ישנן שבע מחלקות במשרד, כאשר מחלקת אכיפת חוקי הקסם היא הגדולה ביותר וכל האחרות פחות או יותר כפופות אליה (חוץ ממחלקת המסתורין) (ח"פ).
לכל מחלקה במטה המשרד יש קומה שבה שוכנת המחלקה, למרות שאכיפת חוקי הקסם היא לא רק קומה שנייה, אלא גם אולמות הדין שבקומה עשר (מע"ח7).
מחלקות מסוימות מוזכרות בקאנון מוקדם כאשר הן לא מתאימות להיררכיה במשרד כפי שמצוין בספרים הבאים אחריהם.

• ארגנה את אליפות העולם בקווידיץ' וגם את טורניר הקוסמים המשולש (ג"א)
• מחלקה זו נוסדה ב-1750 (ק"ד6)
• אחראית להסתרת הקווידיץ' מעיני המוגלגים (ק"ד)
• מטה ליגות הקווידיץ' של אנגליה ואירלנד (מע"ח7)
• מועדון הגוג'ואים הרשמי (מע"ח7)
• הלשכה לפטנטים מופרכים (מע"ח7)

• הצוות לטיפול במעשי קסם בלתי מכוונים
  • נוגע גם למחלקה למעשי קסם בלתי מכוונים
• מטה המשכיחים
  • משכיחים ידועים: ארנולד פיזגוד (ג"א7) (נ"י)
• הוועדה לתירוצים ראויים למוגלגים
• כוח משימת העלמה
  • למרות שלא נכתב בפירוש שהוא משתייך למחלקה זו, זה נראה הגיוני שכן, מאחר והקבוצה הזאת מטילה קסמי העלמה שונים כדי להחביא מקומות ויצורים קסומים מעיני המוגלגים (נ"י).

• עובדת עם ממשלות הקוסמים שבארצות אחרות
• קובעת תקני סחר
• יוצרת תקנות לדברים כמו עובי הקדרות
• עובדת עם המחלקה לספורט ומשחקי קוסמים על טורניר הקוסמים המשולש
• גוף תקנות הסחר הבינלאומי בקסמים
• לשכת חוק הקסם הבינלאומי
• קונפדרציית הקוסמים הבינלאומית, נציגות בריטניה

• החוליה לאכיפת חוקי קסם
  • מעסיקה צלפים מאומנים שיטפלו בפושעים מסוכנים כמו סיריוס בלק (א"א11)
• הילאים
  • ציידי קוסמי אופל
  • הילאים ידועים:
    • אלאסטור "עין הזעם" מודי, פרנק לונגבוטום, אליס לונגבוטום, קינגסלי שאקלבולט, נימפדורה טונקס, דוליש, ויליאמסון
    • ההכשרה, שלוקחת שלוש שנים, כוללת התגנבות ועיקוב
  • מטה ההילאים בקומה שנייה, מלא בתאים פתוחים
• הקסמהדרין ושירותי הרשמה לקסמהדרין
  מועצת חוקי הקסם

  בית המשפט העליון של הקוסמים, מתקיים במרתפים; המואשם נקשר בקסם לכיסא שבאמצע החדר. חבר מושבעים יושב מימינו של התובע אשר קובע את התיק כנגד המואשם ולבסוף קובע את פסק הדין. אולמות הדין ממוקמים בקומה העשירית במשרד הקסמים; במהלך שנותיו של וולדמורט, האסירים היו מלווים ונשמרים בידי סוהרסנים (ג"א30). חברי הקסמהדרין, שמונים בערך 50 קוסמים ומכשפות, לובשים גלימות בצבע שזיף ועל דש גלימתם השמאלית רקומה אות W מהודרת בצבע כסף.

