絕地學院遷移到科羅森。他並從這個資料得知關於生父與生母艾米達拉、機器人C-3PO與R2-D2以及歐比旺的來源與身分。
即使有星區首長Derran Takkar為帝國復仇的紛擾，路克和瑪拉還是順利在亞克博見證下結為夫妻。
新共和將武力轉到對付海盜上。魏奇亦於和平條約簽訂後退休。防禦者級滅星者的產量減少。
莉亞再次參選總統。
安那金•蘇洛在絕地學院受訓。
一位奇斯人Aristocra Formbi﹝位於外星域﹞透過Voss Parck上將通知路克和瑪拉關於當年延外勢力計劃的倖存者，並在Crustai等待他們─奇斯人對於索龍當年摧毀延外勢力計劃的作為感到羞恥，因此希望對絕地補償，而路克認為這是外交的大好機會，以及填補白卜庭在這段歷史留下的空缺。後來眾人在那六艘半埋、以眾多管線連接的無畏級戰艦旁解決Vagaari與奇斯的戰爭。挖掘絕地資料的工作展開。
傑森與婕納在絕地學院受訓。
路克收傑森與安那金為學徒，而婕納成為瑪拉的學徒。婕納發現自己駕駛戰機的天賦。
莉亞退下總統職位，但是接任的是佛列亞，因此讓許多重要人物如亞克博決定退休。
