El Tribunal Administrativo del Chocó, con ponencia del magistrado Ramiro Ramírez Onofre, declaró la nulidad de los actos mediante los cuales la comisión escrutadora del Chocó declaró la elección de diputados a la Asamblea departamental y de los concejales del municipio de Quibdó para el período 2004-2007. En la misma providencia decidió la realización de nuevos escrutinios para esas dos corporaciones.

El Tribunal encontró que la voluntad popular se ve alterada por un cúmulo de irregularidades, incongruencias e inconsistencias en los escrutinios, falta de control y selección de personal que debe intervenir en el proceso, desgreño en la formación y manipulación de los documentos y la violación a uno de los principios rectores de las normas electorales, el de la eficiencia del voto. Enfatiza en el caso del aspirante José Branly Gonzáles, donde se violó el debido proceso "con lo cual se alteró la verdad electoral pues la diferencia numérica que generó esa omisión tiene la capacidad de producir tal alteración, si se tiene en cuenta que los 23 votos que no le fueron tenidos en cuenta en el consolidado definitivo le hubieran permitido al candidato Gonzáles superar la votación lograda por el candidato Jimmy Torres, quien ocupó la tercera lugar asignada al partido liberal".

En relación al aspirante Manuel Horacio Lemos se ocultó una cantidad de votos en el municipio de Tadó, lo que generó una modificación sustancial en la composición de la Asamblea y en el momento del escrutinio departamental no se revisaron estos datos.

Con respecto al concejo de Quibdó, el Tribunal consideró que la comisión escrutadora no debió contabilizar cincuenta votos a la lista donde figuraba Bernardo López, empleando un registro apócrifo, constitutivo de falsedad, que alteró la verdad electoral.

Si los afectados con esta decisión del Tribunal interponen recurso de apelación, los escrutinios se realizarán si el Consejo de Estado confirma la providencia.