Роден во с. Либјахово, Неврокопско (сега Гоцеделчевско) на 12 јули 1872 г. Се школувал во Солун, а потоа се префрлил во Софија каде во 1894 година го завршил военото училиште.

Во 1895 г. влегува во Македонија со чети, испратени од Врховниот комитет и го зазел градот Малник, во кој се одржал неколку дена (Мелничко востание).

Во 1899 година Борис Сарафов станал претседател на Врховниот македонски комитет во Софија.

На Смилевскиот конгрес бил избран за член на Главниот востанички штаб и ја имал задачата да го состави Востаничкиот дисциплинарен устав. За време на Илинденското востание Сарафов учествувал во повеќе битки во Битолско, Демирхисарско, Леринско, Костурско и други реони. По неуспехот на востанието, извесно време се повлекол во Бугарија, каде што со себе го понел и востаничкото знаме.

На 28 ноември 1907 година во Софија, заедно со И.Гарванов, бил убиен од Тодор Паница.