Shinji se encuentra culpándose por la muerte de su mejor amigo Kaworu frente a un devastado Tokyo-3. Gendo y Fuyutsuki se oponen al "Programa de Complementación Humana" que SEELE quiere poner en marcha, pero SEELE los rechaza y los deja en la completa oscuridad.
Shinji va a visitar a Asuka al hospital, ésta se encuentra en estado de coma y le pide que lo ayude y comienza a sacudirla hasta que de pronto se abre la bata de Asuka y Shinji la ve desnuda y se masturba.
Misato hackea la computadora de NERV y descubre que la humanidad ya no puede evolucionar mas y la única forma de que el hombre sea perfecto es mediante el Tercer Impacto, de esto trata el Programa de Complementación Humana. También descubre que todos provienen de la fuente de vida Lillith y que los hombres son el 18avo ángel.
SEELE trata de introducir un virus a NERV pero Gendo libera a Ritsuko y ésta mediante el programa protector 666 logra proteger el sistema por lo que SEELE decide atacar de una manera más directa haciendo que el gobierno japonés ataque el Geofront diciendo que NERV pretende provocar el 3er Impacto. Así llegan las fuerzas japonesas a atacar NERV, matando a todo el que se encuentra ahí. Misato ordena que Asuka sea llevada dentro del EVA-02 y es lanzada a la superficie, ésta queda debajo del lago del Geofront. Misato logra saber donde se encuantra Shinji y va a buscarlo llegando justo a tiempo antes de que tres soldados lo maten. Misato pretende llevar a Shinji al angar del EVA-01 pero éste sólo quiere morir así que lo lleva a la fuerza.
Mientras tanto, Asuka sostiene una pelea con su interior y decide que no quiere morir, en este momento se recupera y comienza a pelear contra las fuerzas japonesas que solo tienen armas convencionales para atacar al EVA-02 por lo que la diferencia de poder es notable, así que deciden cortar el cable de energía del EVA-02 y con menos de 5 minutos Asuka logra vencerlos. Al ver SEELE que no podrían destruir así al EVA-02 envían a las EVAS SERIE que son de color blanco y no necesitan una fuente de energía externa.
Shinji y Misato chocan en el auto en el que van con una barda y Misato lleva a Shinji hacia un elevador que lo llevará al angar pero unos soldados los interceptan y disparan contra ellos logrando herir a Misato, ella habla por última vez con Shinji y lo engaña besándolo para que entre al elevador, Shinji va en el elevador y de pronto explota donde Misato se quedó.
Las EVAS SERIE aterrizan alrededor del EVA-02 y Asuka calcula que tiene el tiempo necesario para destruírlas a todas y comienza a pelear de una forma sorprendente, mutila a las EVAS, pero el tiempo se está acabando y antes de que se le acabe la energía totalmente es alcanzada por una lanza de Longinus que le atraviesa el ojo izquierdo, pese al terrible dolor Asuka intenta activar al EVA-02 y lo empieza a lograr pero en ese momento la atraviesan varias lanzas y las EVAS SERIE se van sobre ella despedazándola.
Shinji se encuentra frente al EVA-01 y no tiene la menor intención de abordarla, pero el EVA-01 va hacia él. Aparece un enorme cruz roja en el Geofront y el EVA-01 se eleva en medio de un tornado con cuatro brillantes alas. Dentro de ella Shinji ve a la mutilada EVA-02 y grita.
La Lanza de Longinus se coloca frente a la garganta de la EVA-01, las EVAS SERIE hacen la formación del árbol de la vida, ha comenzado el Tercer Impacto.
Mientras tanto Gendo se encuentra con Rei frente a Lillith y le ordena que lo lleve dentro de Lillith pero Rei se rehúsa y comienza a elevarse en el aire y se une a Lillith, en ese momento Lillith se separa de la cruz, se le cae la máscara y se convierte en una Rei pero blanca y gigante 
La Lanza de Longinus atraviesa al EVA-01 y esta se transforma en el árbol de la vida, Rei va hacia el EVA-01 y Shinji grita lleno de miedo, Rei se convierte entonces en Kaworu y Shinji sonríe y entra en una especie de sueño, y recuerda que cuando era niño estaba en un parque de juegos para niños haciendo una pirámide de arena junto a otros niños, pero después cada niño se fue con su mamá dejando a Shinji completamente solo porque el no tenía quien fuera por él, entonces comienza a destruír la pirámide a patadas. Después Misato le explica sobre el hecho de tener relaciones sexuales y lo hace con Kaji frente a Shinji, el cual observa molesto, en la siguiente escena están Shinji, Misato, Asuka y Rei en un tren donde Shinji les dice que nadie lo necesita y ellas no están de acuerdo.
Después están Asuka y Shinji en el departamento de Misato, discuten y Asuka lo empuja tan fuerte que lo hace caer tirando la cafetera encima de sí, Shinji se levanta y comienza a estrangular a Asuka, en ese momento comienzan a mostrarse grotescos dibujos.
Toda la tierra se cubre entonces de millones de cruces y todos los seres humanos van disolviéndose en LCL, Misato besa a Makoto, Yui va hacia Fuyutsuki, Maya trataba de usar la computadora y Ritsuko llega a abrazarla, Shigeru grita de terror pero es igualmente disuelto, así es como junto a todas las personas hay una imagen Rei, como si fuera un fantasma. SEELE celebra que haya ocurrido el Tercer Impacto y uno a uno todos los monolitos van apagándose hasta que el último, Keele que se encuentra en forma humana, se disuelve en LCL.
Gendo se encuentra acostado en el lugar donde lo dejara Rei cuando ésta se unió a Lillith, y ante él aparecen Yui y Kaworu, lo último que Gendo dice es "Lo siento mucho, hijo mío".
El Eva-01 se encuentra dentro de Rei y puede ver frente a sus ojos como todas las almas van nadando, rei le explica a Shinji sobre la vida y escenas de personas reales en Japón comienzan a aparecer: edificios, calles y gente caminando. Entonces Rei sigue hablando a Shinji.
Algo sucede y el Eva-01 sale de Rei por medio de un ojo, está comienza a romperse por el cuello dejando salir a todas las almas, su cabeza se parte en dos y los brazos se le desprenden.
En un mar naranja yacen partes de Rei, y las Evas Serie crucificadas. En la playa, Shinji despierta pero no esta solo, Asuka yace junto a él, se arroja sobre ella y comienza a estrangularla, parece muerta, pero de pronto Asuka levanta su mano y acaricia la mejilla de Shinji y le dice: Este sentimiento duele!.
