QUANDO O DIRETOR ASSISTENTE WALTER SKINNER É CONTAMINADO COM UMA PERIGOSA DOENÇA, OS AGENTES MULDER E SCULLY PASSAM A SUSPEITAR DE TRAIÇÃO DENTRO DO GOVERNO E COMEÇAM A INVESTIGAR OS CORREDORES DO FBI ATRÁS DE INFORMAÇÕES.

Em um hospital as enfermeiras lutam para salvar a vida de um homem, eles começam o socorrer, ele chama por Scully, mas quando a médica chega parece ser tarde demais. O homem "morto"na maca é Skinner.

Voltando, Skinner está em um ginásio, num ring de boxe lutando com um parceiro. Ele leva um golpe e cai desorientado. Quando acorda se vê em uma maca num hospital. Enquanto espera pelo médico, o seu telefone celular toca, quando atende escuta uma súbita voz dizer "Já está em você... você tem vinte e quatro horas... você já está morto ". O médico então tira algumas amostras de sangue para fazer exames e conclui que não há nada de errado, com exceção de uma contusão nas costelas dele.

Depois daquela noite na sede do FBI, Mulder vai falar com Skinner. Ele está em um sofá no seu escritório, Mulder percebe que ele está com dificuldades e chama Scully. Eles desconfiam de que Skinner possa ter sido envenenado. Repassando o seu dia, Skinner se lembra de um homem que encontrou por acaso no corredor. Ele o identifica como sendo Kenneth Orgel, um físico que é um conselheiro do Comitê de Senado dos EUA . 

Mulder e Skinner vão ver Orgel que nega ter estado no prédio do FBI, mas há vários homens vestidos de negro na casa de Orgel. Depois de uma perseguição, Mulder consegue capturar um deles. Ele tem documentos diplomáticos da Tunísia, Skinner ordena a Mulder que entregue os documentos a ele e o libere. Orgel desapareceu com os outros homens de negro. Mulder acha uma foto que mostra Orgel com o Senador Matheson, que ajudou Mulder ocasionalmente com algumas informações.

Scully vai falar com o médico responsável por Skinner, o Dr. Platte. Os exames de sangue não foram totalmente concluídos. Eles encontram minúsculos pedaços de carbono no sangue de Skinner. O que são e como foram parar lá ainda é um mistério, mas eles estão se multiplicando. Scully descobre que o carbono está criando uma matriz e está construindo estruturas no sangue de Skinner. 

Mulder visita Senador Matheson. Ele diz que Orgel tem trabalhado em uma conta para prover ajuda aos países de terceiro mundo em troca de exportações, mas o Senador se recusa ajudar Mulder com o caso. Na embaixada da Tunísia, Skinner se dirige para o estacionamento onde o seu carro é alvejado por um Tunisiano. Ele e Skinner se espiam, um ao outro pela garagem, mas como o Tunisiano está a ponto de atirar em Skinner, um carro acelera pela garagem e atropela Tunisiano, o matando. Skinner desmaia.

Scully vai até o hospital para onde ele voltou. Um médico de sala de emergência está se preparando para amputar o braço de Skinner. Muitas partes de seu corpo estão descoradas e mosqueadas. Scully tenta o impedir fazendo com que pare a cirurgia, porque o problema está no sangue dele. No escritório de Skinner, Mulder encontra um relatório de Skinner que pedia uma revisão nas leis de segurança em caso de exportações que envolvem tecnologia de ponta. 

Indo para o hospital a fim de contar a Scully de suas descobertas, Mulder recebe um telefonema com uma voz sintetizada, e o encontra no corredor com um dispositivo de mão ligado a um “Palm Pilot”. Mulder o persegue até onde vemos que é um homem de cabelos longos, escapa, deixando o carro dele no andar de cima do estacionamento.

No FBI, o carro dirigido pelo homem cabeludo foi revisado por um perito de forensia. O Senador Matheson chega em uma Usina de Força e acha Orgel amarrado e com a mesma pele mosqueada de Skinner. Orgel jura que ele não contou nada para o FBI. O homem cabeludo está assistindo, aperta um botão no controle do “Palm Pilot” e Orgel morre. Enquanto isso, Scully tem uma idéia para tentar salvar Skinner, ela decide filtrar o sangue dele para tentar remover o carbono. 

Skinner conta para Scully, que sente em não poder mais ajudar Mulder; ele sempre jogou isto seguro e não tomou partido. De repente, Skinner se lembra de ver um homem no ginásio e no escritório do FBI - com cabelos longo.  Mulder chega Usina de Força e acha o carro do Senador. Lá dentro, Matheson diz a ele que Orgel está morto, assassinado pela conspiração. O que eles puseram em Skinner é nanotechnologia - robôs minúsculos. Eles queriam o S.R. 819 para poder exportar e diz não ter nenhum tipo de envolvimento. No hospital, Skinner sofre algumas paradas cardíacas. 

O lençol é puxado para cima do corpo de Skinner, uma mão é vista ajustando o controle remoto, e Skinner revive. É o homem cabeludo. Três semanas depois, Skinner está bem, mas aquele tipo de carbono ainda está dentro dele e permanece dormente, ele regressa ao trabalho. O S.R. 819 é removido. Mulder acha que tudo tem a ver com os Arquivos X, mas Skinner não autoriza uma investigação adicional. Scully acha estranho a sua atitude por causa de seus comentários de não poder ajudar mais.

Depois, Skinner entra em um carro que estaciona na garagem do FBI. Alex Krycek está esperando por ele e é óbvio que era ele quem usava a peruca de cabelos longos. Ele conta para Skinner que pode matá-lo a hora que quiser e em qualquer lugar, bastando apertar o botão do controle remoto" o que é isto?” pergunta Skinner. "Tudo ao seu tempo," responde Krycek.