Άλλωστε, είναι γνωστό ότι ουδέποτε η Ελληνική Σκέψη δέχτηκε «έξωθεν και εκ του μηδενός» Δημιουργό του Κόσμου. Η δημιουργία του Κόσμου έτσι όπως δίνεται από τη Γένεση των Ιουδαίων, δεν μπορεί να γίνει κατανοητή από τον Έλληνα Άνθρωπο. Τα ενδιάμεσα επίπεδα μεταξύ Υπέρτατου Θεού και ανθρώπων ικανοποιούν τη φύση του στο να μη βλέπει αποξενωμένο το Θείο από το ανθρώπινο. Αυτή η κλιμακούμενη διάταξη των Θεών, αυτή η διαβαθμισμένη ιεραρχία των Θείων, με μια πλήρωση από πάνω προς τα κάτω και όχι δια υποβολής, αποτέλεσε το πρότυπο του Πλήθωνος για το δικό του Πάνθεον.  

Το βασικό πρόβλημα που αντιμετώπιζε ο Γεμιστός στην υπέρβαση του κοινωνικού κατεστημένου, ήταν πρώτα απ’ όλα το ξεπέρασμα της βυζαντινής παράδοσης που ήθελε τον αυτοκράτορα ως τάχα δικαίως αυταρχικό όργανο μιας θείας πολιτικής. Όπως και αλλού ήδη περιγράψαμε, ο «ελέω Θεού» μονάρχης ήταν ο αντικατοπτρισμός στη γη ενός μονοθεϊστικού μοντέλου, στην προκειμένη περίπτωση του Χριστιανισμού, που κατά τον Γεμιστό πάση θυσία έπρεπε να αντικατασταθεί με κάποιο άλλο μοντέλο, το οποίο θα παρείχε μεγαλύτερο βαθμό συνάφειας με την Ιδανική Πολιτεία του. Έψαξε δηλαδή για μια θρησκεία που θα μπορούσε να στηρίξει την ανάλογη πολιτική του μεταρρύθμιση, τη «σπουδαία» Πολιτεία του όπως τόνιζε στο Θεόδωρο. Για τον σκοπό αυτό, κατέφυγε στον Πλάτωνα. Η σημασία λοιπόν της νεοπλατωνικής θεώρησής του ήταν ο ηθικός κώδικας που έβγαινε από αυτή. Η δε Κοσμολογία του, όπως θα δούμε, έδινε μεγαλύτερη αξία στον υλικό κόσμο. Στον Πλήθωνα, το χάσμα της αποξένωσης μίκραινε σε εκπληκτικό βαθμό. Ο άνθρωπος έστρεφε το βλέμμα του πιο πολύ προς το Φυσικό Κόσμο και το αχανές και ψυχρό διάστημα ξανακέρδιζε μέρος της χαμένης μοναξιάς του. Ο Massai γράφει χαρακτηριστικά: «Η ψυχή που δεν έχει ενσαρκωθεί, δεν ευρίσκεται σε πλεονεκτικότερη θέση από εκείνη που έχει ενσαρκωθεί. Η παρούσα ζωή είναι εξ ίσου ουσιώδης και διαρκής, εφόσον η ανθρώπινη ζωή θα πρέπει διαδοχικώς να λαμβάνει και να εγκαταλείπει το φθαρτό σώμα. Γι’αυτό ο Πλήθων  προτιμά  την  προσφορά  της  παρούσης  ζωής από κάθε μελλοντική υπόσχεση και ελπίδα  . 
  
