Empieza la batalla pendiente entre Shinji y el Ángel (el tercer ángel). El ángel se auto destruyó, y lo que asombró a todos en Nerv (ya que vieron la pelea en vivo y a todo color, puesto que tienen cámaras por todos lados!) fue que el ángel se enredó en el Evangelion unidad 01 antes de auto destruirse, y inexplicablemente (supuestamente) al Eva-01 no le pasó nada!

   La victoria no fue gracias a Shinji, y a pesar de haber ganado no salió ileso y está en un hospital que se encuentra dentro de las instalaciones de Nerv.

   Conforme avanza la historia, Shinji se acostumbra a dicho hospital (Está re menso y a cada rato termina ahí!), una vez dado de alta, como Gendou no lo quiere cerca de él ,el niño debe vivir solo, pero  Misato toma la decisión de llevárselo a vivir con ella a su departamento, lo cuál no le parece nada divertido a la Dra. Ritsuko, aunque Misato le promete que no abusará de él de ninguna manera existente!

   Al salir del hospital, Misato lo lleva de compras según para celebrar que tiene un nuevo compañero de cuarto, y de paso le muestra la ciudad, la cuál el había salvado Tokio-3.

   De esa manera Misato se convirtió en su tutora, al llegar al departamento Shinji ve lo desordenada que Misato maneja su vida, y descubre que a esta chica le fascina la Cerveza, ella se da cuenta de que el chico es un poco tímido y que le sigue la onda de una manera descarada! Lo cuál no le parece a ella...

   Se dividen los quehaceres del hogar (jugando a piedra, papel o tijeras) y a Shinji le tocan la mayoría de ellos, y para terminar el día ella le dice que porque no toma un baño, que de esa manera él se sentirá mejor  y así lo hace, para su sorpresa.....

   ........ aparece el otro compañero de casa de Misato, un pingüino de nombre PEN-pen el cuál también está metido en asuntos de Nerv, Shinji ...........

   ...... por supuesto que sale espantado del baño, y desnudo, el problema fue que se dio cuenta después de que Misato le pidió que se cubriera el NEGOCIO!