Mai 1992. L’Agent Spécial Dana Scully, après avoir enseigné deux ans à l’Académie du Bureau Fédéral d’Investigation, est mutée aux Affaires Non Classées pour valider le travail d’un autre agent, Fox « le Martien » Mulder. Leur première enquête les ammène à Bellefleur, dans l’Oregon, où plusieurs adolescents sont retrouvés morts avec d’étranges marques dans le bas du dos. Mulder croit que des extra-terrestres sont impliqués dans l’histoire tandis que Scully essaie de comprendre ce qui se passe. Durant l’enquête, on cherche à leur mettre des bâtons dans les roues. Mulder se confie alors. Il raconte à Scully que sa soeur, Samantha, a été enlevée lorsqu’elle avait huit ans par ce qui semblaient être des extra-terrestres. Des hommes dans les hautes sphères du gouvernement semblent cacher ce qu’il pense être la vérité. Leur enquête les rammène à la case de départ, mais ils sont déterminés pour en savoir plus.
Au cours de leurs enquêtes, un homme dans la cinquantaine se présente à eux. Il semble travailler avec les gens qui essaient de cacher la vérité, mais il est prêt à dévoiler quelques informations sur des dossiers dangereux. Sous le nom de Deep Throat (Gorge Profonde), il dévoilera une conspiration où des gens haut placés font des expériences sur des humains et des extra-terrestres, manipulant l’information génétique, pour créer un hybride parfait. Malheureusement, celui-ci meurt lors d’un échange entre Mulder contre un fétus extra-terrestre. Après plusieurs essais, les dirigeants du FBI réussissent à fermer le bureau des Affaires Non Classées.
| Numéro | TITRE FRANÇAIS | TITRE ANGLAIS | Diffusion (au Canada et au USA) |
|---|---|---|---|
| 1X79 | Nous ne sommes pas seuls | Pilot:The X-Files | 10 Septembre 1993 |
| 1X01 | Gorge Profonde | Deep Throat | 17 Septembre 1993 |
| 1X02 | Compressions | Squeeze | 24 Septembre 1993 |
| 1X03 | L'Enlèvement | Conduit | 1er Octobre 1993 |
| 1X04 | Le Diable du New Jersey | The Jersey Devil | 8 Octobre 1993 |
| 1X05 | L'Ombre de la Mort | Shadows | 22 Octobre 1993 |
| 1X06 | Un Fantôme dans l'Ordinateur | Ghost in the Machine | 29 Octobre 1993 |
| 1X07 | Projet Arctique | Ice | 5 Novembre 1993 |
| 1X08 | Espace | Space | 12 Novembre 1993 |
| 1X09 | L'Ange Déchu | Fallen Angel | 19 Novembre 1993 |
| 1X10 | Ève | Eve | 10 Décembre 1993 |
| 1X11 | L'Incendiaire | Fire | 17 Décembre 1993 |
| 1X12 | Le Message | Beyond the Sea | 7 Janvier 1994 |
| 1X13 | Masculin Féminin | GenderBender | 21 Janvier 1994 |
| 1X14 | Lazare | Lazarus | 4 Février 1994 |
| 1X15 | Vengeance d'Outre-Tombe | Young At Heart | 11 Février 1994 |
| 1X16 | Entité Biologique Extra-Terrestre | E.B.E. | 18 Février 1994 |
| 1X17 | L'Église des Miracles | Miracle Man | 18 Mars 1994 |
| 1X18 | Métamorphoses | Shapes | 1er Avril 1994 |
| 1X19 | Quand Vient la Nuit | Darkness Falls | 15 Avril 1994 |
| 1X20 | Le Retour de Tooms | Tooms | 22 Avril 1994 |
| 1X21 | Renaissance | Born Again | 29 Avril 1994 |
| 1X22 | Roland | Roland | 7 Mai 1994 |
| 1X23 | Les Hybrides | The Erlenmayer Flask | 13 Mai 1994 |
Durant la première année ensemble, Mulder et Scully enquêtent sur :
La conspiration : 1X79 Pilot, 1X01 Deep Throat, 1X03 Conduit, 1X09 Fallen Angel, 1X15 E.B.E., 1X23 The Erlenmeyer Flask
Cinq épisodes à ne pas manquer : 1X02 Squeeze, 1X09 Ice, 1X10 Eve, 1X13 Beyond the Sea, 1X20 Tooms
Thème récurrent : Les vengeances d’outre-tombe
