Entre el episodio 2 y este (3) hay un lapso de tiempo de 2 semanas, puesto que Shinji se ve un poco más familiarizado a Nerv y a los Evas.

   Shinji va a una nueva escuela donde comienza con el pie izquierdo, ni siquiera la otra chica (Rei Ayanami) la piloto del Eva-00 le habla, este niño tiene un serio problema con respecto a relacionarse con la gente. Touji Suzuhara tiene 3 días de no presentarse a la escuela, por lo que su amigo Kensuke Aida  le pregunta la razón, Touji enojado le contesta que después de la batalla con el monstruo (Episodio 1) su hermana salió herida, que quisiera saber quién diablos piloteaba al robot, ya que era un tonto y que en vez de salvar la ciudad, solamente ayudó a destruirla!

   Sin querer unas chicas que se encontraban hasta atrás de la fila le mandan un mensaje por medio de sus computadoras a Shinji, preguntándole que si era verdad de que él era piloto del robot, él inocentemente afirmó (ya que pagó caro por ello). Todos se acercaron a Shinji haciéndole todo tipo de preguntas, Kensuke ya que es un gran Otaku militar estaba con el oído muy atento, haciendo notas de todo lo que Shinji decía, sin embargo Touji no se encontraba nada contento de que él fuera el piloto que lastimó a su hermana.

   Los compañeros de Shinji, dejaron de poner atención a la clase, lo cuál molestó a la jefa de grupo (A quién le importa! digo no?), le decían cuán orgullosos estaban de él por pilotear a tan maravilloso robot! y a la hora de salida Touji ajusto cuentas con el chico nuevo de la clase! (Shinji).

   Le pidió disculpas después de darle dos puñetazos en la cara, y le aclaró que lo hizo por que tenía que calmar su enojo de alguna manera! Shinji tirado en el piso le dice que fue obligado, después de un rato de permanecer tomando el sol como cualquier día en la playa, Rei  Ayanami aparece, y le dice que hay una emergencia, que siga ahí tomando el sol, y que ella se reportará primero!

   La tranquilidad no pudo durar más, ya que el 4to. ángel apareció y Shinji debe subir de nuevo al Eva-01 y acabar con él. Shinji no se explica el porque de seguir piloteando, después de que lo madrearon. Pero lo hace y sale al campo de batalla...

   Todo se complica cuando Touji y Kensuke se aproximan demasiado a la escena del drama, en lugar de estar en el GEO-Refugio (Estos babosos), Shinji debe de protegerlos y después por ordenes de Misato dejarlos entrar a la cabina del Evangelion, la Dra. Akagi se molesta bastante porque interfieren en las ondas nerviosas que Shinji le envía al Eva, pero Shinji logra controlar la situación.

   Misato le ordena que deje el campo de batalla, pero Shinji desobedece las órdenes, de manera que decide continuar con la batalla.

   Surge el problema, la energía comienza a terminarse, y Shinji todavía no derrota al enemigo, dentro de la cabina del Eva Touji y Kensuke descubren lo duro que es para Shinji pilotear y pelear contra los ángeles, de manera que cambian de opinión a cerca de él...

   Un vínculo de amistad y compresión los une desde ese momento. * Ahora que lo recuerdo Rei no hace nada, ni siquiera recuerdo haberla visto reportarse como le dijo a Shinji, pues quién sabe, quizá se fue de pinta o tuvo otra cosa que hacer!

   Bueno el hecho es que derrotan al Ángel!