  חברים ידועים בקסמהדרין:
  • אלבוס דמבלדור, כושף ראשי
  • אמיליה בונז (?)
  • גריזלדה מרצ'בנקס, מזקני הקסמהדרין
  • טיבריוס אוגדן, מזקני הקסמהדרין
• הלשכה לשימוש לרעה בחפצי מוגלגים
  אנשי צוות: ארתור וויזלי, פרקינס (ח"ס3, כו')
  • שומרים חפצים מכושפים הרחק מהישג ידם של המוגלגים
  • משתתפים בפשיטות שמטרתן להרחיק חפצים של קסם אפל מתפוצה
• הלשכה למניעת שימוש לרעה בחוקי קסם
  אנשי צוות: מפלדה הופקירק (ח"ס2)
  • שלחו להארי מכתבי אזהרה כאשר התבצע קסם בבית הדרסלים (ח"ס2, מע"ח2)
• בקרת ציוד קסם
  • הוציאה אזהרה על שרביטים תת-תקניים שנמכרו בידי רוכל רחוב בשם "ווילי הישר" וואגסטאף (נ"י)
  • איננו בטוחים כי תת-מחלקה זו אכן קיימת, במיוחד מאחר והקבוצה הזו נקראת "המחלקה לבקרת ציוד קסם", שם מוטעה שללא ספק מגיע מהעובדה שזה נכתב בשנת 1998, שלוש שנים לפני יציאת ח"פ (שבו בפעם הראשונה נמנות המחלקות השונות של משרד הקסמים). טעות דומה מופיעה בספרים עצמם, שם "המחלקה למעשי קסם בלתי מכוונים" מוזכרת, למרות שלא קיימת מחלקה כזאת (נ"י).

• התעסקה בבעיות המסובכות של העברת קוסמים מכל רחבי תבל לאליפות העולם
• סידרה רשת של מפתחות מעבר
• סידרה אזור שאליו אפשר להתעתק מבלי להיראות
• הוועדה להסדרי פלו (ג"א4) / רשות רשת הפלו (מע"ח7)
  • מקשרת אחים לרשת הפלו
  • מאתרת שריפות בשביל המחלקה לאכיפת חוקי קסם (מע"ח)
• מכוניות המשרד
  • מנווטות בתנועה בעזרת קסם (א"א5)
• האחראי לתקני מטאטאים (מע"ח7)
• לשכת מפתחות המעבר (מע"ח7)
• המרכז לרישוי התעתקות (מע"ח7)

• מתמודדים עם תלונות על יצורי פלא, כולל גובלינים ורוחות
• מסדירים ומפקחים על יצירת זנים חדשים של חיות פלא (ג"א24)
• לשכת ההסברה (ח"פ)

• הוועדה להשמדת יצורים מסוכנים
  אנשי צוות: וולדן מקנייר, קוסם ישיש נוסף (א"א11)
  • הורו לכרות לבקביק את ראשו לאחר שפצע את דראקו מאלפוי
  • משרדי הוועדה נמצאים בלונדון
• הלשכה למחקר ופיקוח על דרקונים
  אנשי צוות: ניוט סלמנדרה (ח"פ)
• מרשם אנשי-זאב (ח"פ)
• היחידה ללכידת זאבי-אדם (ח"פ)
• מרכז ייעוץ לנפגעי מזיקים (מע"ח7)
• לשכת קשר לקנטאורים
  • אף קנטאור לא השתמש בשירות זה

• הלשכה לשיבוץ מחדש של גמדוני בית
  ניוט סלמנדרה, בע. 1915-17 (ח"פ)
• לשכת הקישור לגובלינים
  אנשי צוות: קאת'ברט מוקרידג' (ג"א7)
• שירותי תמיכה באנשי-זאב (ח"פ)

• כנראה אלה שטיפלו בתלונה של אוליב הורנבי על מירטל שרדפה אותה; מירטל הוכרחה לשוב להוגוורטס ולרדוף את מקום מותה: השירותים (ג"א25).
• נוסד כאשר הרוחות התווכחו על כך ששיבצו אותן כ"ישויות", כאשר כבר כה ברור שהן "אינויות" ולכן מגיע להן יחס הולם (ח"פ).

• מסדרון: קירות חשופים, אין חלונות ודלתות חוץ מדלת שחורה ומבריקה בסוף המסדרון.
• הכניסה נמצאת בסוף המסדרון ליד דלת, שנפתחת לצד שמאל, היכן שנמצאות המדרגות היורדות לאולמות הדין של הקסמהדרין (מע"ח7, 8)

• וועד הכשפים ניסיוניים
  אנשי צוות: גילברט ווימפל (ח"ס3, ג"א7)
  נוסד בידי בלפור בליין, שחי בסוף המאה ה-16 - תחילת המאה ה-17.