DEUXIÈME SAISON

Après la fermeture des Affaires Non Classées, Mulder est muté aux Écoutes Électroniques tandis que Scully retourne à l’enseignement. Désobéissant aux ordres de son supérieur, le Directeur Adjoint Walter Skinner, Mulder enquête clandestinement sur des dossiers sur un signal extra-terrestre au Porto Rico et un mutant homme-douve avec l’aide de Scully. Au cours d’une enquête sur des soldats du Vietman qui n’ont pas dormi depuis vingt-quatre ans, Mulder devient partenaire avec un nouvel agent, Alex Krycek, dont les intentions semblent être douteuses. Celui-ci travaille pour un étrange homme fumant la cigarette qui semble être responsable des malheurs de Mulder et Scully. Un autre étrange personnage entre dans la vie de nos deux héros. Cet informateur, du nom de Monsieur X, n’a pas autant de volonté que son prédécesseur pour leur donner des informations et il prêt à tuer pour survivre.

Un peu plus tard, un ancien agent du FBI devenu fou, Duane Barry, enlève l’Agent Scully dans son appartement et l’ammène à un endroit où des « extra-terrestres » l’enlèveront. Désespéré, Mulder continue la recherche de sa partenaire pendant des mois. Il rencontrera une femme désirant devenir une vampire avec il aura une relation d’un soir. Environ trois mois plus tard, Scully est retrouvée dans un coma dans un hôpital à Washington. Elle se réveillera de son coma après plusieurs jours desquels Mulder a cherché à se venger des gens responsables dont l’Homme à la Cigarette.

Après son rétablissement, Scully se joint à Mulder pour enquêter sur des tueurs en série de toute sorte (un fétichiste, un violeur fantôme, une professeur-remplaçante qui semble être le Diable en personne, etc). Lors d’une enquête sur des docteurs identiques, une femme prétendant être Samantha se présente à la famille Mulder. On apprendra qu’elle n’est qu’une clône comme les docteurs identiques et qu’un Mercenaire cherche à les exterminer. Un projet de colonisation est en cours d’après cette clône.

Après quelques enquêtes sur une ville de cannibales, un vaisseau-fantôme, un garçon possédé par le Mal, des ombres mortelles, Mulder tombe sur des documents révélant l’existence d’êtres extra-terrestres. Ces documents impliquent le père de Mulder et l’Homme à la Cigarette. Malheureusement, Bill Mulder, le père de Mulder, meurt avant de pourvoir se confier à son fils. Scully trouve un décodeur, Albert Hosteen, au Nouveau-Mexique pour traduire les fichiers. C’est à cet endroit que Mulder découvre un fourgeon dans le désert contenant des centaines de cadavres d’hybrides extra-terrestres. Avant qu’il puisse sortir du fourgeon, l’Homme à la Cigarette, à la recherche de Mulder, fait exploser le train.