Jeremiah Smith et Mulder réussissent à s’échapper du Mercenaire et se rendent à une ferme au Canada où des clônes de Samantha et d’un garçon blond travaillent. Ils élèvent des abeilles et des plantes pour la colonisation. Pendant ce temps, Scully découvre des listes concernant des vaccinations de la variole de toute la population depuis les cinquante dernières années. La liste est un catalogue de chaque humain. Toujours à l’hôpital, l’Homme à la Cigarette découvre qu’il y a un traître avec son groupe et décide de l’éliminer en transmettant une fausse information sur la mère de Mulder. Monsieur X tombe dans le panneau et se fait tuer devant l’appartement de Mulder. Avant de mourir, il écrit de son sang les lettres « S.R.S.G. », ce qui amène Mulder à rencontrer sa nouvelle informatrice, une représentante de l’ONU appelée Marita Covarrubias.

Un peu plus tard, Mulder et Scully enquêtent sur des militants qui se préparent à recréer un second Oklahoma. Ils trouvent Krycek qui travaillent à leur compte. Celui-ci le amènent à poursuivre un diplomate qui aurait la preuve d’une vie extra-terrestre. En poursuivant cet homme, ils réussissent à trouver une roche de Mars contenant des bactéries extra-terrestres agissant comme l’huile noire. En cherchant d’où vient la roche, Mulder et Krycek s’envolent vers la Russie, plus précisément à Tunguska. Pendant ce temps, Scully et Skinner sont appelés par un comité du Sénat pour expliquer la situation. En Russie, Krycek révèle qu’il est un agent double travaillant pour les Russes pour développer un vaccin contre l’huile noire. Ils font des tests sur les habitants de la région et sur Mulder en les infectant dans un goulag. Mulder réussit à s’enfuir tout en prenant Krycek avec lui. Aux États- Unis, Scully est mis dans une sorte de prison pour avoir refuser de dévoiler où se trouve Mulder devant le comité. En Russie, Krycek se fait amputer le bras après avoir été découvert par des Russes habitant dans une forêt. Mulder retourne aux États-Unis. Scully et lui retournent enquêter sur les traces d’un assassin employé par Krycek qui essaie d’effacer toutes les traces des expériences reliées à l’huile noire et au vaccin. Ils trouvent alors un militant travaillant pour Krycek qui leur dit qu’une bombe se cache à Terma. En se rendant là, ils trouvent la dernière trace de l’expérience mais qui explose, effaçant toute les traces. Les rapports écrits par Mulder et Scully sur l’enquête sont jetés aux poubelles par l’Homme à la Cigarette qui tient à garder la vérité cachée.

Plus tard, Scully apprend que, dû à son enlèvement, elle est atteinte d’une tumeur au cerveau. Toutes les femmes enlevées à la même période qu’elle sont toutes mortes à l’exception d’une. Tandis que Scully fait face à ce nouvel ennemi, Mulder trouve par tous les moyens de lui trouver une cure. Il tombe sur un laboratoire où des expériences sur le clônage et l’hybridation ont lieu en utilisant des ovules de femmes enlevées comme Scully. Skinner vend son âme au Diable (l’Homme à la Cigarette) pour avoir une cure pour Scully.

Skinner doit alors payer le prix. Il est réduit à effacer les scènes de crime pour l’Homme à la Cigarette. Il doit effacer toutes preuves reliant à des meurtres commis par des abeilles qui propagent la variole; un nouveau test par le Syndicat pour voir l’efficacité de cette technique pour répendre un autre genre de virus. Mulder comprend ce qui se passe et aide Skinner à sortir d’un pétrin juridique. Marita Covarrubias, quant à elle, travaille maintenant pour l'Homme à la Cigarette, disant à Mulder ce que le Fumeur lui demande de dire.

Après plusieurs enquêtes, Mulder et Scully rencontrent un homme prétendant avoir le corps d’un extra-terrestre enfermé dans les montagnes canadiennes, dans les glaces. Scully refuse de croire que cela est possible. Elle rencontre alors un homme, Kritshgau, qui lui révèle que le gouvernement a créé une histoire d’extra-terrestres pour éloigner les curieux de ses véritables machinations. Mulder comprend alors qu’il a été manipulé durant cette année tandis que Scully poignarde Mulder dans le dos en remettant un rapport qui souligne la non-validité des Affaires Non Classées. Devant un comité qui étudie son rapport, Scully annonce alors que Mulder s’est suicidé d’une balle dans la tête.