Η βασική του Κοσμολογική Αρχή παραμένει πιστή στην Ελληνική Παράδοση, σύμφωνα με την οποία ο Κόσμος όλος είναι φτιαγμένος από άφθαρτες και αιώνιες ουσίες και δεν μπορεί ποτέ του να καταστραφεί. Άποψη που έντονα είχε καταδιώξει η χριστιανική σκέψη, υποστηρίζοντας αντίθετα τις βιβλικές αντιλήψεις. Το μη φθαρτό του Κόσμου εξουδετέρωνε την εσχατολογική φύση του Μονοθεϊσμού, όπως και την σχετικά δουλική αναγωγή του υπαρκτού σήμερα στο μακρινό και ασαφές προσδοκόμενο. Ακύρωνε την καθοσίωση μιας ζωής βασάνων και δυστυχίας, όπου το μέλλον έφτανε να προσδιορίζεται μόνο μέσα από την προσμονή, και ολόκληρη η ανθρώπινη ύπαρξη μέσα από την προσδοκία. Η γενικευμένη υποδούλωση του ανθρώπου ήταν γεγονός. Άνθρωπος-υπήκοος ενός δήμιου-δημιουργού, εξόριστος σκλάβος σε έναν κόσμο υποταγμένο μέχρι τα σπλάχνα του στην βία, κατακάθι ενός χαμένου ουρανού, ξένος πάνω στην ίδια του τη γη. Ο άνθρωπος βρισκόταν εξόριστος πάνω σε ένα πλανήτη πού δεν ήταν τίποτε περισσότερο από ένα στρατόπεδο συγκέντρωσης, όπως και φυλακισμένος μέσα σ’ ένα σώμα πού δεν ήταν τίποτε περισσότερο από μία φυλακή για δυστυχισμένες ψυχές  . (Αποτέλεσμα αυτής της βιοαντίληψης και οι γνωστές σε όλους μας «καλύτερες μέρες», το προσφιλές σύνθημα όλων των υποψήφιων εξουσιαστών της γής, «προοδευτικών» ή «συντηρητικών», που αν και λίαν συντόμως μεταλλάσσεται σε απογοήτευση, εντούτοις κάθε φορά το αόριστο μέλλον γίνεται επίσης αυτομάτως και μια νέα αρχή για μια νέα ακόμη προσδοκία. Στην «Άριστη» Πολιτεία, η πραγμάτωση του πολίτη έρχεται μέσα σε αυτή την ίδια τη ζώσα πραγματικότητα και όχι σε ένα ασαφές μέλλον, μιας και αυτό, ειδωμένο μόνο ως χυδαίο επενδυτικό έδρανο, είναι παντελώς  άγνωστο στον Κόσμο των Ελλήνων).  
  
Στον ίδιο τον Άνθρωπο, ο Πλήθων, σύμφωνα με την κλασσική πλατωνική αντίληψη, διακρίνει ψυχή αθάνατη και σώμα θνητό, που και τα δυο όμως έχουν την αιτία τους στο Θεό. Η αντίληψη αυτή επεκτείνεται και στα ζώα, τα φυτά, τους πλανήτες, που την ύπαρξή τους οφείλουν σε κάποιες διαφορετικές χρονικά αιτίες, οι οποίες εκφράζουν ξεχωριστές δυναμικότητες, και όλες μαζί έχουν την αιτία τους στον «Άκρως Ένα». Πρόκειται για έναν εσωκοσμικό Δημιουργό, αυτογένητο, αθάνατο, μέγιστο, εκ της ουσίας του αγαθό, πατέρα και αιτία όλων των πραγμάτων. Στην συνέχεια έχουν δημιουργηθεί οι υπόλοιπες θεότητες, που γεννήθηκαν από αυτόν και σε αυτόν έχουν την αιτία.. Αυτοί οι Θεοί, ανάλογα με τη δημιουργία τους και τις ιδιότητές τους, διακρίνονται σε διάφορες τάξεις. Οι πρώτοι, είναι τα παιδιά του Διός, είναι δηλαδή τα Έργα. Οι δεύτεροι, τα παιδιά των παιδιών του Διός, είναι τα Έργα των Έργων. Οι Θεοί που έχουν γεννηθεί απ’ ευθείας από τον Δία λέγονται Υπερουράνιοι, και είναι απαλλαγμένοι από το σώμα και την ύλη. Μετά τους Υπερουράνιους Θεούς ακολουθούν οι Ουράνιοι Θεοί, με τελευταίο μεταξύ αισθητού Κόσμου και Θεών τον Άνθρωπο, ο οποίος αποτελείται από ύλη και ψυχή.